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- PDB-9cwn: NRIP1_133 / RIP140 SxxLxxLL motif coregulator peptide with agonis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cwn
タイトルNRIP1_133 / RIP140 SxxLxxLL motif coregulator peptide with agonist GW1929 and PPARg LBD
要素
  • Nuclear receptor-interacting protein 1
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Nuclear Receptor / Transcription Factor / Coregulator / cofactor / NRIP1 / RIP140 / PPARg / PPARgamma
機能・相同性
機能・相同性情報


ovarian follicle rupture / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / nuclear glucocorticoid receptor binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / lipid storage / prostaglandin receptor activity / regulation of cholesterol transporter activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors ...ovarian follicle rupture / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / nuclear glucocorticoid receptor binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / lipid storage / prostaglandin receptor activity / regulation of cholesterol transporter activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / arachidonate binding / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / DNA binding domain binding / macrophage derived foam cell differentiation / STAT family protein binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / alpha-actinin binding / lipid homeostasis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / histone deacetylase complex / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / white fat cell differentiation / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of cholesterol efflux / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / retinoic acid receptor signaling pathway / cell fate commitment / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / cell maturation / negative regulation of signaling receptor activity / epithelial cell differentiation / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of MAP kinase activity / fatty acid metabolic process / Regulation of PTEN gene transcription / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / peptide binding / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / placenta development / regulation of circadian rhythm / lipid metabolic process / PPARA activates gene expression / fibrillar center / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of blood pressure / histone deacetylase binding / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of miRNA transcription / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / circadian rhythm / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / transcription corepressor activity / nuclear receptor activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Circadian Clock / rhythmic process / glucose homeostasis / cellular response to hypoxia
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor-interacting protein 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 2 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 3 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 4 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 2 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 3 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 4 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma ...Nuclear receptor-interacting protein 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 2 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 3 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 4 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 2 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 3 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 4 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EDK / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Nuclear receptor-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nemetchek, M.D. / Voss, A.H. / McClelland, L.J. / Hughes, T.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK129646 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM140963 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NRIP1_133 / RIP140 SxxLxxLL motif coregulator peptide with agonist GW1929 and PPARg LBD
著者: Nemetchek, M.D. / Voss, A.H. / Hughes, T.S.
履歴
登録2024年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Nuclear receptor-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5303
ポリマ－34,0342
非ポリマー4961
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: fluorescence resonance energy transfer, Agonist-induced binding as seen by TR-FRET
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.236, 118.815, 151.922
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-733-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31506.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor-interacting protein 1 / Nuclear factor RIP140 / Receptor-interacting protein 140


分子量: 2527.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRIP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48552
#3: 化合物 ChemComp-EDK / (2~{S})-3-[4-[2-[methyl(pyridin-2-yl)amino]ethoxy]phenyl]-2-[[2-(phenylcarbonyl)phenyl]amino]propanoic acid / GW-1929


分子量: 495.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H29N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.62 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.6 M AmSO4, 100mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→32.57 Å / Num. obs: 13880 / % possible obs: 94.65 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 48.94 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05921 / Rpim(I) all: 0.05921 / Rrim(I) all: 0.08373 / Net I/σ(I): 10.63
反射 シェル解像度: 2.7→2.797 Å / Rmerge(I) obs: 0.4223 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique obs: 948 / CC1/2: 0.637 / CC star: 0.882 / Rpim(I) all: 0.4223 / Rrim(I) all: 0.5972

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
PHENIX1.19_4092位相決定
XDSJun 30, 2023 (BUILT 20230630)データ削減
STARANISO2.3.79 (20211010)データスケーリング
autoPROCautoPROC 1.0.5 (20211020)data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→32.57 Å / SU ML: 0.2432 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.4955
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 747 5.38 %
Rwork0.1977 13129 -
obs0.2001 13876 94.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→32.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2206 0 37 45 2288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00452295
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93933095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0501360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2311863
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.910.33791200.2652018X-RAY DIFFRACTION74.39
2.91-3.20.32951630.26162703X-RAY DIFFRACTION99.41
3.2-3.660.25631520.21552741X-RAY DIFFRACTION99.93
3.66-4.610.22111410.16962788X-RAY DIFFRACTION99.76
4.61-32.570.20031710.17552879X-RAY DIFFRACTION99.67
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.49749845693-1.226815161011.954976068289.30247198499-2.675561451767.22466249934-0.517576304098-0.4703117660090.8222846522130.8916417541620.152412868249-0.516265926207-1.58639371532-0.01583907549690.3711968436120.5651947840930.0039677431212-0.01645304753080.264257539355-0.06757954494510.2715060002372.2458052206521.588036882161.6885334814
26.46966199995-0.128396836751-3.48250589457.29299910633-2.296410812422.00161325938-0.110672000836-0.1451941502111.015562068690.200437939604-0.250520716574-0.531460381361-1.921981805860.4176819417280.3643195280870.6639148690610.139803841531-0.1886273703960.4841359732430.102224337730.802303773265-10.691194122232.518944303941.2955362868
34.87224595150.3993514473561.290541344030.1309802467480.02703555123780.403873533034-0.280833066905-0.5551058768210.957246243675-0.8609499458230.7205939678030.535298249057-1.36345314172-1.24124630285-0.4400984152690.9924185685540.0391384744128-0.1340717651591.11055920406-0.001105795050551.001012674843.2236932162330.573713971130.3720363443
44.26720459523-0.6178122027460.2678406902413.17651478654-0.2766678938415.35658453636-0.04761015742260.2202605260490.129003439168-0.040096127712-0.102650355689-0.083863033895-0.2293277462110.1372495152320.1563556395720.262807009554-0.0589120101494-0.02155940303680.1233390154680.01003352075310.2654953862792.1622644328213.995533839350.7530998149
55.54403100777-0.200575618885-0.8157223827344.508758197611.297064720456.55443535341-0.2700768357141.05096073629-0.138707672718-1.1614415389-0.022303666227-0.319581491290.8236461580080.008430412506610.3101684577150.4179608711560.0116250243654-0.007288071239650.3604335900150.0006857002707190.3293872939673.736242406178.9597789658340.063379373
62.00132713353-8.3779786732-1.961736345948.147805442297.83667875692.0011088441-0.177186712728-0.2476633803220.4477043563660.001472147962080.753377799126-1.61072811025-0.6749189161882.52957009852-0.5655634833010.471514169864-0.154377104667-0.04577284543520.791245526890.2084087758730.76963656842120.523065573518.834790549545.8784156045
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 237 through 265 )AA237 - 2652 - 30
22chain 'A' and (resid 266 through 289 )AA266 - 28931 - 54
33chain 'A' and (resid 290 through 304 )AA290 - 30455 - 66
44chain 'A' and (resid 305 through 458 )AA305 - 45867 - 220
55chain 'A' and (resid 459 through 505 )AA459 - 505221 - 267
66chain 'B' and (resid 130 through 139 )BC130 - 1391 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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