PDB-9d1n: Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d1n

タイトル

Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 3

要素

Carboxylic ester hydrolase

キーワード

HYDROLASE / directed evolution / insecticide resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / carboxylic ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Frkic, R.L. / Fraser, N. / Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 3
著者: Frkic, R.L. / Fraser, N. / Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2024年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d1n.cif.gz	259.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d1n.ent.gz	205.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d1n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d1n_validation.pdf.gz	484 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d1n_full_validation.pdf.gz	489.2 KB	表示
XML形式データ	9d1n_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	9d1n_validation.cif.gz	48.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d1n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Carboxylic ester hydrolase

ヘテロ分子

67.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.900, 92.394, 105.579
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Carboxylic ester hydrolase 分子量: 66039.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ) 遺伝子: LcaE7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q25252, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 6種, 637分子

#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 8-13% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM BisTris pH 6.5, 6% methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→46.2 Å / Num. obs: 112033 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.199 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.207 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 1472324
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 3.262 / Num. measured all: 71205 / Num. unique obs: 5479 / CC_1/2: 0.398 / R_pim(I) all: 0.936 / R_rim(I) all: 3.396 / Χ²: 0.85 / Net I/σ(I) obs: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→46.2 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2032	5748	5.14 %
R_work	0.1776	-	-
obs	0.1789	111729	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→46.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4591	0	73	627	5291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.972
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.319	766
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	692
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	835

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.3378	176	0.3342	3517	X-RAY DIFFRACTION	99
1.42-1.43	0.3411	177	0.3117	3488	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.45	0.3024	189	0.2996	3495	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.2755	188	0.2735	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.49	0.2725	162	0.2621	3515	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.51	0.2648	186	0.2464	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.53	0.2683	191	0.2403	3499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.55	0.2557	197	0.2328	3481	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.58	0.2817	182	0.2368	3522	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.2499	201	0.2357	3509	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.2703	183	0.2306	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.2679	185	0.2237	3486	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.2369	160	0.2095	3533	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.2312	183	0.2002	3537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.2353	188	0.1982	3531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.8	0.214	204	0.1857	3507	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.85	0.2095	188	0.1781	3523	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.224	187	0.1804	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.96	0.22	196	0.1867	3508	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.02	0.201	209	0.1881	3516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.09	0.2099	201	0.1725	3520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.17	0.2208	192	0.1735	3524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.27	0.1948	193	0.1708	3558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.39	0.2029	195	0.1766	3542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.54	0.2246	213	0.1846	3528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.74	0.1945	198	0.1805	3577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.02	0.2126	214	0.1694	3565	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.45	0.1801	223	0.1511	3587	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-4.35	0.1468	185	0.1317	3661	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-46.2	0.1548	202	0.1482	3810	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6098	0.3453	0.0079	0.7278	-0.0704	0.4286	-0.0144	0.0286	0.0325	-0.0651	0.0141	0.0036	-0.0193	0.0046	-0.0022	0.1449	0.0168	0.0071	0.1164	-0.0012	0.111	25.8182	-5.4889	-25.997
2	2.1639	-0.0087	-0.5589	3.4168	-0.7582	1.67	0.0099	0.1851	-0.0585	-0.4017	0.0672	0.3579	0.0158	-0.1062	-0.0635	0.1723	0.0035	-0.0688	0.2222	0.0062	0.21	1.567	-14.9677	-35.5981
3	2.291	-0.1945	1.0589	0.5262	-0.5355	1.1721	-0.0472	-0.1729	0.0323	0.0899	0.0411	0.0742	-0.0012	-0.1764	-0.0015	0.1457	0.0003	0.0265	0.1262	-0.0008	0.1221	10.4153	-18.3936	-16.1538
4	3.3064	-0.5422	-0.4874	1.2787	-0.1911	0.5297	0.0661	0.0909	0.097	-0.0126	0.0297	0.1851	-0.007	-0.0824	-0.097	0.173	0.0039	0.0047	0.1379	0.0009	0.1143	3.5432	-3.393	-3.4555
5	1.5059	0.3967	-0.4581	2.5067	-1.6628	2.9156	0.0814	0.044	0.1909	-0.0194	0.0565	0.1884	-0.1121	-0.1651	-0.1364	0.1303	0.0032	0.0128	0.1064	-0.0256	0.1277	21.2811	8.3609	-12.0535
6	1.1318	-0.9965	0.288	3.0874	-1.5702	2.0484	0.0127	-0.1374	0.1908	0.2645	-0.0418	-0.3044	-0.2413	0.1875	0.0353	0.1516	-0.0267	-0.0135	0.145	-0.0263	0.1379	32.7622	3.1458	-3.3774
7	4.0657	2.218	-1.0434	1.7826	-0.6033	1.2649	0.1151	-0.2771	0.0355	0.144	-0.108	0.013	-0.0543	0.0525	-0.018	0.1816	0.0128	0.0133	0.1336	-0.0038	0.097	13.9569	-5.0214	5.145

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 258 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 259 through 296 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 297 through 341 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 342 through 435 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 436 through 491 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 492 through 530 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 531 through 570 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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