PDB-9d1s: Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d1s

タイトル

Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 8

要素

Carboxylic ester hydrolase

キーワード

HYDROLASE / directed evolution / insecticide resistance

機能・相同性

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / carboxylic ester hydrolase activity / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold / ACETATE ION / Carboxylic ester hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Frkic, R.L. / Fraser, N. / Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 8
著者: Frkic, R.L. / Fraser, N. / Correy, G.J. / Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2024年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d1s.cif.gz	262 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d1s.ent.gz	208 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d1s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d1s_validation.pdf.gz	487.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d1s_full_validation.pdf.gz	490.3 KB	表示
XML形式データ	9d1s_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	9d1s_validation.cif.gz	46.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d1s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Carboxylic ester hydrolase

ヘテロ分子

67.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.245, 92.132, 104.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Carboxylic ester hydrolase 分子量: 65910.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ) 遺伝子: LcaE7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q25252, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 562分子

#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 8-13% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM BisTris pH 6.5, 6% methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→49.23 Å / Num. obs: 124080 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.15 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.156 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 1668785
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 2.886 / Num. measured all: 83043 / Num. unique obs: 6033 / CC_1/2: 0.428 / R_pim(I) all: 0.797 / R_rim(I) all: 2.996 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.35→44.56 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1777	6230	5.03 %
R_work	0.1435	-	-
obs	0.1452	123977	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→44.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4574	0	82	547	5203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.925
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.537	764
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	707
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	864

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.37	0.2963	186	0.2691	3852	X-RAY DIFFRACTION	99
1.37-1.38	0.2725	198	0.2572	3893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.38-1.4	0.2861	223	0.2461	3858	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4-1.42	0.2524	217	0.2341	3857	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.43	0.2788	197	0.2198	3862	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.45	0.2407	204	0.2168	3928	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.48	0.2421	217	0.2096	3853	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.5	0.2542	194	0.1972	3885	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.52	0.2485	211	0.1859	3875	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.55	0.2061	199	0.1697	3905	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.57	0.2339	207	0.1632	3891	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.6	0.1897	212	0.1541	3883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.1802	228	0.1353	3881	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.1825	212	0.1269	3940	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.7	0.19	198	0.1213	3886	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.74	0.1631	230	0.1182	3885	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.78	0.1555	211	0.118	3903	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.83	0.1752	189	0.1254	3931	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.89	0.1847	210	0.1296	3920	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.95	0.1756	199	0.1247	3934	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.02	0.1764	213	0.1267	3936	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.1	0.175	222	0.1239	3908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.19	0.1668	227	0.1278	3906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.31	0.1565	203	0.1304	3946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.45	0.158	188	0.1352	3969	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.64	0.1701	199	0.142	3992	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.91	0.1887	223	0.1476	3979	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.33	0.1597	216	0.1413	3985	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-4.19	0.1497	192	0.1235	4079	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-44.56	0.1605	205	0.147	4225	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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