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万見
- PDB-9ctx: X-ray crystal structure of multi-drug resistant HIV-1 protease (P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ctx
タイトルX-ray crystal structure of multi-drug resistant HIV-1 protease (P51) in complex with Darunavir
要素Protease
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-017 / Protease
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Hayashi, H. / Yedidi, R. / Bulut, H. / Das, D. / Mitsuya, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Secondary amino-acid substitutions contribute to the emergence of HIV protease inhibitor resistance as directly as primary amino-acid substitutions.
著者: Das, D. / Hayashi, H. / Yedidi, R.S. / Bulut, H. / Mitsuya, H.
履歴
登録2024年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5153
ポリマ－10,8761
非ポリマー6402
水1,04558
1
A: Protease
ヘテロ分子

A: Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0316
ポリマ－21,7512
非ポリマー1,2804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
Buried area6220 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area9190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.68, 62.68, 81.759
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-205-

HOH

21A-255-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protease


分子量: 10875.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O38893
#2: 化合物 ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル


分子量: 547.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H37N3O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.15 M (NH3)2SO4, 0.1 M HEPES pH7.0, 20 % (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL24XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→45.22 Å / Num. obs: 14126 / % possible obs: 98.12 % / 冗長度: 19.5 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / Num. unique obs: 565 / CC1/2: 0.59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
DIALSデータ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→45.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20793 705 -RANDOM
Rwork0.16464 ---
obs0.16688 13380 98.13 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.327 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.06 Å2-0 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→45.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数764 0 44 58 866
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.58 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.326 -
Rwork0.289 -
obs-83.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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