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- PDB-9d28: Crystal structure of (+)-sabinene synthase from Thuja plicata -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d28
タイトルCrystal structure of (+)-sabinene synthase from Thuja plicata
要素Sabinene synthase
キーワードLYASE / Biosynthesis / Terpene / Cyclization
機能・相同性
機能・相同性情報


diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 1, C-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / : / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thuja plicata (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Gaynes, M.N. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM56838 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Structure and Function of Sabinene Synthase, a Monoterpene Cyclase That Generates a Highly Strained [3.1.0] Bicyclic Product.
著者: Gaynes, M.N. / Osika, K.R. / Christianson, D.W.
履歴
登録2024年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月4日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.22024年12月11日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly ...citation / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Sabinene synthase
A: Sabinene synthase
C: Sabinene synthase
D: Sabinene synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,4654
ポリマ－256,4654
非ポリマー00
水3,513195
1
B: Sabinene synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1161
ポリマ－64,1161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Sabinene synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1161
ポリマ－64,1161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sabinene synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1161
ポリマ－64,1161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Sabinene synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1161
ポリマ－64,1161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)273.290, 89.810, 194.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 134.890, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Sabinene synthase


分子量: 64116.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thuja plicata (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R9WS05
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.1 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 mg/ml sabinene synthase, 3.5 M sodium formate (pH 7.0), 10 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→96.81 Å / Num. obs: 143268 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 50.69 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.32→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 1.047 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 14298 / CC1/2: 0.811 / Rpim(I) all: 0.418

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→96.81 Å / SU ML: 0.3208 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.956
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2355 3875 1.38 %
Rwork0.2127 276878 -
obs0.213 143073 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→96.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16050 0 0 195 16245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007216400
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.900922317
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04982479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00692900
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.35235836
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.350.33681340.3519918X-RAY DIFFRACTION99.48
2.35-2.380.3841420.32729898X-RAY DIFFRACTION99.35
2.38-2.410.37471440.31179937X-RAY DIFFRACTION99.5
2.41-2.440.2921420.30579903X-RAY DIFFRACTION99.26
2.44-2.480.2891360.30039887X-RAY DIFFRACTION99.1
2.48-2.510.3181430.29499938X-RAY DIFFRACTION99.33
2.51-2.550.32731330.29129853X-RAY DIFFRACTION98.61
2.55-2.60.34211440.2819817X-RAY DIFFRACTION98.04
2.6-2.640.30181380.27799812X-RAY DIFFRACTION97.71
2.64-2.690.32621420.26249580X-RAY DIFFRACTION96.72
2.69-2.740.27221360.27399986X-RAY DIFFRACTION99.39
2.74-2.80.33611480.26429907X-RAY DIFFRACTION99.49
2.8-2.860.31521360.25759887X-RAY DIFFRACTION99.41
2.86-2.920.26431370.2589992X-RAY DIFFRACTION99.68
2.92-30.32271480.25979972X-RAY DIFFRACTION99.43
3-3.080.26181420.25619918X-RAY DIFFRACTION99.72
3.08-3.170.25131300.26359908X-RAY DIFFRACTION99.37
3.17-3.270.29071270.23239936X-RAY DIFFRACTION99.23
3.27-3.390.21381460.2329952X-RAY DIFFRACTION99.48
3.39-3.520.23851400.2119831X-RAY DIFFRACTION98.64
3.52-3.680.26991360.20199973X-RAY DIFFRACTION99.16
3.68-3.880.23621300.18699713X-RAY DIFFRACTION97.47
3.88-4.120.23061420.18519916X-RAY DIFFRACTION99.12
4.12-4.440.19071230.16169921X-RAY DIFFRACTION99.62
4.44-4.880.18421410.16919961X-RAY DIFFRACTION99.59
4.88-5.590.22771500.18889948X-RAY DIFFRACTION99.4
5.59-7.040.20261260.21269904X-RAY DIFFRACTION99.36
7.04-96.810.14721390.15489710X-RAY DIFFRACTION96.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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