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- PDB-9csj: Crystal structure of human glyoxalase domain-containing protein 4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9csj
タイトルCrystal structure of human glyoxalase domain-containing protein 4 (GLOD4) at 2.33 A resolution.
要素Isoform 2 of Glyoxalase domain-containing protein 4
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Glyoxalase domain-containing protein 4 / metallo-b-lactamase synuclein nitrase
機能・相同性
機能・相同性情報


cadherin binding / mitochondrion / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Glyoxalase domain-containing protein 4 / Glyoxalase domain-containing protein 4, C-terminal / Glyoxalase domain-containing protein 4, N-terminal / Glyoxalasedomain-containing protein 4-like, C-terminal domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glyoxalase domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Griswold-Prenner, I. / Dou, Y. / Jennings, A. / Kayser, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of apo-Glyoxalase domain-containing protein 4 (apo-GLOD4) at 2.33 A resolution.
著者: Griswold-Prenner, I. / Kayser, F.
履歴
登録2024年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Glyoxalase domain-containing protein 4
B: Isoform 2 of Glyoxalase domain-containing protein 4
C: Isoform 2 of Glyoxalase domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,60327
ポリマ－100,0893
非ポリマー1,51424
水8,521473
1
A: Isoform 2 of Glyoxalase domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,93813
ポリマ－33,3631
非ポリマー57512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isoform 2 of Glyoxalase domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,96310
ポリマ－33,3631
非ポリマー6009
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Isoform 2 of Glyoxalase domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7024
ポリマ－33,3631
非ポリマー3393
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.960, 85.960, 135.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Isoform 2 of Glyoxalase domain-containing protein 4


分子量: 33362.844 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLOD4, C17orf25, CGI-150, My027 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HC38

