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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9cz2 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a nautilus-like HflK/C assembly in complex with FtsH AAA protease | ||||||||||||
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![]() | CHAPERONE / FtsH / HflK / HflC / AAA protease | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / hydrolase activity / cell division / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / hydrolase activity / cell division / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | ||||||||||||
![]() | Ghanbarpour, A. / Sauer, R.T. / Davis, J.H. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An asymmetric nautilus-like HflK/C assembly controls FtsH proteolysis of membrane proteins. 著者: Alireza Ghanbarpour / Bertina Telusma / Barrett M Powell / Jia Jia Zhang / Isabella Bolstad / Carolyn Vargas / Sandro Keller / Tania A Baker / Robert T Sauer / Joseph H Davis / ![]() ![]() 要旨: The AAA protease FtsH associates with HflK/C subunits to form a megadalton-size complex that spans the inner membrane and extends into the periplasm of E. coli. How this bacterial complex and ...The AAA protease FtsH associates with HflK/C subunits to form a megadalton-size complex that spans the inner membrane and extends into the periplasm of E. coli. How this bacterial complex and homologous assemblies in eukaryotic organelles recruit, extract, and degrade membrane-embedded substrates is unclear. Following the overproduction of protein components, recent cryo-EM structures showed symmetric HflK/C cages surrounding FtsH in a manner proposed to inhibit the degradation of membrane-embedded substrates. Here, we present structures of native protein complexes, in which HflK/C instead forms an asymmetric nautilus-shaped assembly with an entryway for membrane-embedded substrates to reach and be engaged by FtsH. Consistent with this nautilus-like structure, proteomic assays suggest that HflK/C enhances FtsH degradation of certain membrane-embedded substrates. Membrane curvature in our FtsH•HflK/C complexes is opposite that of surrounding membrane regions, a property that correlates with lipid scramblase activity and possibly with FtsH's function in the degradation of membrane-embedded proteins. | ||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 160.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 261.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 46057MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45598.793 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: hflK, hflK_1, A8502_001504, ACN81_01545, ACU57_19135, B6R15_002000, B6R31_000826, BANRA_02863, BGM66_001066, BGZ_01593, BGZ_05131, BJI68_16630, BK292_24855, BK383_13095, BTB68_003943, ...遺伝子: hflK, hflK_1, A8502_001504, ACN81_01545, ACU57_19135, B6R15_002000, B6R31_000826, BANRA_02863, BGM66_001066, BGZ_01593, BGZ_05131, BJI68_16630, BK292_24855, BK383_13095, BTB68_003943, BTQ06_07290, BvCmsKKP061_03355, BXT93_16385, C0P57_000236, C3F40_14180, CF22_001630, CG704_01810, CIG67_23195, CQ842_09310, CQ842_12110, CTR35_001542, CV83915_01855, D4M65_22455, D9D43_14560, DD762_20800, DIV22_15560, DNQ45_06710, DS732_02655, DTL43_02345, DU321_10415, E2865_05442, E4K51_09085, E5H86_08375, E6D34_03745, EAI46_08375, ECs5150, EIZ93_17475, EN85_000830, EPS97_10200, F7N46_18140, F9461_18000, F9B07_05995, FGAF848_41630, FJQ40_01630, FKO60_18290, FOI11_014740, FOI11_20940, FPS11_03870, FVB16_06380, FWK02_13090, G3V95_10915, G4A38_03090, G4A47_10900, GAI89_04385, GAJ12_10750, GNW61_00325, GOP25_14130, GP965_11000, GP979_12080, GQA06_06275, GQE86_14305, GQM04_15800, GQM21_05505, GQW07_15995, GRO95_15840, GRW05_08865, GRW24_08520, GUC01_09055, H0O53_13460, H0O72_04915, HEP30_009475, HEP34_001782, HHH44_002336, HJQ60_002514, HLZ50_23395, HMV95_06705, HV109_21490, HV209_19960, HVW43_13980, I6H00_16150, I6H02_16705, J0541_002323, J5U05_001376, JNP96_03045, NCTC10082_01824, NCTC10429_04710, NCTC10974_05098, NCTC11181_01756, NCTC11341_03057, NCTC7922_05246, NCTC8500_05052, NCTC8959_04284, NCTC8960_02016, NCTC9044_02658, NCTC9045_05319, NCTC9077_05652, NCTC9117_05600, NCTC9702_05278, NCTC9706_01788, P6223_000677, QDW62_23495, RZR61_04275, SAMEA3472112_03401, SAMEA3752557_01673, WR15_07020 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 37703.887 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 70797.031 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ftsH, hflB, A5U30_001984, ACN81_18510, ACU57_14510, AW118_08925, AWP47_10690, B6R15_000944, B6R31_001760, BCB93_002192, BE932_14805, BER14_09070, BG944_002117, BGM66_001548, BJI68_19380, ...遺伝子: ftsH, hflB, A5U30_001984, ACN81_18510, ACU57_14510, AW118_08925, AWP47_10690, B6R15_000944, B6R31_001760, BCB93_002192, BE932_14805, BER14_09070, BG944_002117, BGM66_001548, BJI68_19380, BK292_10285, BK383_15900, BKL28_000230, BR158_000144, BTB68_000484, BTQ06_11805, BXT93_15525, C0P57_001801, C1Q91_000870, C2121_002705, C2M16_04280, C2R31_003415, C3F40_20440, C9Z68_06310, CF22_002939, CG704_16710, CIG67_17070, CQ842_08215, CQ842_15040, CTR35_000693, D3G36_08735, D4M65_02100, D4N09_15345, D9D43_03550, D9E49_09530, D9J61_00850, DD762_19175, DIV22_03040, DNX30_11300, DS732_23630, DTL43_04230, DU321_08605, E4K51_05415, E5H86_10330, E6D34_05680, EAI46_04455, ECs4057, EIA08_12565, EIZ93_11725, EN85_002286, EPS97_11790, EWK56_02840, F7F11_09100, F7N46_13565, F9413_10195, F9461_07370, F9B07_01200, FIJ20_03625, FJQ40_06950, FKO60_06175, FOI11_019860, FOI11_03320, FPI65_19695, FVB16_05835, FZU14_16135, G3V95_08710, G3W53_05000, G4A38_08240, G4A47_07630, G5603_15980, GAI89_03410, GAJ12_14295, GKF66_06520, GNW61_09600, GNZ05_17210, GOP25_03315, GP711_11120, GP954_10205, GP965_13355, GP975_09695, GQA06_10465, GQE86_15360, GQM04_01440, GQM13_09355, GQM21_01400, GQN34_18290, GQW07_03885, GRC73_09100, GRO95_03635, GRW05_19600, GRW24_08835, GUC01_10120, H0O72_09565, HEP30_003235, HEP34_000207, HHH44_002776, HI055_000339, HIE29_003230, HJQ60_002085, HLX92_02220, HLZ50_05410, HMV95_13920, HMW38_00475, HV109_02770, HVV39_08660, HVW04_18155, HVW43_19250, HVY77_03070, I6H00_21520, I6H02_11405, J0541_003213, J5U05_001194, JNP96_24695, OGM49_21720, P6223_000745, QDW62_02800, WR15_24505 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: C3SSK2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: FtsH.HflK.HflKC complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 50 nm |
撮影 | 電子線照射量: 46.1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | 詳細: Patch CTF estimation, cryoSPARC / タイプ: NONE |
3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 184019 / 対称性のタイプ: POINT |