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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d03
タイトルCo-crystal structure of circularly permuted human taspase-1 bound to ligand SMDC1014689 1-(ethenesulfonyl)-4-{[3-fluoro-4-(trifluoromethoxy)phenyl]methyl}piperazine
要素Threonine aspartase subunit beta,Threonine aspartase subunit alpha
キーワードHYDROLASE / MLL / TASPASE-1 / CIRCULAR PERMUTATION
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; スレオニンエンドペプチターゼ / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / threonine-type endopeptidase activity / protein maturation / positive regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Threonine aspartase 1 / Peptidase T2, asparaginase 2 / Asparaginase / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Threonine aspartase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Delker, S.L. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F32GM139242 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Co-crystal structure of circularly permuted human taspase-1 bound to ligand SMDC1014689 1-(ethenesulfonyl)-4-{[3-fluoro-4-(trifluoromethoxy)phenyl]methyl}piperazine
著者: Delker, S.L. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.
履歴
登録2024年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Threonine aspartase subunit beta,Threonine aspartase subunit alpha
B: Threonine aspartase subunit beta,Threonine aspartase subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5779
ポリマ-70,6882
非ポリマー8897
1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area21420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.330, 60.330, 316.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Threonine aspartase subunit beta,Threonine aspartase subunit alpha


分子量: 35343.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TASP1, C20orf13 / プラスミド: VCID 11900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H6P5
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 化合物 ChemComp-R1M / 1-(ethenylsulfonyl)-4-{[3-fluoro-4-(trifluoromethoxy)phenyl]methyl}piperazine


分子量: 368.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C14H16F4N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.27 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: HUMAN TASPASE-1 VCID 11900 AT 9.23 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 8, 0.5 M NACL, 5% GLYCEROL AGAINST PACT SCREEN CONDITION B11 CONTAINING 0.1M MES, PH 5.8, 17% PEG 6000, 0.2M CALCIUM CHLORIDE + 2. ...詳細: HUMAN TASPASE-1 VCID 11900 AT 9.23 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 8, 0.5 M NACL, 5% GLYCEROL AGAINST PACT SCREEN CONDITION B11 CONTAINING 0.1M MES, PH 5.8, 17% PEG 6000, 0.2M CALCIUM CHLORIDE + 2.5MM 107873 (SMDC1014689) SUPPLEMENTED WITH 20% ETHYLENE GLYCOL AS A CRYO-PROTECTANT, CRYSTAL TRACKING ID 286834 A5, UNIQUE PUCK ID KJB2-3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月13日
詳細: Vertical Focusing Mirror: ultra-low expansion (ULE) titanium siliicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→46.83 Å / Num. obs: 23935 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.72 % / Biso Wilson estimate: 51.16 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 20.95 / Num. measured all: 184707
反射 シェル解像度: 2.45→46.83 Å / 冗長度: 7.69 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. measured obs: 1998 / Num. possible: 298 / Num. unique obs: 283 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.036 / Rsym value: 0.619 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXDEV_2621精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→46.83 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 1954 8.2 %
Rwork0.159 --
obs0.162 23829 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.86 Å2 / Biso mean: 55.22 Å2 / Biso min: 23.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→46.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4315 0 53 63 4431
Biso mean--44.38 47.14 -
残基数----621
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 178 -
Rwork0.2054 1561 -
all-1739 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.35412.76112.41472.35611.77292.4972-0.12520.0312-0.0406-0.01870.09030.07360.1737-0.0250.0710.39790.11360.05840.27540.08480.227829.103638.19038.219
24.2670.715-1.79858.99053.46968.5199-0.17270.09160.2228-0.16770.6309-1.0967-0.35391.5961-0.62640.52460.0178-0.01880.53030.02930.337534.134844.13084.8157
35.56671.3232-0.98293.4921-0.37495.05-0.20610.63330.1839-0.32360.17550.08120.18970.28220.02270.41130.0342-0.04030.45110.01150.201830.869438.5729-5.3277
43.1536-0.06481.57162.06270.82243.12590.03680.2684-0.42170.12640.1417-0.24920.78990.4338-0.14950.57810.15680.05650.31930.03730.373735.829329.1278.8105
54.79571.9131.09448.67321.21748.0901-0.0859-0.724-0.20940.790.0988-0.41740.86190.1682-0.0450.64970.18310.03130.33210.01810.290533.552232.948124.6413
61.78381.4209-1.118.9311-4.99296.5512-0.07840.03520.265-0.2539-0.02120.08870.17870.05860.04970.24940.10290.02470.27330.01120.346230.527658.651516.764
78.2482-2.9199-0.9632.09223.368.6764-0.4686-0.588-0.64550.66220.07280.82381.1204-0.15760.37190.54350.15560.04970.35160.06090.52323.137454.417418.1723
86.6841-3.90050.03413.9729-2.29043.2019-0.13610.53840.1347-0.40070.17561.65040.2808-0.6394-0.00270.45550.0415-0.1130.4112-0.00620.852316.95259.99510.9795
93.27070.3033-0.39744.4491-0.7074.969-0.0571-0.08020.57770.24920.2030.9074-0.389-0.3938-0.16640.46660.15210.07550.30290.04570.759119.117368.416820.238
105.59851.5159-1.32346.2917-1.42866.22890.0801-0.42380.25551.54970.08390.1993-0.7847-0.0442-0.21570.69660.1350.04330.3066-0.15690.66528.816670.88727.4726
112.179-0.4318-0.24716.4765-2.58453.33840.0222-0.38030.42680.5914-0.0597-0.2894-0.1880.28150.05950.34870.0524-0.05970.3411-0.07520.312537.417258.276424.8375
127.79434.26522.61915.85412.26732.13190.2163-0.10240.6770.31420.0706-0.7305-0.07070.5918-0.23980.40440.1725-0.02660.4821-0.04270.45946.689452.051122.1395
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A
2X-RAY DIFFRACTION2A
3X-RAY DIFFRACTION3A
4X-RAY DIFFRACTION4A
5X-RAY DIFFRACTION5A
6X-RAY DIFFRACTION6B
7X-RAY DIFFRACTION7B
8X-RAY DIFFRACTION8B
9X-RAY DIFFRACTION9B
10X-RAY DIFFRACTION10B
11X-RAY DIFFRACTION11B
12X-RAY DIFFRACTION12B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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