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万見
- PDB-9d2f: 3D structure and atomic model of RS3 of mouse respiratory cilia -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d2f
タイトル3D structure and atomic model of RS3 of mouse respiratory cilia
要素
  • (Adenylate kinase ...) x 2
  • (Cilia- and flagella-associated protein ...) x 6
  • A kinase (PRKA) anchor protein 14
  • Actin, aortic smooth muscle
  • Axonemal dynein light intermediate polypeptide 1
  • Centrin-2
  • Ciliogenesis-associated TTC17-interacting protein
  • Dynein axonemal heavy chain 1
  • Dynein, axonemal, heavy chain 6
  • Leucine-rich repeat-containing protein 23
  • MORN repeat-containing protein 5
  • Malate dehydrogenase, cytoplasmic
  • Putative malate dehydrogenase 1B
  • Serine/threonine/tyrosine interacting-like 1
  • Tetratricopeptide repeat protein 29
  • UPF0728 protein C10orf53 homolog
  • Zinc finger, MYND domain containing 12
  • cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / axoneme / radial spoke
機能・相同性
機能・相同性情報


radial spoke stalk / positive regulation of hepatic stellate cell migration / positive regulation of hepatic stellate cell contraction / negative regulation of stress granule assembly / pseudophosphatase activity / Malate-aspartate shuttle / diiodophenylpyruvate reductase / radial spoke assembly / nucleoside-phosphate kinase / (2R)-hydroxyphenylpyruvate reductase [NAD(P)H] activity ...radial spoke stalk / positive regulation of hepatic stellate cell migration / positive regulation of hepatic stellate cell contraction / negative regulation of stress granule assembly / pseudophosphatase activity / Malate-aspartate shuttle / diiodophenylpyruvate reductase / radial spoke assembly / nucleoside-phosphate kinase / (2R)-hydroxyphenylpyruvate reductase [NAD(P)H] activity / regulation of cilium beat frequency / nucleoside monophosphate kinase activity / inner dynein arm / spermatid nucleus elongation / malate dehydrogenase activity / mucociliary clearance / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / : / axonemal dynein complex assembly / sperm flagellum assembly / axonemal central apparatus assembly / radial spoke / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / vascular associated smooth muscle contraction / sperm axoneme assembly / inner dynein arm assembly / malate-aspartate shuttle / DNA Damage Recognition in GG-NER / XPC complex / Formation of Incision Complex in GG-NER / cerebrospinal fluid circulation / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / cilium movement involved in cell motility / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / 9+2 motile cilium / positive regulation of hepatic stellate cell activation / smooth muscle contractile fiber / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / DARPP-32 events / cilium movement / photoreceptor connecting cilium / dynein heavy chain binding / glomerular mesangial cell development / motile cilium assembly / juxtaglomerular apparatus development / PKA activation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / transcription export complex 2 / heterotrimeric G-protein binding / GPER1 signaling / Hedgehog 'off' state / cilium organization / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / adenylate kinase / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Smooth Muscle Contraction / AURKA Activation by TPX2 / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / AMP kinase activity / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / dynein axonemal particle / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / malate metabolic process / NADP+ metabolic process / nuclear pore nuclear basket / flagellated sperm motility / nucleoside-diphosphate kinase / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / dynein complex / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / minus-end-directed microtubule motor activity / microtubule motor activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / dynein light intermediate chain binding / motile cilium / nucleoside diphosphate kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / ciliary base / nucleus organization / mesenchyme migration / protein serine/threonine phosphatase activity / dynein intermediate chain binding / centriole replication / basement membrane / axoneme / glial cell projection / mRNA transport / single fertilization / sperm flagellum / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / intercellular bridge / cAMP binding / stress fiber
類似検索 - 分子機能
