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- PDB-9d10: Photoactive Yellow Protein, crystals from PEG, room temperature -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d10
タイトルPhotoactive Yellow Protein, crystals from PEG, room temperature
要素Photoactive yellow protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / photoactive yellow protein / phototaxis
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photoactive yellow-protein / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / Photoactive yellow protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Malla, T.N. / Schmidt, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2423601 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2025
タイトル: Exploiting fourth-generation synchrotron radiation for enzyme and photoreceptor characterization.
著者: Malla, T.N. / Muniyappan, S. / Menendez, D. / Ogukwe, F. / Dale, A.N. / Clayton, J.D. / Weatherall, D.D. / Karki, P. / Dangi, S. / Mandella, V. / Pacheco, A.A. / Stojkovic, E.A. / Rose, S.L. ...著者: Malla, T.N. / Muniyappan, S. / Menendez, D. / Ogukwe, F. / Dale, A.N. / Clayton, J.D. / Weatherall, D.D. / Karki, P. / Dangi, S. / Mandella, V. / Pacheco, A.A. / Stojkovic, E.A. / Rose, S.L. / Orlans, J. / Basu, S. / de Sanctis, D. / Schmidt, M.
履歴
登録2024年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoactive yellow protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0532
ポリマ－13,8891
非ポリマー1641
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.360, 41.360, 118.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Photoactive yellow protein / PYP


分子量: 13888.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
遺伝子: pyp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物 ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化温度: 292 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM MES, 40% PEG 4000 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月3日
放射モノクロメーター: multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→118 Å / Num. obs: 2377266 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 135 % / Biso Wilson estimate: 27.83 Å2 / CC1/2: 0.99 / R split: 0.1 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Num. unique obs: 513 / CC1/2: 0.65 / R split: 3
Serial crystallography measurementSource size: 4 µm2
Serial crystallography sample delivery解説: fixed target scan / 手法: fixed target
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 36668 / Lattices indexed: 37078

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→35.82 Å / SU ML: 0.2234 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 26.116
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 500 5.16 %
Rwork0.1525 9189 -
obs0.1548 9689 91.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数976 0 11 52 1039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00631035
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81871395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0524147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004185
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7657380
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.980.3374850.3351867X-RAY DIFFRACTION73.69
1.98-2.270.30081470.19732290X-RAY DIFFRACTION92.63
2.27-2.860.20381420.19122473X-RAY DIFFRACTION98.38
2.86-35.820.15711260.10972559X-RAY DIFFRACTION99.67
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.9965698696 Å / Origin y: -13.3318236835 Å / Origin z: -8.8799260354 Å
111213212223313233
T0.238428327064 Å20.0172101737317 Å28.32913196561E-6 Å2-0.209479672901 Å20.0176057458537 Å2--0.196047766574 Å2
L2.48322434133 °2-0.116006978683 °2-0.673750179311 °2-2.91564528199 °2-0.0809794688821 °2--2.1859526439 °2
S0.093162239783 Å °0.0687028177422 Å °0.0828415304816 Å °-0.030649792494 Å °-0.0916300773002 Å °-0.18122940492 Å °0.0489000848857 Å °0.0440871906535 Å °0.00588948793938 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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