PDB-9cvb: Crystal structure of human ribokinase in complex with K+, Mg2+, a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cvb

タイトル

Crystal structure of human ribokinase in complex with K+, Mg2+, and AMPPNP

要素

Ribokinase

キーワード

TRANSFERASE / Ribokinase / enzyme-substrate complex / Ribose metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

ribokinase / ribokinase activity / Pentose phosphate pathway / D-ribose catabolic process / pentose-phosphate shunt / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Park, J. / Akanmori, N.N.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be published
著者: Akanmori, N.N. / Park, J.

履歴

登録	2024年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cvb.cif.gz	366.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cvb.ent.gz	227.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cvb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cvb_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cvb_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	9cvb_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	9cvb_validation.cif.gz	51.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/9cvb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/9cvb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribokinase

B: Ribokinase

ヘテロ分子

72.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.410, 70.930, 90.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.490, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 14 - 323 / Label seq-ID: 14 - 323

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Ribokinase 分子量: 35241.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBKS, RBSK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H477, ribokinase

-
非ポリマー , 7種, 592分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.74 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TrisHCl (pH 8.5), 25% (W/V) PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→70.93 Å / Num. obs: 101613 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 20.117 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.632 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4997 / CC_1/2: 0.67 / R_pim(I) all: 0.329 / R_rim(I) all: 0.716 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.45→55.967 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 2.707 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1763	5067	4.988 %	Random
R_work	0.1296	96521	-	-
all	0.132	-	-	-
obs	0.1319	101588	99.534 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.795 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.261 Å²	0 Å²	0.457 Å²
2-	-	0.077 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.139 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→55.967 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4608	0	97	582	5287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	4968
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4724
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.655	1.801	6796
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.581	1.717	10897
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.886	5	670
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.354	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.013	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.999	10	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.833	10	180
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	824
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.074	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5823
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	937
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	4164
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.09	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.078	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.179	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.935	2.479	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.91	2.479	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.365	4.452	3308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.367	4.454	3309
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.85	2.897	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.849	2.897	2352
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.346	5.166	3488
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.344	5.167	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.093	27.235	5496
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.197	25.853	5331
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.775	3	9692
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.105	0.05	9744

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10534	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10534	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.45-1.488	0.267	377	0.224	6974	0.226	7522	0.958	0.968	97.7267	0.203
1.488-1.528	0.207	349	0.175	6944	0.176	7322	0.972	0.98	99.6039	0.152
1.528-1.573	0.204	358	0.15	6783	0.152	7145	0.972	0.985	99.944	0.126
1.573-1.621	0.196	337	0.134	6627	0.137	6974	0.974	0.988	99.8566	0.112
1.621-1.674	0.169	305	0.122	6334	0.124	6651	0.981	0.991	99.8196	0.102
1.674-1.733	0.182	333	0.123	6118	0.126	6461	0.976	0.991	99.8452	0.105
1.733-1.798	0.179	310	0.115	5975	0.119	6295	0.981	0.992	99.8411	0.101
1.798-1.872	0.175	318	0.107	5709	0.11	6040	0.981	0.993	99.7848	0.096
1.872-1.955	0.16	300	0.109	5474	0.112	5796	0.984	0.993	99.6204	0.104
1.955-2.05	0.169	322	0.115	5168	0.119	5506	0.983	0.992	99.7094	0.115
2.05-2.161	0.153	266	0.115	5029	0.117	5326	0.986	0.993	99.4179	0.118
2.161-2.292	0.16	219	0.108	4714	0.11	4954	0.985	0.994	99.5761	0.115
2.292-2.449	0.169	236	0.111	4436	0.114	4687	0.983	0.992	99.68	0.123
2.449-2.645	0.166	189	0.114	4142	0.116	4353	0.984	0.992	99.4946	0.131
2.645-2.897	0.173	211	0.129	3801	0.131	4029	0.98	0.989	99.5781	0.15
2.897-3.238	0.209	169	0.139	3496	0.143	3686	0.972	0.988	99.4303	0.166
3.238-3.737	0.158	160	0.133	3042	0.135	3221	0.984	0.99	99.4101	0.161
3.737-4.572	0.168	147	0.124	2577	0.126	2736	0.984	0.991	99.5614	0.157
4.572-6.444	0.189	107	0.162	2030	0.163	2151	0.985	0.988	99.3491	0.209
6.444-55.967	0.208	54	0.164	1149	0.165	1209	0.975	0.984	99.5037	0.221

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