PDB-9d1q: Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d1q

タイトル

Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 6

要素

Carboxylic ester hydrolase

キーワード

HYDROLASE / directed evolution / insecticide resistance

機能・相同性

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / carboxylic ester hydrolase activity / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Carboxylic ester hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Frkic, R.L. / Fraser, N. / Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 6
著者: Frkic, R.L. / Fraser, N. / Correy, G.J. / Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2024年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d1q.cif.gz	150.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d1q.ent.gz	114.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d1q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d1q_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d1q_full_validation.pdf.gz	469.3 KB	表示
XML形式データ	9d1q_validation.xml.gz	33.1 KB	表示
CIF形式データ	9d1q_validation.cif.gz	47.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d1q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Carboxylic ester hydrolase

ヘテロ分子

66.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.104, 92.236, 105.774
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carboxylic ester hydrolase 分子量: 65923.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ) 遺伝子: LcaE7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q25252, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.78 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 8-13% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM BisTris pH 6.5, 6% methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→45.88 Å / Num. obs: 125243 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.12 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 1557959
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 2.707 / Num. measured all: 76495 / Num. unique obs: 6108 / CC_1/2: 0.49 / R_pim(I) all: 0.8 / R_rim(I) all: 2.825 / Χ²: 0.74 / Net I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.35→45.88 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1973	6229	4.98 %
R_work	0.1717	-	-
obs	0.1729	125083	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→45.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4588	0	43	632	5263

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.944
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.66	765
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	705
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	862

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.37	0.29	222	0.3078	3880	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.38	0.3135	228	0.2969	3903	X-RAY DIFFRACTION	100
1.38-1.4	0.2872	174	0.2767	3952	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.42	0.2882	210	0.2682	3940	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.43	0.2534	179	0.2504	3914	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.45	0.2781	216	0.2555	3944	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.48	0.2754	210	0.2429	3889	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.5	0.2636	214	0.2381	3901	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.52	0.2622	198	0.2364	3941	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.55	0.2669	205	0.2303	3929	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.57	0.2156	201	0.212	3947	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.6	0.2224	199	0.1973	3912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.2336	198	0.193	3964	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.1917	219	0.1737	3895	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.7	0.1975	208	0.1759	3967	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.74	0.1923	212	0.1725	3908	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.78	0.2058	201	0.1699	3949	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.83	0.1969	224	0.179	3959	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.89	0.2048	226	0.1839	3928	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.95	0.208	184	0.1855	3982	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.02	0.2159	218	0.1716	3934	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.1	0.2028	195	0.1772	3984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.19	0.1952	210	0.1655	3971	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.31	0.1773	234	0.163	3959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.45	0.1711	218	0.1647	3966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.64	0.2129	213	0.169	4015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.91	0.1844	198	0.1748	4017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.33	0.1987	206	0.1598	4029	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-4.19	0.1616	199	0.1404	4115	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-45.88	0.182	210	0.1496	4260	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)