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- PDB-9cu7: Structure of 16.ND.92 Fab in complex with A/Solomon Islands/3/200... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cu7
タイトルStructure of 16.ND.92 Fab in complex with A/Solomon Islands/3/2006(H1N1) influenza virus Hemagglutinin
要素
  • Hemagglutinin HA1
  • Hemagglutinin HA2
  • Variable Heavy Chain of 16.ND.92 Fab
  • Variable Light Chain of 16.ND.92 Fab
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Antibody / Influenza / Hemagglutinin / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Ouyang, W.O. / Pholcharee, T. / Wu, N.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Complementary and Integrative Health (NIH/NCCIH)DP2 AT011966 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2025
タイトル: High-throughput synthesis and specificity characterization of natively paired influenza hemagglutinin antibodies with oPool display.
著者: Wenhao O Ouyang / Huibin Lv / Wenkan Liu / Ruipeng Lei / Zongjun Mou / Tossapol Pholcharee / Logan Talmage / Meixuan Tong / Wei Ji / Yiquan Wang / Katrine E Dailey / Akshita B Gopal / Danbi ...著者: Wenhao O Ouyang / Huibin Lv / Wenkan Liu / Ruipeng Lei / Zongjun Mou / Tossapol Pholcharee / Logan Talmage / Meixuan Tong / Wei Ji / Yiquan Wang / Katrine E Dailey / Akshita B Gopal / Danbi Choi / Madison R Ardagh / Lucia A Rodriguez / Jenna J Guthmiller / Xinghong Dai / Nicholas C Wu /
要旨: Antibody discovery is crucial for developing therapeutics and vaccines and for understanding adaptive immunity. However, the lack of approaches to synthesize antibodies with defined sequences in a ...Antibody discovery is crucial for developing therapeutics and vaccines and for understanding adaptive immunity. However, the lack of approaches to synthesize antibodies with defined sequences in a high-throughput manner represents a major bottleneck in antibody discovery. Here, we present oPool display, a high-throughput cell-free platform that combined oligo pool synthesis and mRNA display to rapidly construct and characterize hundreds to thousands of natively paired antibodies in parallel. As a proof of concept, we applied oPool display to probe the binding specificity of more than 300 uncommon influenza hemagglutinin-specific antibodies against nine hemagglutinin variants through 16 screens. More than 5000 binding tests were performed in 3 to 5 days of hands-on time with further scaling potential. Follow-up structural and functional analysis of two antibodies revealed the versatility of the human immunoglobulin gene segment D3-3 () in recognizing the hemagglutinin stem. Overall, this study established an experimental platform that not only accelerates antibody characterization but also enables unbiased discovery of recurring molecular signatures among antibodies with the same specificity.
履歴
登録2024年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Variable Heavy Chain of 16.ND.92 Fab
I: Variable Heavy Chain of 16.ND.92 Fab
J: Variable Heavy Chain of 16.ND.92 Fab
L: Variable Light Chain of 16.ND.92 Fab
M: Variable Light Chain of 16.ND.92 Fab
N: Variable Light Chain of 16.ND.92 Fab
A: Hemagglutinin HA1
C: Hemagglutinin HA1
E: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
D: Hemagglutinin HA2
F: Hemagglutinin HA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,17012
ポリマ－242,17012
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, size exclusion chromatography indicated the correct assembly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: 抗体 Variable Heavy Chain of 16.ND.92 Fab


分子量: 13659.272 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Variable Light Chain of 16.ND.92 Fab


分子量: 11800.195 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Hemagglutinin HA1


分子量: 35851.199 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0G2RTI0
#4: タンパク質 Hemagglutinin HA2


分子量: 19412.537 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: C8CQF2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 16.ND.92 Fab in complex with A/Solomon Islands/3/2006 (H1N1) Hemagglutinin
タイプ: COMPLEX
詳細: Both Hemagglutinin and Fab were recombinantly expressed and purified. The Fab was then mixed with Hemagglutinin at 3.5:1 ratio. The complex were then isolated using size exclusion chromatography.
Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293F
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 150mM NaCl
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Blot force: 0, Blot time: 3 s, Humidity 90%, and 4 C.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 57.35 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.5.3粒子像選択
4cryoSPARC4.5.3CTF補正
10cryoSPARC4.5.3初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.5.3最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.5.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 152449 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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