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- PDB-9cud: Human STING G230A/R293Q variant bound to diABZI-i -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cud
タイトルHuman STING G230A/R293Q variant bound to diABZI-i
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Innate immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / STING mediated induction of host immune responses / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / proton channel activity ...STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / STING mediated induction of host immune responses / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / proton channel activity / cGAS/STING signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / reticulophagy / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / protein complex oligomerization / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to interferon-beta / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / positive regulation of defense response to virus by host / signaling adaptor activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / antiviral innate immune response / activation of innate immune response / autophagosome / cytoplasmic vesicle membrane / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of interferon-beta production / secretory granule membrane / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / peroxisome / regulation of inflammatory response / defense response to virus / DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / endosome / ciliary basal body / cilium / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / STING transmembrane domain / : / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Critton, D.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Orthosteric STING inhibition elucidates molecular correction of SAVI STING.
著者: Xie, T. / Ruzanov, M. / Critton, D. / Merselis, L. / Naglich, J. / Sack, J.S. / Zhang, P. / Xie, C. / Tredup, J. / Stine, L.B. / Messier, C. / Hope, D.L. / Caceres-Cortes, J. / Mueller, L. / ...著者: Xie, T. / Ruzanov, M. / Critton, D. / Merselis, L. / Naglich, J. / Sack, J.S. / Zhang, P. / Xie, C. / Tredup, J. / Stine, L.B. / Messier, C. / Hope, D.L. / Caceres-Cortes, J. / Mueller, L. / Dyckman, A.J. / Newitt, J.A. / Choudhury, A. / Wilson, S.C.
履歴
登録2024年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
B: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9473
ポリマ－48,0782
非ポリマー8691
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.072, 122.946, 36.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Transmembrane protein 173


分子量: 24038.906 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 155-341 / 変異: G230A/R293Q variant / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING1, ERIS, MITA, STING, TMEM173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 化合物 ChemComp-A1A4W / (2E)-1-[(2E)-4-{(2E)-5-carbamoyl-2-[(1-ethyl-3-methyl-1H-pyrazole-5-carbonyl)imino]-3-methyl-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl}-2,3-dimethylbut-2-en-1-yl]-2-[(1-ethyl-3-methyl-1H-pyrazole-5-carbonyl)imino]-7-[(3-methoxyphenyl)methoxy]-3-methyl-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazole-5-carboxamide


分子量: 868.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H52N12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→67.1 Å / Num. obs: 40347 / % possible obs: 80.6 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.52→1.63 Å / 冗長度: 3.34 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1739 / CC1/2: 0.564 / % possible all: 44.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.8 (16-JUL-2021)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.53→21.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU R Cruickshank DPI: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.131 / SU Rfree Blow DPI: 0.123 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.118
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 2043 5.07 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.227 40328 72.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1332 Å20 Å20 Å2
2---0.8856 Å20 Å2
3---0.7524 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→21.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2455 0 64 309 2828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085197HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.919333HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1544SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes825HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2678HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.57
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion333SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4308SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.6 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 -4.34 %
Rwork0.2658 772 -
obs--10.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.48940.4991-0.08971.6577-0.04970.3760.0331-0.1964-0.03180.0455-0.0402-0.33560.04120.02130.0071-0.1637-0.0106-0.0118-0.1654-0.007-0.1193-7.311520.5932-17.0539
20.64840.0097-0.17610.7601-0.16860.55060.0114-0.0122-0.1169-0.1046-0.0388-0.0389-0.01080.03260.0274-0.1614-0.0011-0.0016-0.1579-0.0044-0.1434-26.4215-2.5445-18.5179
301.78420.17042.10812.0682.21320.0007-0.1534-0.14380.0511-0.0123-0.09290.02540.06380.01150.0171-0.01490.00420.00490.00640.0512-13.88426.49-18.086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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