PDB-9cv2: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-20 with D-cap...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cv2

タイトル

Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-20 with D-captopril

要素

Metallo-beta-lactamase VIM-20

キーワード

HYDROLASE / metallo-beta-lactamase

機能・相同性

: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / metal ion binding / Chem-MCO / Metallo-beta-lactamase VIM-20

機能・相同性情報

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Silwal, S.B. / Nix, J.C. / Page, R.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2025
タイトル: Mutation of an active site-adjacent residue in VIM indirectly dictates interactions with and blunts inhibition by D-captopril.
著者: Silwal, S.B. / Wamsley, B. / Wang, Z. / Gung, B.W. / Nix, J.C. / Page, R.C.

履歴

登録	2024年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cv2.cif.gz	121.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cv2.ent.gz	81.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cv2_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cv2_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9cv2_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	9cv2_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/9cv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/9cv2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9cv1C 9cv3C 9cv4C 9cv5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase VIM-20

ヘテロ分子

26.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.642, 77.318, 78.854
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-493- HOH

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase VIM-20 分子量: 25884.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: blaVIM-20 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A344X7M2
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MCO / 1-(3-MERCAPTO-2-METHYL-PROPIONYL)-PYRROLIDINE-2-CARBOXYLIC ACID / D-カプトプリル分子量: 217.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅NO₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris:HCl, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2023年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→39.43 Å / Num. obs: 78569 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 13.13
反射シェル	解像度: 1.57→1.63 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 18.7 / Num. unique obs: 3805 / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.1 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.57→39.43 Å / SU ML: 0.142 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.4081
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1811	2997	5.52 %
R_work	0.1666	51288	-
obs	0.1674	51288	97.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→39.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1757	0	17	151	1925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0064	1839
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9062	2518
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0823	289
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0326	331
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.1362	681

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57-1.6	0.2315	140	0.1914	2318	X-RAY DIFFRACTION	93.18
1.6-1.62	0.226	147	0.1843	2420	X-RAY DIFFRACTION	95.11
1.62-1.65	0.1956	123	0.1752	2431	X-RAY DIFFRACTION	95.94
1.65-1.68	0.1986	136	0.17	2381	X-RAY DIFFRACTION	96.77
1.68-1.72	0.2104	141	0.1655	2473	X-RAY DIFFRACTION	96.96
1.72-1.76	0.1559	148	0.1661	2437	X-RAY DIFFRACTION	96.93
1.76-1.8	0.1938	132	0.1677	2441	X-RAY DIFFRACTION	97.09
1.8-1.84	0.1773	143	0.1706	2446	X-RAY DIFFRACTION	97.15
1.84-1.89	0.1971	164	0.176	2443	X-RAY DIFFRACTION	97.53
1.89-1.95	0.2192	137	0.1836	2411	X-RAY DIFFRACTION	97.51
1.95-2.01	0.2271	158	0.1682	2445	X-RAY DIFFRACTION	97.34
2.01-2.08	0.1651	128	0.166	2459	X-RAY DIFFRACTION	96.6
2.08-2.17	0.2277	150	0.1697	2427	X-RAY DIFFRACTION	97.95
2.17-2.26	0.1873	138	0.1734	2472	X-RAY DIFFRACTION	97.57
2.26-2.38	0.1889	154	0.1798	2462	X-RAY DIFFRACTION	98.42
2.38-2.53	0.1679	133	0.1754	2443	X-RAY DIFFRACTION	97.95
2.53-2.73	0.1917	141	0.1729	2486	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.73-3	0.2121	139	0.1877	2463	X-RAY DIFFRACTION	98.11
3-3.44	0.1722	147	0.1665	2472	X-RAY DIFFRACTION	97.91
3.44-4.33	0.1488	151	0.1448	2463	X-RAY DIFFRACTION	98.12
4.33-39.43	0.1566	147	0.1502	2495	X-RAY DIFFRACTION	99.25

