PDB-9csl: Structure of mutant human geranylgeranyl pyrophosphate synthase (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9csl

タイトル

Structure of mutant human geranylgeranyl pyrophosphate synthase (Y246D-C247L) in complex with isopentenyl pyrophosphate

要素

Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Isopentenyl transferase / Isoprenyl synthase / Isoprenoid biosynthesis / Isoprenoids

機能・相同性

機能・相同性情報

isoprenoid metabolic process / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / geranyl diphosphate biosynthetic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranylgeranyl diphosphate synthase activity / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / isoprenoid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Ezekiel, S. / Park, J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2025
タイトル: Engineering dimer mutants of human geranylgeranyl pyrophosphate synthase.
著者: Ezekiel, S.J. / Searle, M. / Park, J.

履歴

登録	2024年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9csl.cif.gz	148.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9csl.ent.gz	110.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9csl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9csl_validation.pdf.gz	787.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9csl_full_validation.pdf.gz	793.9 KB	表示
XML形式データ	9csl_validation.xml.gz	30.9 KB	表示
CIF形式データ	9csl_validation.cif.gz	43 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/9csl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/9csl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

B: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

76.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	191.110, 191.110, 96.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	177
Space group name H-M	P622

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 296 / Label seq-ID: 23 - 318

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Geranylgeranyl pyrophosphate synthase / GGPP synthase / GGPPSase / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase ...GGPP synthase / GGPPSase / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Farnesyltranstransferase / Geranylgeranyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase 分子量: 37436.504 Da / 分子数: 2 / 変異: Y246D, C247L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GGPS1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O95749, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -, dimethylallyltranstransferase, geranylgeranyl diphosphate synthase, (2E,6E)- ...参照: UniProt: O95749, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -, dimethylallyltranstransferase, geranylgeranyl diphosphate synthase, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE 分子量: 246.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.84 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M di-ammonium phosphate, 2.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→95.56 Å / Num. obs: 60724 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.6 % / B_iso Wilson estimate: 40.173 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 16.9 % / R_merge(I) obs: 1.683 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2941 / CC_1/2: 0.665 / R_pim(I) all: 0.419 / R_rim(I) all: 1.736 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→95.555 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 4.01 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2159	3000	4.94 %	Random
R_work	0.1785	57724	-	-
all	0.18	-	-	-
obs	0.1803	60724	99.849 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.684 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.514 Å²	0.257 Å²	0 Å²
2-	-	0.514 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.667 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→95.555 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4599	0	75	424	5098

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	4825
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4527
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.725	1.84	6550
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.615	1.765	10418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.285	5	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.96	5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.433	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.305	10	833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.629	10	228
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	735
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	4190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.035	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.382	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.62	4.828	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.619	4.828	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.972	8.619	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.971	8.62	2899
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.324	5.427	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.053	5.337	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.98	9.694	3652
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.828	9.542	3581
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.468	48.247	5925
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.378	47.48	5789
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.141	0.05	8716

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14091	0.05006
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14091	0.05006

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.155	0.274	185	0.265	4200	0.265	4416	0.947	0.947	99.298	0.248
2.155-2.214	0.282	203	0.24	4089	0.242	4296	0.948	0.96	99.9069	0.218
2.214-2.278	0.283	203	0.235	4009	0.238	4214	0.943	0.963	99.9525	0.207
2.278-2.348	0.219	222	0.195	3849	0.196	4077	0.97	0.975	99.8528	0.165
2.348-2.425	0.259	218	0.187	3742	0.19	3965	0.962	0.978	99.8739	0.154
2.425-2.51	0.224	196	0.184	3626	0.187	3823	0.968	0.979	99.9738	0.151
2.51-2.604	0.229	195	0.176	3514	0.178	3710	0.97	0.981	99.973	0.145
2.604-2.711	0.217	170	0.175	3414	0.177	3586	0.973	0.983	99.9442	0.144
2.711-2.831	0.212	171	0.174	3260	0.176	3435	0.973	0.982	99.8836	0.142
2.831-2.969	0.2	171	0.167	3100	0.169	3275	0.975	0.983	99.8779	0.141
2.969-3.13	0.202	171	0.174	2977	0.176	3149	0.976	0.982	99.9682	0.149
3.13-3.319	0.226	141	0.172	2831	0.174	2972	0.971	0.983	100	0.155
3.319-3.548	0.222	122	0.174	2686	0.176	2812	0.972	0.984	99.8577	0.16
3.548-3.832	0.198	110	0.168	2511	0.169	2625	0.976	0.985	99.8476	0.159
3.832-4.197	0.197	129	0.157	2296	0.159	2425	0.976	0.986	100	0.152
4.197-4.691	0.184	100	0.14	2108	0.142	2210	0.979	0.988	99.9095	0.14
4.691-5.415	0.183	105	0.155	1858	0.157	1966	0.982	0.986	99.8474	0.156
5.415-6.627	0.243	85	0.217	1608	0.218	1694	0.97	0.977	99.941	0.207
6.627-9.349	0.21	66	0.186	1264	0.187	1342	0.978	0.982	99.1058	0.201
9.349-95.555	0.28	37	0.231	782	0.233	822	0.945	0.965	99.635	0.288

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