-
非ポリマー , 6種, 497分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.3
詳細: GLOD4 aa2-298 with an N-terminal 8-His tag was expressed in E. coli, purified by IMAC and SEC, and stored in 50 mM HEPES (pH 7.5), 500 mM NaCl, and 5% glycerol at -80 C. His-GLOD4 (18 mg/ml) ...詳細: GLOD4 aa2-298 with an N-terminal 8-His tag was expressed in E. coli, purified by IMAC and SEC, and stored in 50 mM HEPES (pH 7.5), 500 mM NaCl, and 5% glycerol at -80 C. His-GLOD4 (18 mg/ml) was crystallized after Hist-tag removal in 34% PEG 3350, 200 mM MgCl2, and 50 mM HEPES, pH 7.3.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→45.34 Å / Num. obs: 42055 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.169 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 1.253 / Num. unique obs: 4088 / CC1/2: 0.842 / Rpim(I) all: 0.354 / Χ2: 0.96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→45.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 16.068 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.444 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26902 2091 5 %RANDOM
Rwork0.22013 ---
obs0.22267 39964 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.588 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.45 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.45 Å2-0 Å2
3----2.91 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.33→45.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6832 0 64 473 7369
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0137093
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5021.6449570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2381.58815437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1615875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.44123.351376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.357151236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.021536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2851
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028055
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021609
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2734.0143497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2734.0133496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6136.0064373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6126.0074374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1924.2693596
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1914.273597
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5386.3095198
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.245.6667571
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.15145.5027499
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A93660.07
12B93660.07
21A82890.12
22C82890.12
31B83010.11
32C83010.11
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.391 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 157 -
Rwork0.268 2920 -
obs--99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2649-0.1339-0.141.0173-0.41320.44780.0314-0.00240.0407-0.05290.00330.04610.0686-0.0311-0.03460.1224-0.0107-0.0050.07840.00280.033527.478924.9828-51.2925
21.2705-2.06280.55613.5499-1.37871.3852-0.1019-0.01590.28710.22920.0498-0.4453-0.2319-0.06520.05210.18080.0214-0.00060.0609-0.00570.115926.41340.9331-45.9823
30.7614-0.35180.29240.56230.40260.92250.01340.01930.0388-0.10150.0441-0.0352-0.02590.0612-0.05760.1609-0.0386-0.01810.070.01440.048529.582623.3421-57.636
40.1370.0350.03240.1704-0.010.5659-0.017-0.02170.0221-0.10260.04070.01020.1530.1057-0.02370.1760.0220.01240.081-0.01110.015841.855416.637-58.3287
50.83930.3086-0.22320.2107-0.28150.52230.0375-0.05820.05970.0001-0.04160.02980.00260.10090.00410.1241-0.0002-0.00530.0967-0.00780.040842.909928.0294-42.3804
60.1444-0.39790.07841.1041-0.20810.09320.00570.0107-0.0141-0.0058-0.03740.0465-0.01770.04640.03180.1519-0.0124-0.00320.07680.02350.050418.973737.0956-51.8498
70.7688-0.037-0.35660.0231-0.06350.48350.01580.00460.04190.0048-0.0047-0.00550.00310.0233-0.01110.0893-0.00490.00510.1361-0.00420.039717.484715.8181-16.8901
82.6985-0.709-1.21450.30870.09181.02820.04830.2841-0.2077-0.0251-0.02990.0879-0.0463-0.1826-0.01830.07190.01830.02280.1761-0.01850.07612.148616.4181-22.4937
90.16330.02590.0990.45750.08230.53930.0511-0.07840.02420.0028-0.02540.0460.08030.0963-0.02570.07540.00020.00270.1610.0030.02424.15685.101-10.4515
100.44870.1209-0.35490.8815-0.25280.3174-0.0366-0.02560.0041-0.04380.03020.02740.05090.01650.00650.1053-0.0047-0.00780.1331-0.00680.031914.94870.0104-26.2046
111.8538-0.3024-0.53750.0720.10790.39060.0495-0.04160.1637-0.0254-0.0122-0.0056-0.04020.0177-0.03720.0712-0.00690.00770.12320.00270.05075.949123.9916-16.6226
120.5531-0.7908-0.63611.18680.9320.74180.18970.1322-0.1075-0.3139-0.27860.121-0.2619-0.17820.08890.24190.0516-0.03990.1487-0.00020.045752.4393-13.8145-43.7963
130.0176-0.14950.09541.3115-0.97211.29030.02580.0021-0.0162-0.218-0.00730.14040.056-0.0027-0.01860.0757-0.0198-0.01030.0761-0.00420.096953.5899-12.8161-44.2074
140.39020.5379-0.35760.7851-0.0865.9829-0.091-0.041-0.0955-0.1043-0.0206-0.1325-0.0120.13370.11160.08390.06390.03270.06760.00520.047854.4048-0.1339-39.793
152.83290.92120.40555.7717-3.72542.78240.05440.6077-0.17370.72720.04420.0922-0.46890.2015-0.09870.2189-0.00140.13240.1365-0.03440.123656.17643.8137-25.569
161.5432-0.441-0.97961.7756-0.41020.93550.16590.06580.01880.041-0.03440.2566-0.08260.0098-0.13150.19430.1092-0.0010.0872-0.01960.046252.2313-9.1849-25.5868
171.0605-1.4542-2.69522.17064.07297.75240.32560.29340.0647-0.2387-0.3683-0.0543-0.3593-0.73980.04270.31480.08890.08920.1345-0.02020.169549.1675-21.4348-25.2623
181.4874-1.186-2.07024.47911.16652.9557-0.16480.0141-0.14510.0578-0.00540.21560.2487-0.02730.17020.14880.04420.00320.03060.0190.059453.7756-17.0611-27.0204
195.57242.08261.26861.0880.63931.2011-0.2384-0.1216-1.1884-0.32840.2676-0.405-0.764-0.1034-0.02920.5906-0.0425-0.10560.32310.00940.302248.4645-26.4152-51.0551
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2A39 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3A60 - 103
4X-RAY DIFFRACTION4A104 - 188
5X-RAY DIFFRACTION5A189 - 264
6X-RAY DIFFRACTION6A265 - 298
7X-RAY DIFFRACTION7B2 - 38
8X-RAY DIFFRACTION8B39 - 59
9X-RAY DIFFRACTION9B60 - 188
10X-RAY DIFFRACTION10B189 - 264
11X-RAY DIFFRACTION11B265 - 298
12X-RAY DIFFRACTION12C4 - 25
13X-RAY DIFFRACTION13C26 - 102
14X-RAY DIFFRACTION14C103 - 157
15X-RAY DIFFRACTION15C158 - 176
16X-RAY DIFFRACTION16C177 - 220
17X-RAY DIFFRACTION17C221 - 239
18X-RAY DIFFRACTION18C240 - 264
19X-RAY DIFFRACTION19C265 - 293

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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