PDB-9cs5: E. Coli AMTB with bound Xe ions

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cs5

タイトル

E. Coli AMTB with bound Xe ions

要素

Ammonium transporter AmtB

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Transport / channel / ammonia

機能・相同性

機能・相同性情報

ammonium transmembrane transport / ammonium channel activity / carbon dioxide transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Vahedi-Faridi, A. / Kowatz, T. / Lodowski, D.T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: E. Coli AMTB with bound Xe ions
著者: Vahedi-Faridi, A. / Kowatz, T. / Lodowski, D.T.

履歴

登録	2024年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cs5.cif.gz	265.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cs5.ent.gz	180.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cs5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cs5_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cs5_full_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示
XML形式データ	9cs5_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	9cs5_validation.cif.gz	26.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/9cs5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/9cs5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ammonium transporter AmtB

ヘテロ分子

48.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ammonium transporter AmtB

ヘテロ分子

A: Ammonium transporter AmtB

ヘテロ分子

A: Ammonium transporter AmtB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.343, 110.343, 84.457
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-507- XE
2	1	A-509- XE
3	1	A-510- XE

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ammonium transporter AmtB / Ammonia channel AmtB / Ammonium channel AmtB 分子量: 46666.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: amtB, ybaG, b0451, JW0441 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P69681

-
非ポリマー , 7種, 161分子

#2: 化合物	ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE 分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID 分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-XE / XENON 分子量: 131.293 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-NH2 / AMINO GROUP 分子量: 16.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M Na-acetate, pH 4.6, 0.2 M MgSO4 and 23% PEG400 PH範囲: 4.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.000 , 1.4865

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月15日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.4865	1

反射

解像度: 2.13→95.56 Å / Num. obs: 32967 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 40.76 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 18.5

反射シェル

解像度: 2.13→2.19 Å / 冗長度: 9.7 % / Num. unique obs: 2563 / CC_1/2: 0.679 / R_pim(I) all: 0.562 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_5246	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.13→24.26 Å / SU ML: 0.2246 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.9449
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1742	3333	5.19 %
R_work	0.1519	60876	-
obs	0.1531	64209	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→24.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2707	0	48	144	2899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0064	2855
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6976	3896
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0438	463
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	477
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2425	937

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.13-2.16	0.2893	124	0.2941	2379	X-RAY DIFFRACTION	93.47
2.16-2.19	0.3098	140	0.2665	2511	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.19-2.22	0.257	160	0.2512	2522	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.22-2.26	0.2533	146	0.2494	2526	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.26-2.3	0.2688	118	0.2317	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.3-2.34	0.2806	116	0.223	2536	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.34-2.39	0.2173	150	0.1961	2525	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.39-2.43	0.2215	166	0.1748	2504	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.43-2.49	0.1952	160	0.1631	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.49-2.55	0.1968	176	0.157	2469	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.55-2.61	0.1942	156	0.1551	2541	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.61-2.68	0.1638	149	0.1301	2541	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.68-2.76	0.1591	150	0.1329	2546	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.76-2.85	0.1518	122	0.1306	2558	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.85-2.95	0.1931	118	0.1267	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.95-3.07	0.1306	136	0.1113	2551	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.07-3.21	0.1365	161	0.1415	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.37	0.1402	146	0.1365	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.58	0.1567	140	0.1238	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.86	0.1432	103	0.1254	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.86-4.25	0.1528	137	0.1542	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.59
4.25-4.86	0.1364	84	0.1344	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
4.86-6.1	0.1976	161	0.1575	2547	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.1-24.26	0.187	114	0.1631	2549	X-RAY DIFFRACTION	99.18

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.92458553186	-0.247343910547	0.00270787500696	2.50960522703	-0.209422927905	0.287890986117	0.0629566020571	0.0327506622115	0.0902639737901	-0.121761063945	0.137605775445	0.251249988314	-0.335836999365	-0.303818834777	0.00204658300676	0.343456537014	0.020718033938	0.00883169949522	0.341884616069	0.0304607221237	0.372295548103	-9.56905657785	72.0367839257	27.2769301916
2	2.55454114124	0.131950869583	0.298449932491	1.93792173742	-0.190685728851	1.80114222519	0.125389278503	-0.0432513360695	0.21831690789	-0.0468161361708	0.0274164609327	0.372549737726	-0.184025991373	-0.640802212328	8.07689789358E-5	0.406649426065	0.108984206736	0.0708872598617	0.49373315434	0.0663631417045	0.46829615817	-20.3773219816	75.4818004204	32.595970329
3	1.57449648022	-0.0608135640136	-0.359693950072	1.72796870835	0.312108746821	1.31023602847	0.068517864961	0.124255233308	-0.081437136574	0.0153229255974	0.0492094969799	0.179340934094	0.172369623663	-0.43895430485	-5.94362705825E-5	0.298714938837	-0.0786229676422	-0.0389797979246	0.408770097139	0.0532198250355	0.367375713508	-16.3386703249	53.8805281772	26.7777689708
4	2.59700440742	-0.521217124478	-0.0270817337786	3.01870795621	1.21110888777	0.499707172686	0.183945111711	0.153041371443	0.0180548128739	-0.171529976714	-0.082279663687	0.126939988266	0.299708965303	-0.491908296783	0.00124321894773	0.352467987822	-0.0793711837821	-0.0206583937337	0.635902066822	0.0813244547017	0.564249559794	-27.2315842011	56.9143358371	31.9014784268
5	1.99153124304	0.664157348134	0.282144110602	2.86921331174	0.0419153575996	1.61120163428	0.0644161539227	0.296335564385	0.275634342339	-0.480161008325	0.0944784307084	0.440425023101	-0.153350227774	-0.807208124819	0.0385371186643	0.305240028587	0.175862609887	-0.0140271608741	0.706359096023	0.0974382218043	0.447980602522	-30.8185286271	73.3777221581	24.9531526804

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 61 )	1 - 61	1 - 61
2	2	chain 'A' and (resid 62 through 197 )	62 - 197	62 - 187
3	3	chain 'A' and (resid 198 through 301 )	198 - 301	188 - 291
4	4	chain 'A' and (resid 302 through 347 )	302 - 347	292 - 332
5	5	chain 'A' and (resid 348 through 387 )	348 - 387	333 - 372

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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