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万見
- PDB-9cse: Crystal structure of Repeats-in-Toxin-like domain from Aeromonas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cse
タイトルCrystal structure of Repeats-in-Toxin-like domain from Aeromonas hydrophila
要素Large adhesion protein
キーワードCELL ADHESION / RTX proteins / Adhesin / Gram-negative bacteria / Putative ligand-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
VCBS repeat / Type I secretion C-terminal target domain, VC_A0849 subclass / RapA2, cadherin-like domain / Bacterial cadherin-like domain / Bacterial Ig-like domain 13 / : / Bacterial Ig-like domain / Bacterial Ig domain / CalX-like domain superfamily / Hemolysin-type calcium-binding conserved site ...VCBS repeat / Type I secretion C-terminal target domain, VC_A0849 subclass / RapA2, cadherin-like domain / Bacterial cadherin-like domain / Bacterial Ig-like domain 13 / : / Bacterial Ig-like domain / Bacterial Ig domain / CalX-like domain superfamily / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellin hook IN motif family
類似検索 - 構成要素
生物種Aeromonas hydrophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ye, Q. / Vance, T.D.R. / Davies, P.L.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FRN 148422 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2016-04810 カナダ
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Aeromonas hydrophila RTX adhesin has three ligand-binding domains that give the bacterium the potential to adhere to and aggregate a wide variety of cell types.
著者: Ye, Q. / Eves, R. / Vance, T.D.R. / Hansen, T. / Sage, A.P. / Petkovic, A. / Bradley, B. / Escobedo, C. / Graham, L.A. / Allingham, J.S. / Davies, P.L.
履歴
登録2024年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large adhesion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,13315
ポリマ－36,4621
非ポリマー67114
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.603, 103.327, 95.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Large adhesion protein / LAP


分子量: 36461.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア)
遺伝子: AHA_3491 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0KNW4
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.51 % / 解説: Thin plate
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 8000, MES, Acetate calcium

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.53484 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月14日
放射モノクロメーター: Axilon double crystal/multi-layer monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.53484 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 24829 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 28.365 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 1.657 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1739 / CC1/2: 0.73 / Rpim(I) all: 0.675 / Χ2: 0.87 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→48.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.737 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2575 1197 4.8 %RANDOM
Rwork0.20322 ---
obs0.20587 23607 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.498 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.88 Å2-0 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→48.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2100 0 29 226 2355
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0132145
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5961.6352906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3761.5784476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9125290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.91425.32692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.79815321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.349155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02415
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2563.5561163
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2513.5511162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.675.3191451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6685.3251452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7193.811982
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7173.813983
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.475.5871455
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.23544.4012372
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.17344.0352327
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 78 -
Rwork0.287 1721 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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