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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9ctx | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of multi-drug resistant HIV-1 protease (P51) in complex with Darunavir | ||||||
要素 | Protease | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / HIV-1 Protease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Hayashi, H. / Yedidi, R. / Bulut, H. / Das, D. / Mitsuya, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Secondary amino-acid substitutions contribute to the emergence of HIV protease inhibitor resistance as directly as primary amino-acid substitutions. 著者: Das, D. / Hayashi, H. / Yedidi, R.S. / Bulut, H. / Mitsuya, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9ctx.cif.gz | 64.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9ctx.ent.gz | 41.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9ctx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9ctx_validation.pdf.gz | 789.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9ctx_full_validation.pdf.gz | 792.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 9ctx_validation.xml.gz | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9ctx_validation.cif.gz | 9.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/9ctx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/9ctx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10875.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O38893 |
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#2: 化合物 | ChemComp-017 / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.29 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.15 M (NH3)2SO4, 0.1 M HEPES pH7.0, 20 % (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL24XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→45.22 Å / Num. obs: 14126 / % possible obs: 98.12 % / 冗長度: 19.5 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / Num. unique obs: 565 / CC1/2: 0.59 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→45.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.327 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→45.22 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å /
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