PDB-9d02: Co-crystal structure of circularly permuted human taspase-1 bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d02

タイトル

Co-crystal structure of circularly permuted human taspase-1 bound to ligand SMDC1014883 (2R)-4-(ethenesulfonyl)-1-{[3-fluoro-4-(trifluoromethoxy)phenyl]methyl}-2-[(prop-2-yn-1-yloxy)methyl]piperazine

要素

Threonine aspartase subunit beta,Threonine aspartase subunit alpha

キーワード

HYDROLASE / MLL / TASPASE-1 / CIRCULAR PERMUTATION

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; スレオニンエンドペプチターゼ / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / threonine-type endopeptidase activity / protein maturation / positive regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Delker, S.L. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: CO-CRYSTAL STRUCTURE OF CIRCULARLY PERMUTED HUMAN TASPASE-1 BOUND TO LIGAND SMDC994967 1-(ETHENESULFONYL)-4-{[4- (TRIFLUOROMETHOXY)PHENYL]METHYL}PIPERAZINE
著者: Delker, S.L. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.

履歴

登録	2024年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d02.cif.gz	246.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d02.ent.gz	197.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d02_validation.pdf.gz	990.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d02_full_validation.pdf.gz	994.9 KB	表示
XML形式データ	9d02_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	9d02_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/9d02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/9d02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9d04C 6vku PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Threonine aspartase subunit beta,Threonine aspartase subunit alpha

B: Threonine aspartase subunit beta,Threonine aspartase subunit alpha

ヘテロ分子

71.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.430, 60.430, 317.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Threonine aspartase subunit beta,Threonine aspartase subunit alpha 分子量: 35343.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TASP1, C20orf13 / プラスミド: VCID 11900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H6P5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-R1J / (2R)-4-(ethenylsulfonyl)-1-{[3-fluoro-4-(trifluoromethoxy)phenyl]methyl}-2-{[(prop-2-yn-1-yl)oxy]methyl}piperazine 分子量: 436.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₀F₄N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: Human taspase-1 VCID 11900 at 9.23 mg/mL in 20 mM HEPES pH 8, 0.5 M NaCl, 5% glycerol against Pact screen condition B11 containing 0.1M MES, pH 5.8, 17% PEG 6000, 0.2M Calcium chloride + 2. ...詳細: Human taspase-1 VCID 11900 at 9.23 mg/mL in 20 mM HEPES pH 8, 0.5 M NaCl, 5% glycerol against Pact screen condition B11 containing 0.1M MES, pH 5.8, 17% PEG 6000, 0.2M Calcium chloride + 2.5mM 108131 (SMDC1014883) supplemented with 20% ethylene glycol as a cryo-protectant, crystal tracking ID 291536 B3, unique puck ID zhg3-3

結晶

マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.11 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: Human taspase-1 VCID 11900 at 9.23 mg/mL in 20 mM HEPES pH 8, 0.5 M NaCl, 5% glycerol against Pact screen condition B11 containing 0.1M MES, pH 5.8, 17% PEG 6000, 0.2M Calcium chloride + 2. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→49.71 Å / Num. obs: 35557 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.699 % / B_iso Wilson estimate: 45.46 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 0.988 / Net I/σ(I): 15.07 / Num. measured all: 202637
反射シェル	解像度: 2.15→49.71 Å / 冗長度: 5.334 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.91 / Num. measured obs: 2251 / Num. possible: 430 / Num. unique obs: 422 / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.048 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	DEV_2733	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: internal molecule

解像度: 2.15→49.71 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.03

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.195	1964	5.54 %
R_work	0.157	-	-
obs	0.159	35442	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 141.32 Å² / B_iso mean: 52.42 Å² / B_iso min: 18.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→49.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4466	0	62	156	4684
B_iso mean	-	-	53.03	47.87	-
残基数	-	-	-	-	629

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.2 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2917	147	-
R_work	0.2296	2332	-
all	-	2479	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1265	-0.745	-1.9935	2.6716	1.8209	3.385	-0.1129	-0.2181	0.0325	-0.1058	0.1169	0.0929	-0.4379	0.2363	0.0089	0.3766	-0.0839	-0.0494	0.224	0.0716	0.2098	3.3419	15.5437	-9.5669
2	3.9923	-1.4356	0.0247	5.5214	0.3193	6.9847	-0.1837	-0.3851	-0.1737	0.2056	0.2657	0.309	0.2459	0.0314	-0.0796	0.3115	-0.0805	0.0034	0.2711	0.0498	0.2394	-2.1515	7.2938	-0.4945
3	1.8112	0.1782	-0.7432	2.1223	0.0473	3.068	-0.0406	-0.3266	0.3798	0.0253	0.0948	-0.0431	-0.8029	0.3692	-0.0466	0.5154	-0.1227	-0.0274	0.3076	-0.0478	0.3094	3.8321	21.2922	-3.0016
4	5.5609	-1.3949	-2.0748	9.4222	-0.878	8.2763	-0.1177	0.4859	0.3642	-0.6676	0.0407	-0.4307	-0.7534	0.1568	0.0543	0.6556	-0.16	-0.0738	0.3042	0.0463	0.2392	3.1941	18.3251	-24.7336
5	2.1002	-0.8642	1.115	6.8513	-2.7184	4.3512	-0.0767	-0.0282	-0.3019	0.0675	0.0671	0.1632	0.0429	0.0626	-0.0225	0.2168	-0.0735	-0.003	0.227	0.005	0.2377	0.268	-7.4022	-16.8538
6	6.1517	0.0048	2.5273	2.1216	3.8303	8.0598	-0.3015	0.5022	0.3365	-1.2596	0.2548	1.4315	-0.9953	-0.1828	0.0063	0.5595	-0.1456	-0.0549	0.3932	0.0348	0.649	-6.2308	-2.848	-18.1627
7	3.57	0.4268	-0.0242	4.2273	-0.5377	4.254	0.0212	-0.0892	-0.208	0.0636	0.1038	1.3001	0.1248	-0.3754	-0.1164	0.3718	-0.1375	-0.0223	0.2882	0.0694	0.7293	-11.7668	-13.5588	-17.3213
8	6.1627	1.3422	0.0662	5.2565	1.636	5.1193	-0.1695	0.0391	-0.5397	-0.3688	0.2975	0.6743	0.4517	0.0432	-0.1514	0.5084	-0.0792	-0.0248	0.1563	-0.033	0.5636	-6.7058	-19.2999	-22.7236
9	8.5343	-2.1775	4.2632	7.7113	-0.8224	8.1377	0.0828	0.999	-0.5509	-1.6713	0.0979	-0.0125	0.88	0.3608	-0.1537	0.7157	-0.0886	0.0274	0.2933	-0.0896	0.4831	1.4249	-21.374	-29.3441
10	2.0427	-0.1236	0.4042	4.3203	-1.3875	1.719	-0.0145	0.3874	-0.2406	-0.6161	-0.028	-0.0446	0.1549	0.1998	0.0534	0.3775	-0.0442	0.0217	0.2855	-0.0363	0.2454	6.0023	-6.9367	-26.1278
11	4.3762	-0.7375	-0.7391	2.4162	-0.4629	8.8224	0.0587	0.0456	-0.4775	-0.3774	0.0611	-0.716	0.1184	1.1669	0.0591	0.345	-0.0806	0.052	0.3863	-0.0067	0.4415	15.9939	-2.8078	-21.153

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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