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- PDB-9ct1: Complex between the porcine trypsin and M271 a Kunitz-STI from So... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ct1
タイトルComplex between the porcine trypsin and M271 a Kunitz-STI from Solanum tuberosum
要素
  • KTI-A protein
  • Trypsin
キーワードHYDROLASE / Kunitz / Serine Proteases / Serine Proteinase Inhibitors / Soybean Trypsin Inhibitor / Trypsin Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family ...Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
KTI-A protein / Trypsin
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Campuzano-Gonzalez, A. / Rudino-Pinera, E.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
Other governmentDGAPA - PAPIIT - UNAM IN226523 メキシコ
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025
タイトル: Structural determination of a new non-canonical inhibition complex between porcine trypsin and M271 a potato Kunitz-STI inhibitor.
著者: Campuzano-Gonzalez, A. / Gil-Rodriguez, P. / Quintana-Armas, A.X. / Guerra, Y. / Perez, Y. / Rudino-Pinera, E.
履歴
登録2024年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypsin
B: KTI-A protein
C: Trypsin
D: KTI-A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3936
ポリマ－92,3134
非ポリマー802
水3,567198
1
A: Trypsin
B: KTI-A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1963
ポリマ－46,1562
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16420 Å2
手法PISA
2
C: Trypsin
D: KTI-A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1963
ポリマ－46,1562
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.249, 85.887, 186.063
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Trypsin


分子量: 24428.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00761, trypsin
#2: タンパク質 KTI-A protein


分子量: 21727.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: obtained from genomic DNA sequencing from Solanum tuberosum (potato) samples isolated with the plant CTAB method
由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 遺伝子: KTI-A / プラスミド: pPICZaC / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: A0A097H115
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 4.6
詳細: 0.085 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 0.17 M Ammonium acetate, 25.5% w/v Polyethylene glycol 4,000, 15% v/v Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月7日
放射モノクロメーター: VariMax HF optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→45.8 Å / Num. obs: 29614 / % possible obs: 99.37 % / 冗長度: 9.6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 23.68
反射 シェル解像度: 2.42→2.52 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / Num. unique obs: 2886 / CC1/2: 0.72 / % possible all: 97.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.42→45.8 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 1419 4.8 %
Rwork0.1829 --
obs0.186 29540 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→45.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5876 0 2 198 6076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2168235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.527840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011074
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-2.510.33031290.23332757X-RAY DIFFRACTION98
2.51-2.610.28541390.23022759X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.730.35181450.2232747X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.870.33221290.21822778X-RAY DIFFRACTION99
2.87-3.050.26761320.20212787X-RAY DIFFRACTION99
3.05-3.290.26191340.19662789X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.620.25971540.17752810X-RAY DIFFRACTION100
3.62-4.140.23661430.15652824X-RAY DIFFRACTION100
4.14-5.220.17181500.14662875X-RAY DIFFRACTION100
5.22-100.20721640.17812995X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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