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- PDB-9cx5: Acinetobacter baumannii BamA POTRAs 1-4, space group P3221 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cx5
タイトルAcinetobacter baumannii BamA POTRAs 1-4, space group P3221
要素Outer membrane protein assembly factor BamA
キーワードPROTEIN TRANSPORT / membrane protein / transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamA
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Overly Cottom, C. / Noinaj, N.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM127884 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM127896 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01AI127793 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural characterization of the POTRA domains from A. baumannii reveals new conformations in BamA.
著者: Cottom, C.O. / Stephenson, R. / Ricci, D. / Yang, L. / Gumbart, J.C. / Noinaj, N.
履歴
登録2024年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly factor BamA
B: Outer membrane protein assembly factor BamA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2142
ポリマ－75,2142
非ポリマー00
水00
1
A: Outer membrane protein assembly factor BamA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6071
ポリマ－37,6071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Outer membrane protein assembly factor BamA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6071
ポリマ－37,6071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.917, 94.917, 220.297
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamA


分子量: 37606.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: yaeT, bamA, ATCC19606_15070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: A0A6F8TEF0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.62 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.2 M DL-Malic acid pH 7.0, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 36342 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.723 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 713016
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.6-2.6919.81.23235830.7930.9410.2811.2640.351
2.69-2.8190.84435820.8860.9690.1970.8670.365
2.8-2.9319.40.59135540.9430.9850.1360.6060.393
2.93-3.0820.60.3735840.9770.9940.0820.3790.467
3.08-3.2820.30.23336160.990.9970.0520.2390.608
3.28-3.5319.70.16335810.9930.9980.0380.1670.814
3.53-3.8819.10.12336190.9960.9990.0290.1260.964
3.88-4.4520.50.09536560.9980.9990.0210.0971.105
4.45-5.6190.07937000.99810.0180.0811.06
5.6-5018.80.06138670.99910.0150.0631.069

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21精密化
HKL-2000v722データスケーリング
HKL-2000v722データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→47.46 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2366 1963 -
Rwork0.2156 --
obs-35362 97.34 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5167 0 0 0 5167
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.66 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3455 125
Rwork0.2909 2153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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