A-kinase anchor protein 28kDa / Uncharacterised protein family UPF0728 / : / 28 kDa A-kinase anchor / Uncharacterised protein family UPF0728 / MORN repeat-containing protein 5 / : / : / : / Ciliogenesis-associated TTC17-interacting protein, N-terminal domain ...A-kinase anchor protein 28kDa / Uncharacterised protein family UPF0728 / : / 28 kDa A-kinase anchor / Uncharacterised protein family UPF0728 / MORN repeat-containing protein 5 / : / : / : / Ciliogenesis-associated TTC17-interacting protein, N-terminal domain / : / CFAP61 dimerisation domain / : / Echinoderm microtubule-associated protein second beta-propeller / Cilia- and flagella-associated protein 61, N-terminal domain / Cilia- and flagella-associated protein 61 / Cilia- and flagella-associated protein 61, N-terminal domain / Malate dehydrogenase, NAD-dependent, cytosolic / : / : / Axonemal dynein light chain / Axonemal dynein light chain / : / Echinoderm microtubule-associated protein first beta-propeller / Cilia- and flagella-associated protein 91 / CFAP91 domain / : / Cilia- and flagella-associated protein 91 / Malate dehydrogenase, type 2 / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif / Dynein heavy chain 3, AAA+ lid domain / : / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / AAA+ lid domain / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / : / : / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / MORN motif / MORN repeat / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Adenylate kinase / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Rhodanese Homology Domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Leucine-rich repeat / Rhodanese-like domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Rhodanese-like domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / Leucine Rich repeat / L-lactate/malate dehydrogenase / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger, MYND domain containing 12 / Ciliogenesis-associated TTC17-interacting protein / Dynein, axonemal, heavy chain 6 / Cilia- and flagella-associated protein 44 / Cilia- and flagella-associated protein 251 / Cilia- and flagella-associated protein 43 / Dynein axonemal heavy chain 1 / Tetratricopeptide repeat protein 29 / Adenylate kinase 7 / Adenylate kinase 9 ...Zinc finger, MYND domain containing 12 / Ciliogenesis-associated TTC17-interacting protein / Dynein, axonemal, heavy chain 6 / Cilia- and flagella-associated protein 44 / Cilia- and flagella-associated protein 251 / Cilia- and flagella-associated protein 43 / Dynein axonemal heavy chain 1 / Tetratricopeptide repeat protein 29 / Adenylate kinase 7 / Adenylate kinase 9 / Leucine-rich repeat-containing protein 23 / cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit / Malate dehydrogenase, cytoplasmic / Actin, aortic smooth muscle / UPF0728 protein C10orf53 homolog / A kinase (PRKA) anchor protein 14 / Putative malate dehydrogenase 1B / Cilia- and flagella-associated protein 91 / Axonemal dynein light intermediate polypeptide 1 / Cilia- and flagella-associated protein 61 / Cilia- and flagella-associated protein 57 / MORN repeat-containing protein 5 / Serine/threonine/tyrosine interacting-like 1 / Centrin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Yanhe, Z. / Xuewu, Z. / Daniela, N.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM083122 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR140082 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130289 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The cryo-EM structure of mouse radial spoke 3 reveals a unique metabolic and regulatory hub in cilia
著者: Yanhe, Z. / Xuewu, Z. / Daniela, N.
履歴
登録2024年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase 9
B: Leucine-rich repeat-containing protein 23
C: Leucine-rich repeat-containing protein 23
H: Serine/threonine/tyrosine interacting-like 1
N: Cilia- and flagella-associated protein 91
O: Actin, aortic smooth muscle
P: Axonemal dynein light intermediate polypeptide 1
Q: Axonemal dynein light intermediate polypeptide 1
R: Actin, aortic smooth muscle
S: Centrin-2
U: Dynein axonemal heavy chain 1
W: Cilia- and flagella-associated protein 57
X: Cilia- and flagella-associated protein 57
Y: Cilia- and flagella-associated protein 43
Z: Cilia- and flagella-associated protein 44
T: Dynein, axonemal, heavy chain 6
I: MORN repeat-containing protein 5
J: Cilia- and flagella-associated protein 61
K: Cilia- and flagella-associated protein 251
L: Tetratricopeptide repeat protein 29
M: Zinc finger, MYND domain containing 12
E: Malate dehydrogenase, cytoplasmic
F: Putative malate dehydrogenase 1B
V: UPF0728 protein C10orf53 homolog
a: A kinase (PRKA) anchor protein 14
b: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
c: Ciliogenesis-associated TTC17-interacting protein
D: Adenylate kinase 7
G: Adenylate kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,090,15331
ポリマ－3,090,02229
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Adenylate kinase ... , 2種, 3分子 ADG

#1: タンパク質 Adenylate kinase 9


分子量: 219835.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: G3UYQ4, adenylate kinase
#24: タンパク質 Adenylate kinase 7


分子量: 82643.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: F8WIC0, adenylate kinase

