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万見
- PDB-9d0t: Core particle assembly intermediate 1 purified from Saccharomyces... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d0t
タイトルCore particle assembly intermediate 1 purified from Saccharomyces cerevisiae
要素
  • (Proteasome subunit alpha type- ...) x 6
  • (Proteasome subunit beta type- ...) x 3
  • Probable proteasome subunit alpha type-7
  • Proteasome activator BLM10
  • Proteasome maturation factor UMP1,Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle
キーワードHYDROLASE / Proteasome / assembly chaperone / Blm10 / PA200 / Blm10-13S / Pba1 / CP
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex import into nucleus / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / myosin light chain binding / proteasome storage granule assembly / cardiac muscle tissue morphogenesis / proteasome core complex assembly / peptidase activator activity / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly ...proteasome core complex import into nucleus / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / myosin light chain binding / proteasome storage granule assembly / cardiac muscle tissue morphogenesis / proteasome core complex assembly / peptidase activator activity / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / proteasome binding / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / regulation of proteasomal protein catabolic process / chorismate biosynthetic process / Ub-specific processing proteases / proteasome endopeptidase complex / endopeptidase activator activity / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome assembly / aromatic amino acid family biosynthetic process / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / striated muscle contraction / amino acid biosynthetic process / : / Neutrophil degranulation / proteasome complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / calmodulin binding / DNA repair / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome activator Blm10, N-terminal / Proteasome-substrate-size regulator, N-terminal / Myosin light chain kinase 2, catalytic domain / Proteasome activator complex subunit 4 C-terminal domain / Proteasome activator Blm10, mid region / Proteasome activator complex subunit 4 / : / Proteasome activator complex subunit 4-like, C-terminal / Proteasome activator complex subunit 4, mid HEAT repeats region / Proteasome activator complex subunit 4-like, HEAT repeat-like ...Proteasome activator Blm10, N-terminal / Proteasome-substrate-size regulator, N-terminal / Myosin light chain kinase 2, catalytic domain / Proteasome activator complex subunit 4 C-terminal domain / Proteasome activator Blm10, mid region / Proteasome activator complex subunit 4 / : / Proteasome activator complex subunit 4-like, C-terminal / Proteasome activator complex subunit 4, mid HEAT repeats region / Proteasome activator complex subunit 4-like, HEAT repeat-like / Proteasome maturation factor Ump1 / Proteasome maturation factor UMP1 / DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Aldolase-type TIM barrel / Armadillo-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome maturation factor UMP1 ...Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome maturation factor UMP1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome activator BLM10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Chen, X. / Kaur, M. / Roelofs, J. / Walters, K.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1 ZIA BC011490 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM149314 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Structure of Blm10:13S proteasome intermediate reveals parallel assembly pathways for the proteasome core particle.
著者: Mandeep Kaur / Xiang Chen / Stella Y Lee / Tyler M Weaver / Bret D Freudenthal / Kylie J Walters / Jeroen Roelofs /
要旨: Proteasomes are formed by chaperone-assisted assembly of core particles (CPs) and regulatory particles (RPs). The CP chaperone dimer Pba1/Pba2 binds early to proteasome subunits, and is thought to be ...Proteasomes are formed by chaperone-assisted assembly of core particles (CPs) and regulatory particles (RPs). The CP chaperone dimer Pba1/Pba2 binds early to proteasome subunits, and is thought to be replaced by Blm10 to form Blm10:CP, which promotes ATP-independent degradation of disordered proteins. Here, we present evidence of distinct parallel assembly pathways for CP by solving five cryo-EM structures including a Blm10:13S pre-assembly intermediate. Our data conflict with the current model of Blm10 and Pba1/Pba2 sequential activity in a single assembly pathway, as we find their CP binding is mutually exclusive and both are present on early and late assembly intermediates. CP affinity for Pba1/Pba2 is reduced during maturation, promoting Pba1/Pba2 release. We find Blm10 undergoes no such affinity switch, suggesting this pathway predominantly yields mature Blm10-bound CP. Altogether, our findings conflict with the current paradigm of sequential CP binding to instead indicate parallel assembly pathways by Pba1/Pba2 and Blm10.
履歴
登録2024年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit alpha type-1
B: Proteasome subunit alpha type-2
C: Proteasome subunit alpha type-3
D: Proteasome subunit alpha type-4
E: Proteasome subunit alpha type-5
F: Proteasome subunit alpha type-6
G: Probable proteasome subunit alpha type-7
I: Proteasome subunit beta type-2
J: Proteasome subunit beta type-3
K: Proteasome subunit beta type-4
O: Proteasome activator BLM10
P: Proteasome maturation factor UMP1,Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)540,82012
ポリマ－540,82012
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-1 / Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component C7- ...Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component C7-alpha / Proteasome component Y8 / Proteinase YSCE subunit 7 / SCL1 suppressor protein


