PDB-9cv5: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-31 with L-cap...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cv5

タイトル

Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-31 with L-captopril

要素

Metallo-beta-lactamase type 2

キーワード

HYDROLASE / metallo-beta-lactamase

機能・相同性

: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / metal ion binding / L-CAPTOPRIL / VIM-31

機能・相同性情報

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Silwal, S.B. / Nix, J.C. / Page, R.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2025
タイトル: Mutation of an active site-adjacent residue in VIM indirectly dictates interactions with and blunts inhibition by D-captopril.
著者: Silwal, S.B. / Wamsley, B. / Wang, Z. / Gung, B.W. / Nix, J.C. / Page, R.C.

履歴

登録	2024年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cv5.cif.gz	124.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cv5.ent.gz	83.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cv5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/9cv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/9cv5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9cv1C 9cv4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase type 2

ヘテロ分子

26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.580, 77.222, 79.036
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-542- HOH

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase type II 分子量: 25859.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: blaVIM-31 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I3RJZ3, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-X8Z / L-CAPTOPRIL / カプトプリル分子量: 217.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅NO₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤, 薬剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris:HCl, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2023年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→39.52 Å / Num. obs: 75546 / % possible obs: 96.02 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 16.59 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.02222 / R_pim(I) all: 0.01396 / R_rim(I) all: 0.02633 / Net I/σ(I): 24.24
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 1.1 % / R_merge(I) obs: 0.2027 / Num. unique obs: 1682 / CC_1/2: 0.911 / R_pim(I) all: 0.2021 / R_rim(I) all: 0.2862 / % possible all: 58.08

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→39.52 Å / SU ML: 0.1192 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.4516
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1836	3745	4.96 %
R_work	0.1588	71798	-
obs	0.16	75543	96.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→39.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1730	0	17	158	1905

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	1788
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9114	2451
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0847	283
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	324
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.155	621

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.2373	74	0.2164	1608	X-RAY DIFFRACTION	58.08
1.42-1.44	0.2121	107	0.1989	1983	X-RAY DIFFRACTION	71.19
1.44-1.46	0.2099	136	0.1738	2343	X-RAY DIFFRACTION	85.72
1.46-1.48	0.1365	119	0.1754	2524	X-RAY DIFFRACTION	90.79
1.48-1.5	0.2024	153	0.1719	2640	X-RAY DIFFRACTION	95.19
1.5-1.52	0.2158	132	0.1641	2705	X-RAY DIFFRACTION	98.88
1.52-1.55	0.1806	146	0.1574	2783	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.55-1.57	0.1915	166	0.1711	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.57-1.6	0.1825	129	0.1629	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.6-1.63	0.1905	145	0.1636	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.63-1.67	0.1957	128	0.1472	2811	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.67-1.7	0.1703	155	0.1515	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.7-1.74	0.159	147	0.1512	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.74-1.79	0.1811	144	0.1549	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.79-1.83	0.2062	148	0.1607	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.83-1.89	0.1742	147	0.1608	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.89-1.95	0.1827	130	0.1685	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.95-2.02	0.1836	150	0.1596	2815	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.02-2.1	0.1736	147	0.1575	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.1-2.2	0.1735	141	0.1608	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.2-2.31	0.1748	150	0.1658	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.31-2.46	0.1988	141	0.1674	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.46-2.65	0.2493	132	0.1671	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.65-2.91	0.1682	149	0.1717	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.91-3.33	0.2003	141	0.1669	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.24
3.33-4.2	0.1584	143	0.1409	2738	X-RAY DIFFRACTION	98.8
4.2-39.52	0.1767	145	0.1443	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.66

