PDB-9cwu: Crystal structure of human ribokinase in complex with K+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cwu

タイトル

Crystal structure of human ribokinase in complex with K+

要素

Ribokinase

キーワード

TRANSFERASE / Ribokinase / Ribose metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

ribokinase / ribokinase activity / Pentose phosphate pathway / D-ribose catabolic process / pentose-phosphate shunt / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Park, J. / Akanmori, N.N.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be published
著者: Park, J. / Akanmori, N.N.

履歴

登録	2024年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cwu.cif.gz	356.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cwu.ent.gz	222.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cwu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cwu_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cwu_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9cwu_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	9cwu_validation.cif.gz	50.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/9cwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/9cwu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribokinase

B: Ribokinase

ヘテロ分子

70.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.560, 70.870, 91.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.060, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 15 - 321 / Label seq-ID: 15 - 321

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Ribokinase / RK 分子量: 35241.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBKS, RBSK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H477, ribokinase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.21 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TrisHCl (pH 8.5), 25% (w/v) PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→55.95 Å / Num. obs: 102166 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.379 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.651 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5087 / CC_1/2: 0.741 / R_pim(I) all: 0.32 / R_rim(I) all: 0.728 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→55.912 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 4.018 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1891	5096	4.989 %	Random
R_work	0.1471	97052	-	-
all	0.149	-	-	-
obs	0.1491	102148	99.681 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.818 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.365 Å²	-0 Å²	0.833 Å²
2-	-	-1.822 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.628 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→55.912 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4607	0	20	635	5262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	4826
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4652
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.743	1.802	6578
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.619	1.727	10734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.408	5	653
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.997	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.31	10	800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.97	10	178
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	918
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	4204
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.034	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.107	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.171	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.225	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.119	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.146	2.431	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.142	2.431	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.351	4.373	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.353	4.373	3238
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.31	2.79	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.308	2.79	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.499	4.995	3341
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.498	4.995	3342
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.735	27.455	5427
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.019	25.729	5221
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.379	3	9478
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.106	0.05	9648

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10605	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10605	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.45-1.488	0.268	394	0.243	7134	0.244	7550	0.964	0.969	99.7086	0.216
1.488-1.528	0.252	345	0.235	6976	0.236	7358	0.961	0.969	99.4971	0.204
1.528-1.573	0.232	360	0.208	6808	0.209	7180	0.967	0.971	99.8329	0.179
1.573-1.621	0.215	335	0.182	6579	0.184	6925	0.979	0.978	99.8412	0.155
1.621-1.674	0.21	312	0.174	6428	0.176	6750	0.974	0.981	99.8519	0.149
1.674-1.733	0.217	341	0.17	6136	0.172	6488	0.973	0.982	99.8305	0.145
1.733-1.798	0.228	302	0.158	5993	0.162	6301	0.966	0.984	99.9048	0.136
1.798-1.872	0.218	322	0.156	5715	0.16	6050	0.969	0.987	99.7851	0.137
1.872-1.955	0.196	293	0.147	5514	0.15	5831	0.975	0.988	99.5884	0.135
1.955-2.05	0.175	328	0.135	5193	0.137	5534	0.982	0.99	99.7651	0.129
2.05-2.161	0.16	266	0.131	5046	0.133	5337	0.984	0.991	99.5316	0.13
2.161-2.292	0.203	225	0.13	4748	0.133	4995	0.974	0.99	99.5596	0.133
2.292-2.449	0.182	235	0.132	4422	0.135	4682	0.978	0.989	99.466	0.139
2.449-2.645	0.201	189	0.135	4202	0.138	4399	0.972	0.989	99.8181	0.148
2.645-2.897	0.186	215	0.138	3826	0.141	4054	0.981	0.988	99.6793	0.156
2.897-3.238	0.188	164	0.139	3504	0.141	3684	0.977	0.988	99.5657	0.164
3.238-3.737	0.169	163	0.142	3053	0.143	3232	0.982	0.988	99.5049	0.169
3.737-4.572	0.171	147	0.128	2595	0.13	2757	0.984	0.99	99.4559	0.162
4.572-6.444	0.15	106	0.155	2022	0.155	2148	0.987	0.988	99.0689	0.2
6.444-55.912	0.228	55	0.159	1158	0.162	1220	0.962	0.982	99.4262	0.199

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