PDB-9cz4: Crystal Structure (I) of human farnesyl pyrophosphate synthase in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cz4

タイトル

Crystal Structure (I) of human farnesyl pyrophosphate synthase in complex with a cryptic pocket ligand, CL03049

要素

Farnesyl pyrophosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / enzyme-ligand complex / cryptic pocket binder / isoprenoid biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / peroxisome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Pandya, V.R. / Park, J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure (I) of human farnesyl pyrophosphate synthase in complex with a cryptic pocket ligand, CL03049
著者: Pandya, V.R. / Park, J.

履歴

登録	2024年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cz4.cif.gz	198.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cz4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cz4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cz4_validation.pdf.gz	957.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cz4_full_validation.pdf.gz	966.7 KB	表示
XML形式データ	9cz4_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	9cz4_validation.cif.gz	24.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/9cz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/9cz4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

44.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
88.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.040, 111.040, 73.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Farnesyl pyrophosphate synthase / FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl ...FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase 分子量: 43144.980 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 67-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, dimethylallyltranstransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-A1A05 / {[(6-{4-[(1R)-2,2-difluorocyclopropyl]phenyl}thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl)amino]methylene}bis(phosphonic acid) 分子量: 477.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₅F₂N₃O₆P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.08 M Sodium acetate (pH 4.6), 0.16 M Ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→49.66 Å / Num. obs: 18514 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 63.164 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.948 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1342 / R_pim(I) all: 0.402 / R_rim(I) all: 1.103 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.4→49.659 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 31.916 / SU ML: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.237 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2416	920	4.975 %
R_work	0.1828	17571	-
all	0.186	-	-
obs	-	18491	99.227 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.403 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.028 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-6.028 Å²	-0 Å²
3-	-	-	12.056 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.659 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2676	0	71	76	2823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	2591
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.629	1.854	3830
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.618	1.756	5934
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.3	5	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.765	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.927	10	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.697	10	127
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	428
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	3.281	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	648
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.2	668
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.102	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.242	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.239	5.569	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.239	5.57	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.355	10.007	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.359	10.007	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.982	6.493	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.98	6.495	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.897	11.761	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.895	11.762	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.335	57.86	3309
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.335	57.864	3310

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.462	0.405	62	0.376	1277	0.378	1351	0.706	0.655	99.1118	0.328
2.462-2.53	0.337	71	0.375	1218	0.373	1303	0.782	0.701	98.9256	0.325
2.53-2.603	0.306	53	0.329	1214	0.328	1273	0.802	0.77	99.5287	0.275
2.603-2.683	0.311	63	0.326	1178	0.326	1252	0.666	0.809	99.1214	0.274
2.683-2.77	0.337	55	0.302	1133	0.304	1195	0.756	0.844	99.4142	0.255
2.77-2.867	0.332	51	0.27	1114	0.272	1171	0.838	0.9	99.4876	0.227
2.867-2.975	0.296	50	0.238	1091	0.241	1147	0.938	0.935	99.4769	0.195
2.975-3.096	0.267	55	0.214	1029	0.216	1089	0.949	0.953	99.5409	0.176
3.096-3.233	0.319	49	0.172	988	0.177	1042	0.932	0.973	99.5201	0.146
3.233-3.39	0.222	52	0.173	944	0.176	1002	0.956	0.976	99.4012	0.155
3.39-3.573	0.254	52	0.184	896	0.188	954	0.96	0.976	99.3711	0.167
3.573-3.788	0.227	45	0.154	861	0.158	912	0.969	0.986	99.3421	0.146
3.788-4.048	0.253	49	0.143	818	0.15	872	0.959	0.987	99.4266	0.137
4.048-4.37	0.174	52	0.138	749	0.14	807	0.981	0.987	99.2565	0.136
4.37-4.784	0.17	49	0.117	695	0.12	748	0.985	0.991	99.4652	0.124
4.784-5.342	0.209	37	0.129	641	0.133	685	0.969	0.989	98.9781	0.135
5.342-6.157	0.217	28	0.17	575	0.172	608	0.968	0.981	99.1776	0.176
6.157-7.511	0.252	24	0.19	495	0.194	524	0.962	0.975	99.0458	0.198
7.511-10.503	0.12	15	0.132	402	0.131	425	0.991	0.988	98.1177	0.157
10.503-49.659	0.617	8	0.233	253	0.243	271	0.752	0.959	96.31	0.285

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2031	-0.0858	-1.8069	3.1592	-0.2508	3.0323	0.0206	0.4059	-0.3413	-0.4861	0.223	0.5321	0.2936	-0.5558	-0.2436	0.1014	-0.0771	-0.113	0.1134	0.0658	0.1424	9.051	85.1605	15.2578
2	6.4569	-1.3496	1.6513	3.6136	-1.7035	3.8193	0.1602	-0.6876	-0.8691	0.3171	-0.0503	-0.0607	0.481	0.2592	-0.1099	0.203	-0.0083	0.0107	0.2989	0.1881	0.3547	9.7044	75.9113	37.4586

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	F	8 - 179
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	F	180 - 350

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)