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.84209890457	-0.808024727446	-0.259762934189	3.01343331541	0.69093623555	4.06566030151	0.236104331006	-0.254051686158	0.660964950743	0.469603998807	0.00138483669068	0.429574018866	-0.376511255448	-0.153677003961	-0.145074810732	0.282053183687	0.0108821128416	0.095803569944	0.182333799654	-0.0518468116409	0.336589703367	-23.5711913289	-7.52568334341	-5.8163322262
2	1.08373514977	-1.1704856633	1.26022174645	2.93123700662	0.59352066961	3.44242058564	0.154869926273	-0.0950843911474	0.499052795675	0.0645106770434	0.0441715842219	0.236797481758	-0.239761182302	-0.00602076182186	-0.141407142439	0.12756087333	-0.0138395955681	0.0344425964994	0.077368649676	-0.00764533349802	0.209291549033	-18.841556757	-11.0038443977	-13.2464003823
3	2.95711472313	-0.186447821376	-0.469166334252	2.96728691589	0.0724857941131	3.58891444535	0.0764391882524	-0.0100458648532	1.00659085569	0.169664274962	0.254915654274	0.507017780801	-0.888522001592	-0.0996987460556	0.119498794969	0.311833950134	0.0418476974558	0.0783918362143	0.106937621382	0.0401988792752	0.386067274911	-24.3468834068	-3.26697710772	-16.4208871863
4	2.51251047755	-0.166051170729	-0.752072943294	4.53606309965	-0.569675907989	2.33039648689	0.0315043026196	0.148518212224	0.0141671881951	-0.211657848604	0.0513638112139	0.198978032096	0.0506928570711	-0.100869519008	-0.0628340384502	0.104050074464	0.00401020459866	-0.0164186276064	0.115237559948	0.0262551576062	0.118928490246	-21.1665799538	-18.036017155	-21.0174947523
5	3.2697512545	-0.0056695791878	0.592630045309	2.71635111084	-0.836527329016	3.67580927295	0.0176893158015	0.345832158602	-0.139528553827	-0.299156223332	-0.131640900125	0.000508393512275	0.354963261351	0.153430824458	0.0895899685822	0.16788515991	0.0128408008214	0.0084849982504	0.102352556458	-0.0122074909628	0.125997391841	-16.626262904	-25.0616266515	-22.1621315993
6	1.84571585532	0.426891452686	-1.17398484482	2.22772366206	-0.488593167886	2.89034764825	0.00322814041451	-0.187045099768	0.0483769491303	0.0253030908712	-0.022527314474	-0.0692165903367	0.0946232547004	0.296224544771	0.00952763907057	0.0879934376791	0.0147707176487	-0.0274900349021	0.124054876603	0.0115335516533	0.131161129467	-14.8948419212	-22.7757140579	-8.68972817055
7	3.38524879529	1.05701854752	-0.690938241785	1.37801854166	0.385175291395	1.39300043436	-0.306285827002	-0.373998811295	-1.0312682375	0.301185057958	0.082289350566	-0.981231782629	0.845455950617	1.10291858314	-0.176782640347	0.0810326323128	0.171881788984	-0.0854550777574	0.294526492258	0.140752472433	0.154402722312	-10.8510020945	-30.2998258812	-3.81043222021
8	3.06350919641	-0.232836559939	-0.41015843941	1.93935209051	-0.39455908349	1.02974557455	0.18966128407	-0.478490187657	0.490076124055	0.401062022469	-0.152106714194	-0.262378567885	-0.2523541241	0.86945573031	0.0164024758741	0.165370733014	-0.0836915229542	-0.0245699183256	0.358726066928	-0.0539565194415	0.216925535355	-11.8390117243	-16.4557471781	-2.0533161563
9	5.75805236433	2.98293228521	0.412682220326	7.63846756421	-0.419992404626	4.62375040517	0.208596357356	-0.455913186251	-0.317537036488	0.351804169217	-0.242669390206	-0.0660833231265	0.225275722482	0.106993411406	0.0611176220207	0.155800855056	0.0192489583394	-0.00110790974706	0.152502947005	0.0231610223803	0.0749195331322	-19.9028050298	-30.1484595267	3.92560180883

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 32 through 64 )	32 - 64	1 - 33
2	2	chain 'A' and (resid 65 through 88 )	65 - 88	34 - 57
3	3	chain 'A' and (resid 89 through 102 )	89 - 102	58 - 71
4	4	chain 'A' and (resid 103 through 146 )	103 - 146	72 - 115
5	5	chain 'A' and (resid 147 through 162 )	147 - 162	116 - 131
6	6	chain 'A' and (resid 163 through 215 )	163 - 215	132 - 184
7	7	chain 'A' and (resid 216 through 229 )	216 - 229	185 - 198
8	8	chain 'A' and (resid 230 through 245 )	230 - 245	199 - 214
9	9	chain 'A' and (resid 246 through 264 )	246 - 264	215 - 233

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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