PDB-9d1p: Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d1p

タイトル

Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 5

要素

Carboxylic ester hydrolase

キーワード

HYDROLASE / directed evolution / insecticide resistance

機能・相同性

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / carboxylic ester hydrolase activity / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Carboxylic ester hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Frkic, R.L. / Fraser, N. / Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 5
著者: Frkic, R.L. / Fraser, N. / Correy, G.J. / Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2024年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d1p.cif.gz	270.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d1p.ent.gz	215.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d1p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d1p_validation.pdf.gz	482.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d1p_full_validation.pdf.gz	485.8 KB	表示
XML形式データ	9d1p_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	9d1p_validation.cif.gz	46.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d1p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Carboxylic ester hydrolase

ヘテロ分子

66.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.952, 91.835, 105.177
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Carboxylic ester hydrolase 分子量: 65886.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ) 遺伝子: LcaE7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q25252, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 6種, 563分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 8-13% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM BisTris pH 6.5, 6% methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→49.01 Å / Num. obs: 90286 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.131 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.137 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 1192327
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 2.308 / Num. measured all: 58472 / Num. unique obs: 4412 / CC_1/2: 0.537 / R_pim(I) all: 0.65 / R_rim(I) all: 2.399 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→49.01 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1823	4612	5.11 %
R_work	0.1576	-	-
obs	0.1589	90193	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→49.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4590	0	69	554	5213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.948
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.707	747
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	693
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	847

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.3144	151	0.2953	2806	X-RAY DIFFRACTION	99
1.52-1.53	0.307	143	0.2652	2791	X-RAY DIFFRACTION	99
1.53-1.55	0.2661	130	0.2429	2825	X-RAY DIFFRACTION	99
1.55-1.57	0.2561	153	0.2337	2822	X-RAY DIFFRACTION	99
1.57-1.59	0.2634	152	0.2185	2783	X-RAY DIFFRACTION	99
1.59-1.62	0.2456	166	0.2174	2799	X-RAY DIFFRACTION	99
1.62-1.64	0.205	145	0.198	2813	X-RAY DIFFRACTION	99
1.64-1.66	0.1928	143	0.1887	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.2257	164	0.1858	2790	X-RAY DIFFRACTION	99
1.69-1.72	0.1992	157	0.1739	2813	X-RAY DIFFRACTION	99
1.72-1.75	0.1896	149	0.1692	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.78	0.2165	147	0.1631	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.2037	157	0.1716	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.85	0.2007	162	0.1635	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.89	0.2035	154	0.1667	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.93	0.182	147	0.1569	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.98	0.1671	141	0.1491	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.04	0.178	147	0.1444	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.1	0.1727	166	0.1462	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.16	0.2029	155	0.1474	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.24	0.1623	171	0.1472	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.33	0.1749	152	0.1461	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.44	0.1819	130	0.1537	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.56	0.1862	158	0.1552	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.73	0.181	148	0.1604	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.94	0.1664	166	0.1669	2897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.23	0.1589	157	0.1564	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.7	0.1551	167	0.1383	2910	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-4.66	0.1447	157	0.1297	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-49.01	0.2085	177	0.159	3085	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 18.3541 Å / Origin y: -4.8507 Å / Origin z: -16.663 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1237 Å²	0.0139 Å²	-0.0012 Å²	-	0.1248 Å²	0.0055 Å²	-	-	0.1272 Å²
L	0.4225 °²	0.1037 °²	-0.1076 °²	-	0.4422 °²	-0.0062 °²	-	-	0.3562 °²
S	0.0262 Å °	-0.0079 Å °	0.0256 Å °	0.0174 Å °	-0.0076 Å °	0.0299 Å °	-0.0137 Å °	-0.019 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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