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- PDB-9csh: Turnip Yellow Mosaic Virus (TYMV) protease (PRO) bound to a ubiqu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9csh
タイトルTurnip Yellow Mosaic Virus (TYMV) protease (PRO) bound to a ubiquitin variant (UbV3)
要素
  • Methyltransferase/Protease/Ubiquitinyl hydrolase
  • Ubiquitin Variant UbV3
キーワードVIRAL PROTEIN / Turnip Yellow Mosaic Virus / TYMV / viral protease / PRO / deubiquitinase / ubiquitin variant / UbV
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA methyltransferase activity / mRNA modification / RNA processing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA-directed RNA polymerase ...mRNA methyltransferase activity / mRNA modification / RNA processing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase C21 / Tymovirus endopeptidase domain / Salyut domain / Tymovirus endopeptidase / Salyut domain / Peptidase family C21 domain profile. / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase ...Peptidase C21 / Tymovirus endopeptidase domain / Salyut domain / Tymovirus endopeptidase / Salyut domain / Peptidase family C21 domain profile. / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural replication polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Turnip yellow mosaic virus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kim, K. / Mark, B.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2020-05682 カナダ
引用
ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2025
タイトル: Suppressing Tymovirus replication in plants using a variant of ubiquitin.
著者: De Silva, A. / Kim, K. / Weiland, J. / Hwang, J. / Chung, J. / Pereira, H.S. / Patel, T.R. / Teyra, J. / Patel, A. / Mira, M.M. / Khajehpour, M. / Bolton, M. / Stasolla, C. / Sidhu, S.S. / Mark, B.L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase/Protease/Ubiquitinyl hydrolase
B: Ubiquitin Variant UbV3
C: Methyltransferase/Protease/Ubiquitinyl hydrolase
D: Ubiquitin Variant UbV3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0004
ポリマ－59,0004
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9720 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area18620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.006, 89.664, 137.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Methyltransferase/Protease/Ubiquitinyl hydrolase / 98 kDa protein / MET/PRO


分子量: 17647.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Turnip yellow mosaic virus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P10358, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ...参照: UniProt: P10358, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質 Ubiquitin Variant UbV3


分子量: 11852.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.5M ammonium sulphate, 100mM Bis-Tris pH 6.5, 100mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2024年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→45.83 Å / Num. obs: 11252 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 36.22 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 1065 / CC1/2: 0.896 / Rpim(I) all: 0.166 / Rrim(I) all: 0.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→35.5 Å / SU ML: 0.3819 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.0628
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2778 1122 9.99 %
Rwork0.2291 10104 -
obs0.2339 11226 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→35.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3448 0 8 0 3456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313533
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57994816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043630
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.20391338
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.930.3691350.3181211X-RAY DIFFRACTION96.7
2.93-3.080.36581370.29831243X-RAY DIFFRACTION99.78
3.08-3.280.34781390.27271241X-RAY DIFFRACTION99.78
3.28-3.530.31251380.26741250X-RAY DIFFRACTION99.93
3.53-3.880.29281410.23881266X-RAY DIFFRACTION99.93
3.88-4.440.24051420.19231274X-RAY DIFFRACTION99.93
4.44-5.590.21471420.1771279X-RAY DIFFRACTION100
5.6-35.50.22541480.1941340X-RAY DIFFRACTION99.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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