-
タンパク質 , 14種, 17分子 BCHORPQSILMEFVabc

#2: タンパク質 Leucine-rich repeat-containing protein 23 / Leucine-rich protein B7


分子量: 39337.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O35125
#3: タンパク質 Serine/threonine/tyrosine interacting-like 1 / Styxl1 protein


分子量: 37712.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DAR2
#5: タンパク質 Actin, aortic smooth muscle / Alpha-actin-2


分子量: 42054.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P62737, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#6: タンパク質 Axonemal dynein light intermediate polypeptide 1 / Inner dynein arm light chain / axonemal


分子量: 29723.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BVN8
#7: タンパク質 Centrin-2 / Caltractin isoform 1


分子量: 19827.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9R1K9
#13: タンパク質 MORN repeat-containing protein 5


分子量: 20105.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DAI9
#16: タンパク質 Tetratricopeptide repeat protein 29


分子量: 54413.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: E9QLU4
#17: タンパク質 Zinc finger, MYND domain containing 12


分子量: 41394.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A2BGJ5
#18: タンパク質 Malate dehydrogenase, cytoplasmic / Aromatic alpha-keto acid reductase / KAR / Cytosolic malate dehydrogenase


分子量: 36555.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P14152, malate dehydrogenase, diiodophenylpyruvate reductase
#19: タンパク質 Putative malate dehydrogenase 1B


分子量: 56356.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q5F204, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#20: タンパク質 UPF0728 protein C10orf53 homolog


分子量: 10393.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q3KNL4
#21: タンパク質 A kinase (PRKA) anchor protein 14


分子量: 58332.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q3V0I7
#22: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit


分子量: 45442.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P12367
#23: タンパク質 Ciliogenesis-associated TTC17-interacting protein


分子量: 59355.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: B9EKE5

-
Cilia- and flagella-associated protein ... , 6種, 7分子 NWXYZJK

#4: タンパク質 Cilia- and flagella-associated protein 91 / CFAP91 / AMY-1-associating protein expressed in testis 1 homolog / AAT-1 / MYCBP/AMY-1-associated ...CFAP91 / AMY-1-associating protein expressed in testis 1 homolog / AAT-1 / MYCBP/AMY-1-associated testis-expressed protein 1 / Protein MAATS1


分子量: 91764.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BRC6
#9: タンパク質 Cilia- and flagella-associated protein 57 / WD repeat-containing protein 65


分子量: 145133.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D180
#10: タンパク質 Cilia- and flagella-associated protein 43


分子量: 193674.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: E9Q7R9
#11: タンパク質 Cilia- and flagella-associated protein 44


分子量: 211839.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: E9Q5M6
#14: タンパク質 Cilia- and flagella-associated protein 61


分子量: 143458.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8CEL2
#15: タンパク質 Cilia- and flagella-associated protein 251 / WD repeat-containing protein 66


分子量: 148784.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: E9Q743

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抗体 , 2種, 2分子 UT

#8: 抗体 Dynein axonemal heavy chain 1 / Axonemal beta dynein heavy chain 1 / Ciliary dynein heavy chain 1 / mDHC7


分子量: 487618.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: E9Q8T7
#12: 抗体 Dynein, axonemal, heavy chain 6


分子量: 475368.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: E9Q0B6

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非ポリマー , 1種, 2分子

#25: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RS3 from mouse respiratory cilia / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#24 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液pH: 7.4
詳細: 30 mM HEPES pH 7.4, 25 mM KCl, 5 mM MgSO4, 1 mM EGTA, 0.1 mM EDTA
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE
詳細: 4 microliters of splayed axoneme sample were applied to glow-discharged Quantifoil R2/2 Cu grids. After removing excess liquid by blotting the grid from the backside with Whatman filter paper ...詳細: 4 microliters of splayed axoneme sample were applied to glow-discharged Quantifoil R2/2 Cu grids. After removing excess liquid by blotting the grid from the backside with Whatman filter paper for 2-3 s, the grid was immediately plunge-frozen in liquid ethane using a home-made plunge freezer.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.2 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 50000
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.1粒子像選択
4cryoSPARC3.3.1CTF補正
10RELION5初期オイラー角割当
11RELION5最終オイラー角割当
12RELION5分類
13RELION5３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 280000
詳細: particles containing RS3 were manually picked (using the conserved spacing of RSs as guide) centering on the A-tubule of the DMT
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63152
詳細: The particles used for the head-neck is 37453, the resolution is 7.1. The particle used for the base-stalk is 63152, the resolution is 4.7.
対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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