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- PDB-9cy7: Structure of S.pombe Dis3L2 in complex with oligoU RNA substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cy7
タイトルStructure of S.pombe Dis3L2 in complex with oligoU RNA substrate
要素
  • DIS3-like exonuclease 2
  • U13 RNA
キーワードHYDROLASE / Dis3L2 / oligoU RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / poly(U) RNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / P-body / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / DIS3-like exonuclease 2-like, C-terminal / DIS3-like exonuclease 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R / RNB domain ...: / DIS3-like exonuclease 2-like, C-terminal / DIS3-like exonuclease 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / DIS3-like exonuclease 2
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
Schizosaccharomyces pombe 927 (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Garg, A. / Joshua-Tor, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2025
タイトル: Structural and mechanistic insights into Dis3L2-mediated degradation of structured RNA.
著者: Matos, R.G. / Garg, A. / Costa, S.M. / Pereira, P. / Arraiano, C.M. / Joshua-Tor, L. / Viegas, S.C.
履歴
登録2024年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年12月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIS3-like exonuclease 2
B: DIS3-like exonuclease 2
C: U13 RNA
D: U13 RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,6936
ポリマ－180,6444
非ポリマー492
水181
1
A: DIS3-like exonuclease 2
C: U13 RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3463
ポリマ－90,3222
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area33400 Å2
手法PISA
2
B: DIS3-like exonuclease 2
D: U13 RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3463
ポリマ－90,3222
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area33330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.838, 122.838, 296.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 DIS3-like exonuclease 2


分子量: 86386.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: dis32, dis3l2, SPAC2C4.07c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O14040, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: RNA鎖 U13 RNA


分子量: 3935.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe 927 (分裂酵母)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12% PEG 4000, 100 mM HEPES pH 7.5, and 100 mM Sodium Acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97936 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.51→29.79 Å / Num. obs: 29105 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 22 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 17.67
反射 シェル解像度: 3.51→3.64 Å / Num. unique obs: 2820 / CC1/2: 0.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487:0000)精密化
autoPROCdata processing
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.52→29.79 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3103 1996 6.89 %
Rwork0.2818 --
obs0.2838 28981 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.52→29.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11072 480 2 1 11555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63916087
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.571790
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431829
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041988
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.52-3.60.35961370.35711837X-RAY DIFFRACTION98
3.6-3.70.4081370.35371894X-RAY DIFFRACTION99
3.7-3.810.39841410.34221881X-RAY DIFFRACTION100
3.81-3.930.34581380.33331885X-RAY DIFFRACTION100
3.93-4.070.37091410.3471896X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.240.42141420.34071923X-RAY DIFFRACTION100
4.24-4.430.35751400.30811891X-RAY DIFFRACTION100
4.43-4.660.35851430.30891916X-RAY DIFFRACTION100
4.66-4.950.29781420.28771929X-RAY DIFFRACTION100
4.95-5.330.29771440.27921938X-RAY DIFFRACTION100
5.33-5.860.31721430.31341939X-RAY DIFFRACTION100
5.86-6.70.35651450.31371955X-RAY DIFFRACTION100
6.7-8.410.29471480.26851992X-RAY DIFFRACTION100
8.42-29.790.21821550.19882109X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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