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- PDB-9d00: HPK1 kinase domain T165E,S171E phosphomimetic mutant in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d00
タイトルHPK1 kinase domain T165E,S171E phosphomimetic mutant in complex with compound 53
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Kinase / 3D domain swap / inactive state
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / cell population proliferation / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.951 Å
データ登録者Johnson, E. / McTigue, M. / Cronin, C.N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of PF-07265028, A Selective Small Molecule Inhibitor of Hematopoietic Progenitor Kinase 1 (HPK1) for the Treatment of Cancer.
著者: Gallego, R.A. / Cho-Schultz, S. / Del Bel, M. / Dechert-Schmitt, A.M. / Donaldson, J.S. / He, M. / Jalaie, M. / Kania, R. / Matthews, J. / McTigue, M. / Tuttle, J.B. / Risley, H. / Zhou, D. / ...著者: Gallego, R.A. / Cho-Schultz, S. / Del Bel, M. / Dechert-Schmitt, A.M. / Donaldson, J.S. / He, M. / Jalaie, M. / Kania, R. / Matthews, J. / McTigue, M. / Tuttle, J.B. / Risley, H. / Zhou, D. / Zhou, R. / Ahmad, O.K. / Bernier, L. / Berritt, S. / Braganza, J. / Chen, Z. / Cianfrogna, J.A. / Collins, M. / Costa Jones, C. / Cronin, C.N. / Davis, C. / Dress, K. / Edwards, M. / Farrell, W. / France, S.P. / Grable, N. / Johnson, E. / Johnson, T.W. / Jones, R. / Knauber, T. / Lafontaine, J. / Loach, R.P. / Maestre, M. / Miller, N. / Moen, M. / Monfette, S. / Morse, P. / Nager, A.R. / Niosi, M. / Richardson, P. / Rohner, A.K. / Sach, N.W. / Timofeevski, S. / Tucker, J.W. / Vetelino, B. / Zhang, L. / Nair, S.K.
履歴
登録2024年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22025年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,6458
ポリマ－138,0204
非ポリマー1,6264
水9,494527
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8234
ポリマ－69,0102
非ポリマー8132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area25580 Å2
手法PISA
2
C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8234
ポリマ－69,0102
非ポリマー8132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5800 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area25690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.780, 80.330, 84.090
Angle α, β, γ (deg.)103.45, 106.49, 103.18
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEKKK 1


分子量: 34504.887 Da / 分子数: 4 / 変異: T165E, S171E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-A1A1A / 4-[(1R)-1-aminopropyl]-6-methoxy-2-{6-[4-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]pyridin-2-yl}-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one


分子量: 406.481 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 286.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Well Ingredients: Buffer: 0.1 M (2.5 uL of stock 1.0 M) Tris (pH 8.00) Salt: 0.01 M (0.5 uL of stock 0.5 M) Magnesium sulfate hydrate Precipitant: 21.0 %w/v (7.3943661972 uL of stock 71.0 ...詳細: Well Ingredients: Buffer: 0.1 M (2.5 uL of stock 1.0 M) Tris (pH 8.00) Salt: 0.01 M (0.5 uL of stock 0.5 M) Magnesium sulfate hydrate Precipitant: 21.0 %w/v (7.3943661972 uL of stock 71.0 %w/v) 1,6 hexanediol Additive: 0.036 M (9.0 uL of stock 0.1 M) Barium Acetate Plate setup temperature: 13 C Plate incubation temperature: 13 C Drop volume from well: 0.3 uL Drop protein volume: 0.2 uL Protein concentration 15mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→76.43 Å / Num. obs: 66808 / % possible obs: 84.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.95→2.11 Å / Num. unique obs: 3340 / CC1/2: 0.555

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (21-NOV-2022)精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.951→33.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU R Cruickshank DPI: 0.315 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.307 / SU Rfree Blow DPI: 0.228 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.233
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2791 3298 4.94 %RANDOM
Rwork0.2457 ---
obs0.2474 66792 69.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6006 Å2-4.108 Å2-0.7852 Å2
2--4.8049 Å21.6708 Å2
3----1.2043 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.951→33.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8985 0 120 528 9633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0089303HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9112577HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3254SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1556HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9303HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.49
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1166SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7478SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.951→2.06 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3584 -6.66 %
Rwork0.3058 1247 -
obs--9.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2616-0.08920.16540.1487-0.71882.32310.0339-0.0041-0.0199-0.0375-0.06060.0893-0.05150.2380.0267-0.063-0.0609-0.00580.09660.0341-0.066554.9909-47.1589-36.8234
21.1674-0.27270.2834-0.0726-0.31521.2139-0.01030.01910.03120.03850.028-0.00570.0051-0.0795-0.0178-0.0932-0.047-0.00760.04150.01790.008140.3957-33.055-73.0147
31.51292.03770.14834.8721-0.36060.14140.16480.20370.04040.75690.0239-0.0271-0.058-0.0395-0.18870.0609-0.0995-0.0009-0.0911-0.0089-0.081133.0252-19.4722-0.4664
40.30760.25580.18051.8728-1.46362.03160.0526-0.0231-0.0574-0.6527-0.21420.07740.3988-0.0950.16160.20130.0178-0.0585-0.0662-0.0687-0.154518.2932-5.1795-36.7186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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