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- PDB-9d0r: Crystal structure of human Wee1 kinase domain in complex with inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d0r
タイトルCrystal structure of human Wee1 kinase domain in complex with inhibitor
要素Wee1-like protein kinase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / tyrosine-protein kinase / kinase / transferase / inhibitor / complex / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / establishment of cell polarity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / neuron projection morphogenesis ...G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / establishment of cell polarity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / neuron projection morphogenesis / positive regulation of DNA replication / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / microtubule cytoskeleton organization / G2/M transition of mitotic cell cycle / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / protein tyrosine kinase activity / cell division / nucleolus / magnesium ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Wee1-like protein kinase / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Wee1-like protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Bell, J.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Harnessing free energy calculations for kinome-wide selectivity in drug discovery campaigns with a Wee1 case study.
著者: Knight, J.L. / Clark, A.J. / Wang, J. / Placzek, A. / Bos, P.H. / Bhat, S. / Bell, J.A. / Silvergleid, S. / Yin, W. / Gray, F. / Sun, S. / Akinsanya, K. / Abel, R. / Gerasyuto, A.I.
履歴
登録2024年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Wee1-like protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1328
ポリマ－32,4851
非ポリマー6477
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.571, 69.571, 157.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Wee1-like protein kinase / WEE1hu / Wee1A kinase


分子量: 32485.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WEE1 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P30291, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-A1A1T / 7-methyl-2-{[1-(1-methylpiperidin-4-yl)-1H-pyrazol-4-yl]amino}-6-[(1R)-1-(thiophen-2-yl)ethyl]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-5-carbonitrile


分子量: 446.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26N8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: hepes, sodium chloride, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→30 Å / Num. obs: 16942 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.34→2.47 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.739 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 2404 / CC1/2: 0.917 / Rpim(I) all: 0.22 / Rrim(I) all: 0.772 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PRIME-X精密化
MOSFLM7.3.0データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.34→29.01 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 837 5 %Random
Rwork0.214 ---
obs-16862 100 %-
溶媒の処理Bsol: 69.39 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.214 Å20 Å20 Å2
2---0.214 Å20 Å2
3---0.428 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→29.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2101 0 38 250 2389
拘束条件タイプ: OPLS 2005X
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.43 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 84 5 %
Rwork0.28 1686 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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