PDB-9crz: Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus R655

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9crz

タイトル

Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus R655

要素

Putative glycosyltransferase R655

キーワード

VIRAL PROTEIN / R655

機能・相同性

Glycosyl transferase, family 25 / Glycosyltransferase family 25 (LPS biosynthesis protein) / 転移酵素 / : / glycosyltransferase activity / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Putative glycosyltransferase R655

機能・相同性情報

生物種

Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Morin, K.H. / Buhlheller, C. / Kim, J.S. / Richards, S.J. / Guo, H.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus R655
著者: Kim, J.S. / Buhlheller, C. / Morin, K.H. / Gilliam, M.E. / Zhang, B. / Richards, S.J. / Miller, T.M. / Guo, H.

履歴

登録	2024年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9crz.cif.gz	159.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9crz.ent.gz	117.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9crz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9crz_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9crz_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9crz_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	9crz_validation.cif.gz	45 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/9crz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/9crz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative glycosyltransferase R655

B: Putative glycosyltransferase R655

ヘテロ分子

80.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.634, 96.213, 133.454
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 3 - 324 / Label seq-ID: 25 - 346

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Putative glycosyltransferase R655 分子量: 39882.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス) 遺伝子: MIMI_R655 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5UQ62, 転移酵素
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: R655 IMAC elution fractions were digested with PreScission, and the His6 tag was removed by subtraction IMAC. Subtraction IMAC elution fractions were combined and concentrated for crystal ...詳細: R655 IMAC elution fractions were digested with PreScission, and the His6 tag was removed by subtraction IMAC. Subtraction IMAC elution fractions were combined and concentrated for crystal trials. Single crystals were obtained through hanging drop vapor diffusion with the Mosquito liquid handling robot (TTPLabtech), utilizing a 200-nL drop with 1:1 mixture of protein solution and mother liquor at 277K. The protein solution has R655 (30 mg/mL) supplemented with 2 mM manganese(II) chloride and 2 mM UDP glucose. The mother liquor has 0.2 M magnesium formate, 20% (w/v) PEG 3350. To harvest the crystals, the crystals were soaked in a 1:1 mixture of 50% glycerol and mother liquor for 2 minutes and cooled in liquid nitrogen.

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.59 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: R655 IMAC elution fractions were digested with PreScission, and the His6 tag was removed by subtraction IMAC. Subtraction IMAC elution fractions were combined and concentrated for crystal ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→78.17 Å / Num. obs: 46085 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.946 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3706 / CC_1/2: 0.706 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DIALS	3.8.0	データ収集
xia2	3.8.0	データ削減
Aimless	0.7.8	データスケーリング
PHENIX	1.20.1	位相決定
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.8.92	モデル構築
REFMAC	5.8.0425	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→78.167 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 5.896 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2518	2234	4.857 %
R_work	0.2096	43766	-
all	0.212	-	-
obs	-	46000	99.198 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.652 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.623 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.289 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.667 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→78.167 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5114	0	52	451	5617

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	5316
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.023	1.821	7206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.032	5	624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.085	5	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.739	10	922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.651	10	266
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4026
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	2428
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	3643
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	487
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.181	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.588	2.997	2505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.388	5.372	3126
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.281	3.191	2811
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.539	5.792	4080
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.105	37.592	8430
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.087	0.05	10553

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08704	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08704	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.154	0.273	166	0.264	3164	0.264	3369	0.937	0.945	98.8424	0.252
2.154-2.213	0.309	137	0.245	3140	0.247	3285	0.92	0.953	99.7565	0.23
2.213-2.278	0.311	154	0.254	3042	0.257	3212	0.931	0.952	99.5019	0.237
2.278-2.348	0.328	164	0.24	2949	0.244	3127	0.938	0.959	99.5523	0.224
2.348-2.425	0.285	140	0.243	2890	0.244	3034	0.946	0.959	99.8682	0.225
2.425-2.51	0.273	162	0.232	2720	0.235	2897	0.952	0.963	99.4822	0.215
2.51-2.604	0.306	132	0.239	2668	0.242	2830	0.941	0.962	98.9399	0.222
2.604-2.71	0.271	134	0.213	2586	0.216	2722	0.963	0.97	99.9265	0.196
2.71-2.831	0.275	132	0.214	2488	0.218	2629	0.951	0.971	99.6577	0.201
2.831-2.969	0.264	106	0.208	2403	0.21	2511	0.948	0.971	99.9203	0.194
2.969-3.129	0.303	112	0.22	2258	0.224	2371	0.944	0.968	99.9578	0.206
3.129-3.318	0.236	130	0.219	2146	0.22	2288	0.965	0.972	99.4755	0.212
3.318-3.547	0.198	104	0.205	2039	0.205	2158	0.977	0.978	99.3049	0.201
3.547-3.831	0.245	86	0.196	1855	0.198	1986	0.964	0.979	97.7341	0.195
3.831-4.195	0.228	88	0.177	1754	0.18	1854	0.967	0.981	99.3528	0.175
4.195-4.689	0.194	79	0.156	1581	0.158	1676	0.976	0.985	99.0453	0.156
4.689-5.411	0.186	63	0.162	1416	0.163	1496	0.978	0.981	98.8636	0.161
5.411-6.619	0.275	70	0.213	1184	0.216	1288	0.97	0.976	97.3602	0.21
6.619-9.327	0.265	44	0.214	931	0.216	1013	0.976	0.975	96.2488	0.217
9.327-78.167	0.215	31	0.253	553	0.251	618	0.924	0.933	94.4984	0.245

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関連情報:EMDBヘッダ

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