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SCL1, PRC2, PRS2, YGL011C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21243
#2: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-2 / Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteasome component Y7 / ...Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteasome component Y7 / Proteinase YSCE subunit 7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PRE8, PRS4, YML092C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23639
#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-3 / Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteasome component Y13 ...Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteasome component Y13 / Proteinase YSCE subunit 13


分子量: 28748.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PRE9, PRS5, YGR135W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23638
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-4 / Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteasome component PRE6 / Proteinase YSCE subunit PRE6


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PRE6, YOL038W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40303
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-5 / Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteasome component ...Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteasome component PUP2 / Proteinase YSCE subunit PUP2


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PUP2, DOA5, YGR253C, G9155 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32379
#6: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-6 / Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteasome component PRE5 / Proteinase YSCE subunit PRE5


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PRE5, YMR314W, YM9924.06 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40302

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タンパク質 , 3種, 3分子 GOP

#7: タンパク質 Probable proteasome subunit alpha type-7 / Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteasome component C1 / ...Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteasome component C1 / Proteinase YSCE subunit 1


分子量: 31575.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PRE10, PRC1, PRS1, YOR362C, O6650 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21242
#11: タンパク質 Proteasome activator BLM10 / Bleomycin resistance protein BLM10


分子量: 246282.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BLM10, BLM3, YFL007W, YFL006W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P43583
#12: タンパク質 Proteasome maturation factor UMP1,Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle / MLCK2


分子量: 22753.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: UMP1, YBR173C, YBR1234, MYLK2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P38293, UniProt: A4IFM7, myosin-light-chain kinase

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Proteasome subunit beta type- ... , 3種, 3分子 IJK

#8: タンパク質 Proteasome subunit beta type-2 / Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteasome component ...Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteasome component PUP1 / Proteinase YSCE subunit PUP1


分子量: 28299.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PUP1, YOR157C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome subunit beta type-3 / Macropain subunit PUP3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP3 / Proteasome component PUP3


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PUP3, YER094C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25451
#10: タンパク質 Proteasome subunit beta type-4 / Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteasome component C11 ...Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteasome component C11 / Proteinase YSCE subunit 11


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PRE1, YER012W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22141

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Proteasome assembly intermediate / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.534 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 5 mM MgCl2, 2 mM EGTA, 1 mM DDT
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochlorideC4H12NO3Cl1
25 mMMagnesium dichlorideMgCl21
32 mMEGTAC14H24N2O101
41 mMDichlorodiphenyltrichloroethaneC14H9Cl51
試料濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 0.42 mBar, 15mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 298.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1.034 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 58
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4.1粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.4.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.8モデルフィッティング
8Coot0.9.8.93 ELモデルフィッティング
10cryoSPARC4.4.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.4.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.4.1分類
13cryoSPARC4.4.1３次元再構成
14PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4058518
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 586158 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 120.13 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDInitial refinement model-ID
14V7O

4v7o

CA4V7OCA1
24V7O

4v7o

DA4V7ODA1
34V7O

4v7o

EA4V7OEA1
47LSX

7lsx

A7LSXA2
57LSX

7lsx

B7LSXB2
67LSX

7lsx

C7LSXC2
77LSX

7lsx

D7LSXD2
87LSX

7lsx

E7LSXE2
97LSX

7lsx

F7LSXF2
107LSX

7lsx

G7LSXG2
117LSX

7lsx

H7LSXH2
127LSX

7lsx

I7LSXI2
137LSX

7lsx

J7LSXJ2
147LSX

7lsx

K7LSXK2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01434210
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.88346293
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.68112666
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1035259
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0125919

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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