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- PDB-9d20: Crystal structure of DLK1 in complex with ACVR2B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d20
タイトルCrystal structure of DLK1 in complex with ACVR2B
要素
  • Activin receptor type-2B
  • Protein delta homolog 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / DLK1 / ACVR2B / Complex / SIGNALING
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of signaling by NODAL / activin receptor activity / activin receptor activity, type II / lymphatic endothelial cell differentiation / positive regulation of activin receptor signaling pathway / venous blood vessel development / lymphangiogenesis / trophoblast cell migration / retina vasculature development in camera-type eye / embryonic foregut morphogenesis ...Regulation of signaling by NODAL / activin receptor activity / activin receptor activity, type II / lymphatic endothelial cell differentiation / positive regulation of activin receptor signaling pathway / venous blood vessel development / lymphangiogenesis / trophoblast cell migration / retina vasculature development in camera-type eye / embryonic foregut morphogenesis / activin receptor complex / artery development / receptor protein serine/threonine kinase / pattern specification process / activin binding / Signaling by BMP / Signaling by Activin / activin receptor signaling pathway / Signaling by NODAL / gastrulation with mouth forming second / pancreas development / kinase activator activity / determination of left/right symmetry / negative regulation of ossification / anterior/posterior pattern specification / negative regulation of cold-induced thermogenesis / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / insulin secretion / skeletal system morphogenesis / organ growth / growth factor binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / mesoderm development / roof of mouth development / blood vessel remodeling / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / BMP signaling pathway / response to glucose / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / lung development / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / post-embryonic development / kidney development / cellular response to growth factor stimulus / heart development / intracellular iron ion homeostasis / cell differentiation / receptor complex / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / ATP binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain ...: / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / alpha-L-fucopyranose / Protein delta homolog 1 / Activin receptor type-2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.673 Å
データ登録者Ming, Q. / Antfolk, D. / Luca, V.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM133482 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular mechanism of Activin receptor inhibition by DLK1.
著者: Antfolk, D. / Ming, Q. / Manturova, A. / Goebel, E.J. / Thompson, T.B. / Luca, V.C.
履歴
登録2024年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Activin receptor type-2B
D: Protein delta homolog 1
A: Activin receptor type-2B
B: Protein delta homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,98021
ポリマ－39,6784
非ポリマー2,30217
水21612
1
E: Activin receptor type-2B
D: Protein delta homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,10012
ポリマ－19,8392
非ポリマー1,26110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area11150 Å2
手法PISA
2
A: Activin receptor type-2B
B: Protein delta homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8809
ポリマ－19,8392
非ポリマー1,0417
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.980, 52.970, 97.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 EADB

#1: タンパク質 Activin receptor type-2B / Activin receptor type IIB / ACTR-IIB


分子量: 11219.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACVR2B / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q13705, receptor protein serine/threonine kinase
#2: タンパク質 Protein delta homolog 1 / DLK-1 / pG2


分子量: 8619.790 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLK1, DLK / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P80370

-
糖 , 3種, 8分子

#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 21分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 2.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES PH 7.6 and 2.5% polyethylene glycol (PEG) 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→35.89 Å / Num. obs: 15578 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.67-2.770.65215500.860.7691
2.77-2.880.4515390.9080.5331
2.88-3.010.30315470.9580.3591
3.01-3.170.17915430.9850.2131
3.17-3.370.11315520.9930.1361
3.37-3.630.0715390.9960.0841
3.63-3.990.05215590.9970.0611
3.99-4.570.03915540.9990.0461
4.57-5.750.03515750.9980.0421
5.75-35.890.02916180.9990.0351

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.673→35.888 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 776 5.02 %
Rwork0.2124 --
obs0.2139 15468 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.673→35.888 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2625 0 139 12 2776
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042841
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7863866
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6011710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004499
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6731-2.84060.40321260.36062388X-RAY DIFFRACTION97
2.8406-3.05980.38541270.312411X-RAY DIFFRACTION99
3.0598-3.36750.3651300.27752453X-RAY DIFFRACTION99
3.3675-3.85430.28331290.21072438X-RAY DIFFRACTION99
3.8543-4.85410.17841300.17572474X-RAY DIFFRACTION100
4.8541-35.80.20111340.19112528X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4451-0.6687-0.3810.1771-0.0524-0.20770.30450.17470.21840.0215-0.2038-0.6544-0.4222-0.39540.00020.6636-0.0746-0.01160.71260.00550.692464.41828.250520.3069
2-0.01170.32270.10310.52460.76120.3818-0.49730.1082-0.5158-0.18290.4142-0.34070.72160.1357-0.00120.5266-0.12190.04130.7294-0.01560.515552.891726.332520.6348
30.1077-0.0539-0.06730.1540.32650.0387-0.60050.0592-0.72760.1180.18420.12150.6035-0.0622-0.00010.7687-0.11730.10880.7793-0.02920.838149.327121.681419.4833
40.13040.0603-0.14140.08860.24120.1042-0.5563-0.06620.24140.42960.2931-0.3550.13020.4388-0.00030.7046-0.014-0.08540.84490.00050.56748.12138.202324.4648
51.2687-0.13420.54870.8872-0.46141.2138-0.55590.9126-0.49930.0455-0.08450.21730.7316-0.8977-1.79630.9535-0.07630.26290.906-0.09010.941536.5422.340135.1218
6-0.03610.0161-0.019-0.00780.00720.05131.3385-0.2255-0.9877-0.48660.31430.25930.29230.29990.03571.9445-0.6661-0.22761.31290.13941.410625.54888.909433.6143
70.09170.00640.03350.06170.00740.0461-0.024-0.41490.13070.47350.04810.5282-0.03780.3705-0.00010.64660.05940.0640.76990.08310.603639.37910.546515.7029
8-0.0177-0.0151-0.05020.11020.0852-0.09830.38680.54521.0267-0.73530.1177-0.5526-0.1806-0.4837-0.00040.6212-0.04270.20410.6137-0.09651.032548.772515.2946-0.4012
90.01270.2163-0.05240.0747-0.09180.00920.892-0.39990.4576-0.7227-0.1276-0.10250.42170.68510.00171.09320.12850.21140.7260.05420.958155.252712.284-13.1436
100.3261-0.3255-0.16730.201-0.5530.2099-0.6715-0.6474-0.31510.68280.9397-0.1385-0.29560.05470.03140.5648-0.01960.04040.6402-0.04590.634215.5187-0.324215.5938
111.1730.3254-0.31120.6664-0.29070.89340.0604-0.36040.18040.0236-0.24740.64650.0051-0.0047-0.00010.5597-0.04990.05780.5463-0.05780.805427.57262.517410.1813
120.78730.59910.37610.1560.34210.7208-0.05240.2082-0.30710.52830.20140.4922-0.1513-0.056300.72210.06320.10470.54490.00260.989727.8973-1.76724.6812
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 25:55)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 56:86)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 87:118)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 172:198)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 199:232)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 233:248)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain D and resid 173:214)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain D and resid 215:234)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain D and resid 235:251)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain E and resid 25:48)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain E and resid 49:93)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain E and resid 94:118)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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