PDB-9d1o: Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d1o

タイトル

Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 4

要素

Carboxylic ester hydrolase

キーワード

HYDROLASE / directed evolution / insecticide resistance

機能・相同性

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / carboxylic ester hydrolase activity / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold / Carboxylic ester hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Frkic, R.L. / Fraser, N. / Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 4
著者: Frkic, R.L. / Fraser, N. / Correy, G.J. / Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2024年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d1o.cif.gz	256.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d1o.ent.gz	203.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d1o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d1o_validation.pdf.gz	467.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d1o_full_validation.pdf.gz	471.4 KB	表示
XML形式データ	9d1o_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	9d1o_validation.cif.gz	46.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d1o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Carboxylic ester hydrolase

ヘテロ分子

66.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.739, 91.582, 105.358
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carboxylic ester hydrolase 分子量: 65662.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ) 遺伝子: LcaE7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q25252, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.93 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 8-13% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM BisTris pH 6.5, 6% methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→47.61 Å / Num. obs: 118685 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.116 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.121 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 1543895
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 2.68 / Num. measured all: 77496 / Num. unique obs: 5801 / CC_1/2: 0.426 / R_pim(I) all: 0.75 / R_rim(I) all: 2.785 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.35→47.61 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1877	6059	5.11 %
R_work	0.1513	-	-
obs	0.1531	118572	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→47.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4519	0	26	578	5123

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.934
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.997	704
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	688
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	840

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.37	0.3387	213	0.2985	3668	X-RAY DIFFRACTION	99
1.37-1.38	0.3318	217	0.2679	3677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.38-1.4	0.2734	209	0.2503	3693	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4-1.42	0.3007	208	0.237	3673	X-RAY DIFFRACTION	99
1.42-1.43	0.285	197	0.2298	3692	X-RAY DIFFRACTION	99
1.43-1.45	0.2585	209	0.2121	3713	X-RAY DIFFRACTION	99
1.45-1.48	0.2304	202	0.1934	3711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.5	0.2525	212	0.1915	3683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.52	0.2413	207	0.186	3699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.55	0.2386	203	0.1726	3721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.57	0.2177	178	0.1644	3720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.6	0.2241	189	0.1538	3740	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.1922	207	0.1424	3714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.1802	204	0.1381	3736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.7	0.1841	202	0.1355	3747	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.74	0.1832	202	0.1293	3712	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.78	0.1762	190	0.135	3758	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.83	0.1745	198	0.1312	3728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.89	0.1836	208	0.1329	3733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.95	0.174	182	0.1375	3796	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.02	0.188	214	0.1326	3725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.1	0.1686	197	0.132	3759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.19	0.197	216	0.1361	3768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.31	0.1527	189	0.1361	3778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.45	0.19	206	0.1438	3787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.64	0.169	214	0.1511	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.91	0.1874	210	0.1583	3812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.33	0.192	190	0.1538	3828	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-4.19	0.1486	189	0.1384	3889	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-47.61	0.1865	197	0.1529	4061	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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