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.388278441934	0.604905928556	0.354767631657	0.930698981615	0.607686378529	4.17460048611	-0.0317136176825	-0.448984479714	0.741119734398	0.731145115747	-0.210006959818	0.571109627305	-0.110367193073	-1.35229141749	0.291869106376	0.395149504302	0.0276489597584	0.0447102445128	0.300847441973	-0.131315938043	0.295989072391	-27.096094788	-5.89515733458	-3.38419490575
2	2.69478231728	-0.237534422865	-1.34923439931	2.0349356315	0.347702138822	4.02652660771	0.124828833912	-0.218917554687	0.390523000132	0.0799364057507	0.0340092526419	-0.0175069006153	-0.35609697502	0.212580812061	-0.0850679820486	0.167911335011	-0.0206243787609	0.0304816514783	0.114734064151	-0.0185006130304	0.175412287805	-20.216286773	-10.0709807027	-10.5162037162
3	3.89051898019	3.15303237402	0.510952230355	6.71407725476	1.98123230388	1.66580182471	-0.180640801025	-0.113322009332	0.512498212406	-0.224929703966	0.10868641758	0.270138880444	-0.730513282084	0.0108256378321	-0.023876007178	0.366320486209	0.0219758166881	0.0356758491193	0.156934059608	0.0277497569929	0.277686359481	-24.1353685433	-3.22606557813	-16.3087935861
4	1.33284283657	-0.684703540749	-0.126712250675	2.34839783604	0.0607917573666	2.46587511126	0.120884385503	0.0718950496747	0.267704266576	-0.0742982215041	0.0205769474207	-0.0335501441705	-0.216787089685	0.0896687427235	-0.0935095562089	0.121989021783	-0.0029846928719	0.0162840495162	0.0964699526816	0.0151440206395	0.120902771914	-20.0346368159	-14.9580929843	-17.7349943682
5	2.45577999821	0.20513672845	-1.00567533576	5.04979190942	-1.32918030231	2.85517019399	0.0670397641256	0.256288554538	-0.0814333498217	-0.344907458219	0.00826595511024	0.18453879567	0.121366064423	-0.0531298599933	-0.084532816534	0.172191222558	0.0075736238192	-0.0263737746387	0.163446434999	-0.0120677472924	0.110285059439	-22.2609420882	-20.6526063956	-23.9026689769
6	3.26904825598	-1.18079906486	1.12119485887	2.62904120917	-0.978407394656	4.01044352703	0.1031948781	0.192674713032	-0.109724060208	-0.262281997337	-0.103164821344	-0.0422444981955	0.215170701529	0.236496315645	0.000114912372934	0.173240744476	0.0282399646793	-0.000635978923306	0.140411931432	-0.0288263901719	0.123187335011	-16.6276461816	-25.0475929773	-22.2843580267
7	1.52343717326	-0.100398032035	-0.759621277522	1.58825702073	0.0609067345299	2.78559241876	0.0430759742997	-0.181437984701	0.0730197431052	0.0484568917074	0.0306070880235	-0.0973265191474	0.12419826561	0.376234421378	-0.0619910396823	0.115478874681	0.0203960032842	-0.0259023109735	0.151934028452	-0.00274768809806	0.112797871739	-14.7984449832	-22.7933418674	-8.94699068346
8	3.22753423842	-1.29802672531	0.487215671635	0.850889204151	-0.0576612934664	1.3149167925	-0.0507212743326	-0.275424257165	-0.530988316581	0.32415400031	0.0314773681875	-0.250803725021	0.647170779717	0.536399989685	-0.00217058309937	0.224044243742	0.101331054687	-0.0401969944457	0.29019001256	0.0241077622517	0.155868681726	-11.1378914347	-30.7002305356	-4.23011338476
9	0.949951899039	-0.980617668969	-0.460448678476	1.47610434372	-0.139593547278	3.52179542553	0.00172968432811	-0.289974410117	0.0945768062069	0.235479193234	0.0647998296436	-0.137632241827	0.154102744941	0.512349944864	-0.0919163654556	0.148695048684	0.0127590171876	-0.0278654142488	0.237203100602	-0.0151236925636	0.118330818915	-15.5356755973	-23.0937752956	0.823559057212

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 32 through 44 )	32 - 44	1 - 13
2	2	chain 'A' and (resid 45 through 88 )	45 - 88	14 - 57
3	3	chain 'A' and (resid 89 through 102 )	89 - 102	58 - 71
4	4	chain 'A' and (resid 103 through 122 )	103 - 122	72 - 91
5	5	chain 'A' and (resid 123 through 146 )	123 - 146	92 - 115
6	6	chain 'A' and (resid 147 through 162 )	147 - 162	116 - 131
7	7	chain 'A' and (resid 163 through 215 )	163 - 215	132 - 184
8	8	chain 'A' and (resid 216 through 229 )	216 - 229	185 - 198
9	9	chain 'A' and (resid 230 through 262 )	230 - 262	199 - 231

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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