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- PDB-9cuf: Room temperature SSX structure of ccNiR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cuf
タイトルRoom temperature SSX structure of ccNiR
要素Cytochrome c-552
キーワードELECTRON TRANSPORT / cytochrome c nitrite reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) / nitrite reductase (cytochrome, ammonia-forming) activity / anaerobic electron transport chain / nitrate assimilation / outer membrane-bounded periplasmic space / iron ion binding / heme binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Formate-dependent cytochrome c nitrite reductase, c552 subunit / Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Chem-PE3 / Cytochrome c-552
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Malla, T.N. / Schmidt, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2025
タイトル: Exploiting fourth-generation synchrotron radiation for enzyme and photoreceptor characterization.
著者: Malla, T.N. / Muniyappan, S. / Menendez, D. / Ogukwe, F. / Dale, A.N. / Clayton, J.D. / Weatherall, D.D. / Karki, P. / Dangi, S. / Mandella, V. / Pacheco, A.A. / Stojkovic, E.A. / Rose, S.L. ...著者: Malla, T.N. / Muniyappan, S. / Menendez, D. / Ogukwe, F. / Dale, A.N. / Clayton, J.D. / Weatherall, D.D. / Karki, P. / Dangi, S. / Mandella, V. / Pacheco, A.A. / Stojkovic, E.A. / Rose, S.L. / Orlans, J. / Basu, S. / de Sanctis, D. / Schmidt, M.
履歴
登録2024年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c-552
B: Cytochrome c-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,03515
ポリマ－99,1352
非ポリマー6,90013
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16150 Å2
ΔGint-260 kcal/mol
Surface area34990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.840, 95.470, 228.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c-552 / Ammonia-forming cytochrome c nitrite reductase / Cytochrome c nitrite reductase


分子量: 49567.418 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-466 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
遺伝子: nrfA, SO_3980 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8EAC7, nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 / 詳細: 40% PEG 4K, 200 mM sodium malonate, 100 mM MES

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→59.49 Å / Num. obs: 17548 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.37 % / Biso Wilson estimate: 113.46 Å2 / CC1/2: 0.95 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.39 Å / Num. unique obs: 860 / CC1/2: 0.18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
CrystFELデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→59.49 Å / SU ML: 0.709 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.8196
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2982 1657 9.92 %
Rwork0.2122 15046 -
obs0.2206 16703 95.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 98.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→59.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6946 0 475 0 7421
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01157658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.433610463
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051004
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00861302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.62192802
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.40.39761060.3546964X-RAY DIFFRACTION73.9
3.4-3.510.3623950.3961940X-RAY DIFFRACTION74.41
3.51-3.630.48041710.36021250X-RAY DIFFRACTION97.93
3.63-3.780.40341360.3351257X-RAY DIFFRACTION98.93
3.78-3.950.35981550.29261285X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.160.3521330.25461309X-RAY DIFFRACTION99.93
4.16-4.420.32831400.23711283X-RAY DIFFRACTION99.86
4.42-4.760.32631310.19591334X-RAY DIFFRACTION99.93
4.76-5.240.26731250.1841320X-RAY DIFFRACTION99.93
5.24-5.990.29521390.191340X-RAY DIFFRACTION100
6-7.540.26991530.18631338X-RAY DIFFRACTION100
7.55-59.490.21671730.13761426X-RAY DIFFRACTION99.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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