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- PDB-9cy9: Biofilm regulatory protein A from Streptococcus mutans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cy9
タイトルBiofilm regulatory protein A from Streptococcus mutans
要素Biofilm regulatory protein A
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / LCP family / BrpA / Biofilm / Glucan
機能・相同性: / Cell envelope-related transcriptional attenuator domain / LytR_cpsA_psr family / cell envelope / Biofilm regulatory protein A
機能・相同性情報
生物種Streptococcus mutans UA159 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Hua, Z. / Hui, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)5R01DE019452 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Biofilm regulatory protein A from Streptococcus mutans
著者: Hua, Z. / Hui, W.
履歴
登録2024年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biofilm regulatory protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1941
ポリマ－42,1941
非ポリマー00
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.700, 83.200, 49.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Biofilm regulatory protein A


分子量: 42193.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans UA159 (バクテリア)
遺伝子: brpA, SMU_410 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DVR0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% PEG 6000, 5% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 25291 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 25.99 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 37.894
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Num. unique obs: 1278 / CC1/2: 0.935

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→34.71 Å / SU ML: 0.1748 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 23.72
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 1968 7.78 %
Rwork0.1835 23316 -
obs0.1867 25284 94.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→34.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2120 0 0 219 2339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00662145
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8622886
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0576339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.9864294
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.890.2771150.22051373X-RAY DIFFRACTION78.32
1.89-1.940.24451410.22071641X-RAY DIFFRACTION94.04
1.94-20.231360.20061641X-RAY DIFFRACTION94.47
2-2.060.27571440.19811667X-RAY DIFFRACTION94.87
2.06-2.140.23481350.19921607X-RAY DIFFRACTION91.3
2.14-2.220.23181430.1991692X-RAY DIFFRACTION97.76
2.22-2.320.23221420.18491720X-RAY DIFFRACTION98.21
2.32-2.450.24061470.18961723X-RAY DIFFRACTION98.37
2.45-2.60.23921460.19621746X-RAY DIFFRACTION97.98
2.6-2.80.26471410.19871676X-RAY DIFFRACTION96.6
2.8-3.080.25331360.20391601X-RAY DIFFRACTION90.89
3.08-3.520.22651490.18361760X-RAY DIFFRACTION99.48
3.53-4.440.21251470.15551740X-RAY DIFFRACTION98.74
4.44-34.710.18261460.17121729X-RAY DIFFRACTION96.35
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.8184203981 Å / Origin y: -9.59381865055 Å / Origin z: -11.4724469369 Å
111213212223313233
T0.201317218356 Å20.00134715993587 Å2-0.00788771294102 Å2-0.195812200773 Å20.0242839910119 Å2--0.193153178708 Å2
L0.360211809369 °20.0075242981458 °2-0.0799519172452 °2-0.189883770989 °20.062284015078 °2--0.367799543163 °2
S-0.018130851702 Å °0.0704175791264 Å °-0.0205957699843 Å °0.0323952576684 Å °-0.016727702279 Å °0.018256405662 Å °-0.0494170409934 Å °0.0368503191324 Å °-4.97852121187E-6 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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