PDB-9cz5: Crystal structure (II) of human farnesyl pyrophosphate synthase i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cz5

タイトル

Crystal structure (II) of human farnesyl pyrophosphate synthase in complex with a cryptic pocket ligand, CL03049

要素

Farnesyl pyrophosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / enzyme-ligand complex / cryptic pocket binder / isoprenoid biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / peroxisome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.652 Å

データ登録者

Pandya, V.R. / Park, J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure (II) of human farnesyl pyrophosphate synthase in complex with a cryptic pocket ligand, CL03049
著者: Pandya, V.R. / Park, J.

履歴

登録	2024年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cz5.cif.gz	199.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cz5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cz5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cz5_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cz5_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9cz5_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	9cz5_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/9cz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/9cz5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
89.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.450, 110.450, 77.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Farnesyl pyrophosphate synthase / FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl ...FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase 分子量: 43144.980 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 67-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, dimethylallyltranstransferase
#2: 化合物	ChemComp-A1A05 / {[(6-{4-[(1R)-2,2-difluorocyclopropyl]phenyl}thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl)amino]methylene}bis(phosphonic acid) 分子量: 477.316 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₅F₂N₃O₆P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.085 M tri-Sodium citrate (pH 5.6), 0.425 M Ammonium sulfate, 0.85 M Lithium sulfate, 15% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→63.17 Å / Num. obs: 14144 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.7 % / B_iso Wilson estimate: 64.957 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 28
反射シェル	解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 1.082 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1022 / R_pim(I) all: 0.366 / R_rim(I) all: 1.181 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.652→63.165 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 28.577 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.53 / ESU R Free: 0.274 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2183	708	5.018 %	Random
R_work	0.1616	13401	-	-
all	0.164	-	-	-
obs	-	14109	98.506 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 90.169 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.555 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-6.555 Å²	-0 Å²
3-	-	-	13.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.652→63.165 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2685	0	101	70	2856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.662	1.872	3901
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.648	1.758	5961
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.343	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.061	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.278	10	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.146	10	132
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	3.32	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3287
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	656
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.2	712
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.197	0.2	1430
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.182	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.175	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.544	5.604	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.544	5.604	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.385	10.064	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.383	10.064	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.284	6.409	1501
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.273	6.405	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.8	11.744	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.79	11.739	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.36	60.03	3427
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.359	60.036	3428

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.652-2.721	0.268	42	0.34	973	0.336	1029	0.865	0.804	98.6395	0.292
2.721-2.795	0.384	51	0.315	943	0.318	1003	0.859	0.857	99.1027	0.271
2.795-2.876	0.316	52	0.263	933	0.266	992	0.933	0.914	99.2943	0.216
2.876-2.964	0.342	48	0.224	899	0.229	951	0.901	0.944	99.5794	0.186
2.964-3.061	0.275	46	0.219	888	0.222	938	0.952	0.952	99.5736	0.182
3.061-3.169	0.311	47	0.192	838	0.198	886	0.938	0.968	99.8871	0.161
3.169-3.288	0.264	47	0.169	816	0.174	868	0.962	0.978	99.424	0.15
3.288-3.422	0.205	40	0.18	786	0.182	836	0.96	0.978	98.8038	0.157
3.422-3.574	0.313	41	0.162	753	0.168	807	0.945	0.984	98.3891	0.147
3.574-3.747	0.203	48	0.147	699	0.151	764	0.965	0.988	97.7749	0.136
3.747-3.949	0.195	31	0.139	704	0.141	747	0.98	0.988	98.3936	0.131
3.949-4.188	0.123	30	0.119	658	0.12	702	0.991	0.991	98.0057	0.113
4.188-4.476	0.187	34	0.124	621	0.127	663	0.98	0.991	98.7934	0.124
4.476-4.832	0.206	28	0.111	582	0.115	623	0.966	0.991	97.9133	0.116
4.832-5.29	0.157	29	0.126	529	0.127	572	0.986	0.99	97.5525	0.13
5.29-5.909	0.263	31	0.153	484	0.16	525	0.967	0.984	98.0952	0.155
5.909-6.814	0.328	19	0.168	439	0.175	471	0.945	0.981	97.2399	0.17
6.814-8.321	0.146	21	0.158	377	0.158	409	0.984	0.983	97.3105	0.179
8.321-11.667	0.141	14	0.109	295	0.111	327	0.989	0.993	94.4954	0.137
11.667-63.165	0.284	9	0.29	184	0.29	209	0.951	0.946	92.3445	0.348

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.8272	-0.2366	-2.7717	2.7018	-0.0447	3.2012	-0.1006	0.7977	-0.3649	-0.6932	0.2717	0.6234	0.3678	-1.0547	-0.1711	0.2289	-0.2011	-0.1743	0.392	0.1004	0.2076	5.0024	82.8195	14.1115
2	7.0102	-0.9418	-2.218	4.0375	-1.2951	3.6083	0.0381	0.0107	-0.3399	-0.3778	0.1739	0.4062	0.2349	-0.3376	-0.2119	0.0472	-0.0354	-0.0396	0.0461	0.0318	0.0648	14.5292	87.1167	19.2864
3	6.0225	-0.7271	-0.1108	5.5721	-2.844	4.9962	-0.0064	-0.7076	-0.7022	0.2318	-0.0047	0.0105	0.3795	0.4732	0.0111	0.1291	-0.0163	0.0236	0.3732	0.1064	0.1471	10.5723	78.7588	36.5864
4	5.2928	-2.3396	1.7367	4.95	-2.3728	3.8254	0.028	-0.6038	-0.5779	0.4345	-0.0863	-0.0633	0.6072	0.2245	0.0583	0.3868	-0.0422	0.0318	0.5614	0.2031	0.3056	8.7197	71.4277	42.0904

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	F	7 - 111
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	F	112 - 179
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	F	182 - 278
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	F	279 - 349

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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