PDB-9cv3: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-20 with L-cap...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cv3

タイトル

Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-20 with L-captopril

要素

Metallo-beta-lactamase VIM-20

キーワード

HYDROLASE / metallo-beta-lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Silwal, S.B. / Nix, J.C. / Page, R.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2025
タイトル: Mutation of an active site-adjacent residue in VIM indirectly dictates interactions with and blunts inhibition by D-captopril.
著者: Silwal, S.B. / Wamsley, B. / Wang, Z. / Gung, B.W. / Nix, J.C. / Page, R.C.

履歴

登録	2024年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cv3.cif.gz	121.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cv3.ent.gz	80.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cv3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cv3_validation.pdf.gz	834.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cv3_full_validation.pdf.gz	834.2 KB	表示
XML形式データ	9cv3_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	9cv3_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/9cv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/9cv3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9cv1C 9cv2C 9cv4C 9cv5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase VIM-20

ヘテロ分子

26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.845, 77.595, 79.052
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-471- HOH

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase VIM-20 分子量: 25884.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: blaVIM-20 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A344X7M2
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-X8Z / L-CAPTOPRIL / カプトプリル分子量: 217.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅NO₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤, 薬剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis-Tris:HCl, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.000034 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.000034 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→38.8 Å / Num. obs: 126069 / % possible obs: 99.42 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 11.52 Å² / CC_1/2: 0.918 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 1.51→1.56 Å / 冗長度: 6.19 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2037 / CC_1/2: 0.683 / % possible all: 99.65

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.51→38.8 Å / SU ML: 0.1518 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.9806
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2117	1500	4.53 %
R_work	0.1923	60214	-
obs	0.1932	33065	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→38.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1749	0	29	202	1980

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0089	1829
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1479	2503
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	286
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	332
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.1822	659

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.51-1.53	0.2953	135	0.257	2862	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.53-1.56	0.2531	130	0.2452	2832	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.56-1.59	0.2931	137	0.2476	2904	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.59-1.62	0.2688	148	0.2439	2870	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.62-1.65	0.2551	135	0.2358	2890	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.65-1.69	0.2241	125	0.216	2838	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.69-1.73	0.2249	152	0.2005	2868	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.73-1.77	0.2094	128	0.2006	2862	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.77-1.82	0.2123	136	0.1947	2896	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.82-1.87	0.2328	129	0.1952	2883	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.87-1.93	0.1656	138	0.1951	2859	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.93-2	0.2111	141	0.2035	2855	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2-2.08	0.2185	144	0.1821	2871	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.08-2.18	0.2505	140	0.1902	2884	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.18-2.29	0.2316	135	0.1859	2828	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.29-2.44	0.219	131	0.1996	2872	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.44-2.62	0.1989	142	0.1857	2878	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.62-2.89	0.2157	135	0.1914	2863	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.89-3.31	0.2151	139	0.1863	2881	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.31-4.16	0.1613	136	0.1635	2860	X-RAY DIFFRACTION	99.47
4.16-38.8	0.1853	140	0.1712	2858	X-RAY DIFFRACTION	98.75

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.26965152344	-0.79225910013	-0.0253280268084	0.538322054355	1.04057750034	4.25498062861	-0.363884148119	-0.3681356517	-0.722768767066	0.502330112441	-0.0085577184377	-0.51255482481	0.567564463313	0.77862546551	0.348552441462	0.285852273934	0.0663957511772	-9.16876165432E-5	0.201607523185	0.102407760919	0.386692858713	-7.17330790455	-33.5380175897	-3.64621697478
2	5.84953965918	1.89189756853	1.24536799929	2.98712985154	0.194766771146	2.10195296267	0.030613998565	-0.245128635124	-0.301063082298	0.172216001879	0.0857525472185	-0.178430162032	0.0259405483294	-0.0551396036753	-0.119058398363	0.129193106664	-0.0150645845916	-0.0249395251114	0.128065538672	0.0406868579541	0.133274820051	-12.4130132718	-29.9122034639	-7.39540596992
3	1.25767124785	-0.41041060246	-0.216967681231	2.04341535637	0.0196537426556	2.13823652708	0.122440839053	-0.0553757666414	-0.273675583387	-0.0177992023976	-0.0841621227226	-0.121075025674	0.0585592746307	-0.0361297282308	-0.0428138643567	0.0635079765903	-0.00342151214688	-0.0173267579693	0.0517052600543	-0.00544125284702	0.087654755833	-15.1574460768	-27.6844584629	-13.2892650003
4	1.54794788774	0.0247966123904	0.151607505912	2.94001674495	0.362334934248	1.0892724105	0.047171287939	0.052127464174	-0.151945169828	-0.0370913147305	0.0115823880494	-0.166444260107	0.0867341969008	0.0153410972728	-0.0521793429306	0.0635501103104	0.00823924354762	0.00483202590959	0.096851102984	-0.0233989846638	0.0609213966462	-12.0612787582	-24.0202965563	-19.9277364135
5	0.799413310191	0.11508163444	-0.936012829024	1.52814198677	1.07882207776	2.07710097089	0.0378149453479	0.256980913642	-0.0108564177365	-0.29672075707	-0.122765784703	0.00340994140789	-0.268305880981	-0.130896560761	0.0734822734599	0.104622478159	0.00875516637069	-0.00554857787908	0.061436274436	-0.00403383209883	0.0576644080136	-17.1664657583	-13.56077399	-22.182620814
6	0.684793649822	0.219352591243	0.318286140468	1.53560219221	0.268983316491	1.50876518013	-0.0117199377328	-0.119390162936	-0.0206641068599	0.0259212763558	-0.0260183269322	0.0610980388579	-0.0684943832018	-0.182739145179	0.0293429805178	0.0664169475426	0.00574799221727	0.0171742953038	0.11466922856	-0.00525605265361	0.0512985174501	-19.756308429	-13.8959708764	-7.56832111345
7	0.954948683101	-0.505317163647	-0.149264028495	1.28169416931	-0.00187340891707	1.89832542783	0.0553368432313	-0.0957449496932	-0.0752191477787	0.121854649924	-0.0258458906838	-0.00437505718329	-0.0273387756871	-0.272597067537	-0.00274397664673	0.0703027120548	-0.00917689969947	0.00306075968241	0.124013266913	0.0132929115932	0.0376802383285	-17.9499089598	-14.8686882728	1.3591516886

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 32 through 44 )	32 - 44	1 - 13
2	2	chain 'A' and (resid 45 through 64 )	45 - 64	14 - 33
3	3	chain 'A' and (resid 65 through 88 )	65 - 88	34 - 57
4	4	chain 'A' and (resid 89 through 146 )	89 - 146	58 - 115
5	5	chain 'A' and (resid 147 through 162 )	147 - 162	116 - 131
6	6	chain 'A' and (resid 163 through 229 )	163 - 229	132 - 198
7	7	chain 'A' and (resid 230 through 263 )	230 - 263	199 - 232

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)