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万見
- PDB-9ctr: Best1 + GABA intermediate state 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ctr
タイトルBest1 + GABA intermediate state 1
要素Bestrophin-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / calcium-activated chloride channel / GABA type A receptor / GABA-bound anion channel / channel-activator complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane microdomain / bicarbonate channel activity / transepithelial chloride transport / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / detection of light stimulus involved in visual perception / ligand-gated channel activity / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / bicarbonate transmembrane transporter activity / glutamate secretion / chloride transport ...membrane microdomain / bicarbonate channel activity / transepithelial chloride transport / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / detection of light stimulus involved in visual perception / ligand-gated channel activity / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / bicarbonate transmembrane transporter activity / glutamate secretion / chloride transport / chloride channel activity / protein complex oligomerization / regulation of calcium ion transport / chloride channel complex / visual perception / basal plasma membrane / regulation of synaptic plasticity / Stimuli-sensing channels / presynapse / monoatomic ion transmembrane transport / basolateral plasma membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bestrophin / Bestrophin/UPF0187 / Bestrophin, RFP-TM, chloride channel
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / Bestrophin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Owji, A.P. / Kittredge, A. / Zhang, Y. / Yang, T.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM149252 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM127652 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R24EY028758 米国
Other privateCU20-4313 米国
Other privateCU22-1892 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: GAD65 tunes the functions of Best1 as a GABA receptor and a neurotransmitter conducting channel.
著者: Jiali Wang / Aaron P Owji / Alec Kittredge / Zada Clark / Yu Zhang / Tingting Yang /
要旨: Bestrophin-1 (Best1) is an anion channel genetically linked to vision-threatening retinal degenerative channelopathies. Here, we identify interactions between Best1 and both isoforms of glutamic acid ...Bestrophin-1 (Best1) is an anion channel genetically linked to vision-threatening retinal degenerative channelopathies. Here, we identify interactions between Best1 and both isoforms of glutamic acid decarboxylases (GAD65 and GAD67), elucidate the distinctive influences of GAD65 and GAD67 on Best1's permeability to various anions/neurotransmitters, discover the functionality of Best1 as a γ-Aminobutyric acid (GABA) type A receptor, and solve the structure of GABA-bound Best1. GAD65 and GAD67 both promote Best1-mediated Cl currents, but only GAD65 drastically enhances the permeability of Best1 to glutamate and GABA, for which GAD67 has no effect. GABA binds to Best1 on an extracellular site and stimulates Best1-mediated Cl currents at the nano-molar concentration level. The physiological role of GAD65 as a cell type-specific binding partner and facilitator of Best1 is demonstrated in retinal pigment epithelial cells. Together, our results reveal critical regulators of Best1 and inform a network of membrane transport metabolons formed between bestrophin channels and glutamate metabolic enzymes.
履歴
登録2024年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Bestrophin-1
E: Bestrophin-1
A: Bestrophin-1
D: Bestrophin-1
C: Bestrophin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,75914
ポリマ－338,1465
非ポリマー6139
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Bestrophin-1 / TU15B / Vitelliform macular dystrophy protein 2


分子量: 67629.273 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BEST1, VMD2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O76090
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA


分子量: 103.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GABA-bound Homopentameric complex of Best1 anion channel in intermediate state 1 ICCCC
タイプ: COMPLEX / 詳細: GABA-activated structure / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.3375 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293
緩衝液pH: 7.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1200 mMsodium chlorideNaCl1
240 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
30.008 % w/vglyco-diosgeninGDN1
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R0./1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
撮影電子線照射量: 58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 713
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon3.5画像取得
4cryoSPARCCTF補正
9PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 173379 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 8D1I

8d1i


PDB chain-ID: A / Accession code: 8D1I / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00316095
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.45521915
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.4452095
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0372375
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032755

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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