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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9d03 | ||||||
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タイトル | Co-crystal structure of circularly permuted human taspase-1 bound to ligand SMDC1014689 1-(ethenesulfonyl)-4-{[3-fluoro-4-(trifluoromethoxy)phenyl]methyl}piperazine | ||||||
![]() | Threonine aspartase subunit beta,Threonine aspartase subunit alpha | ||||||
![]() | HYDROLASE / MLL / TASPASE-1 / CIRCULAR PERMUTATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; スレオニンエンドペプチターゼ / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / threonine-type endopeptidase activity / protein maturation / positive regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Delker, S.L. / Edwards, T.E. / Abendroth, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Co-crystal structure of circularly permuted human taspase-1 bound to ligand SMDC1014689 1-(ethenesulfonyl)-4-{[3-fluoro-4-(trifluoromethoxy)phenyl]methyl}piperazine 著者: Delker, S.L. / Edwards, T.E. / Abendroth, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 238.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 191.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 931.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 935.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6vku |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35343.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | 分子量: 368.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16F4N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.27 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: HUMAN TASPASE-1 VCID 11900 AT 9.23 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 8, 0.5 M NACL, 5% GLYCEROL AGAINST PACT SCREEN CONDITION B11 CONTAINING 0.1M MES, PH 5.8, 17% PEG 6000, 0.2M CALCIUM CHLORIDE + 2. ...詳細: HUMAN TASPASE-1 VCID 11900 AT 9.23 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 8, 0.5 M NACL, 5% GLYCEROL AGAINST PACT SCREEN CONDITION B11 CONTAINING 0.1M MES, PH 5.8, 17% PEG 6000, 0.2M CALCIUM CHLORIDE + 2.5MM 107873 (SMDC1014689) SUPPLEMENTED WITH 20% ETHYLENE GLYCOL AS A CRYO-PROTECTANT, CRYSTAL TRACKING ID 286834 A5, UNIQUE PUCK ID KJB2-3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月13日 詳細: Vertical Focusing Mirror: ultra-low expansion (ULE) titanium siliicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→46.83 Å / Num. obs: 23935 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.72 % / Biso Wilson estimate: 51.16 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 20.95 / Num. measured all: 184707 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→46.83 Å / 冗長度: 7.69 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. measured obs: 1998 / Num. possible: 298 / Num. unique obs: 283 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.036 / Rsym value: 0.619 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 135.86 Å2 / Biso mean: 55.22 Å2 / Biso min: 23.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.45→46.83 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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