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- PDB-9crn: Crystal structure of Streptococcus pyogenes TglA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9crn
タイトルCrystal structure of Streptococcus pyogenes TglA
要素Transglutaminase-like domain-containing protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION
機能・相同性: / Transglutaminase-like superfamily / Transglutaminase/protease-like homologues / Transglutaminase-like / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / cytoplasm / Transglutaminase-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pyogenes serotype M49 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Campbell, I.R. / Neiditch, M.B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Streptococcus pyogenes TglA
著者: Campbell, I.R. / Neiditch, M.B.
履歴
登録2024年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transglutaminase-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9964
ポリマ－43,7881
非ポリマー2073
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.272, 88.334, 94.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Transglutaminase-like domain-containing protein


分子量: 43788.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M49 (strain NZ131) (化膿レンサ球菌)
株: NZ131 / 遺伝子: Spy49_0186c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3BXA0
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bis-Tris (pH 6.5), 200 mM sodium chloride, 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 31441 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 26.92 Å2 / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 10.58
反射 シェル解像度: 1.96→1.99 Å / Num. unique obs: 1508 / CC1/2: 0.426

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→45.02 Å / SU ML: 0.183 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.7558
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 2000 6.4 %
Rwork0.1889 29253 -
obs0.1906 31253 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→45.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2960 0 13 213 3186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043045
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67554136
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.71751093
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96-2.010.29151330.26611961X-RAY DIFFRACTION95.1
2.01-2.060.3131300.24582067X-RAY DIFFRACTION99.05
2.06-2.120.28881450.22632050X-RAY DIFFRACTION99.1
2.12-2.190.24571440.21572059X-RAY DIFFRACTION99.1
2.19-2.270.24991470.20332054X-RAY DIFFRACTION99.37
2.27-2.360.24121430.19262061X-RAY DIFFRACTION99.15
2.36-2.470.21871400.18662085X-RAY DIFFRACTION99.64
2.47-2.60.22461410.19342076X-RAY DIFFRACTION99.6
2.6-2.760.2331420.19542111X-RAY DIFFRACTION99.73
2.76-2.970.21581470.19412084X-RAY DIFFRACTION99.51
2.97-3.270.20591430.18712107X-RAY DIFFRACTION99.78
3.27-3.740.19671480.1782137X-RAY DIFFRACTION99.74
3.74-4.710.17881450.15262142X-RAY DIFFRACTION99.52
4.72-45.020.18871520.18992259X-RAY DIFFRACTION99.42
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.28335768507-4.813544157682.839180389026.516644733241.041381039287.67478865529-0.223093100966-0.3846313460760.218521366310.3177854545420.354415568936-0.258232142943-0.3704872349550.293302168442-0.1346094074660.1489068575090.01142915500980.006400822848090.216363703096-0.05322489677120.216683143784-33.976112199916.472725649810.8115896491
22.891255757470.8765099316910.3713664001594.10373356570.5758054768584.11265784412-0.00196865177848-0.156647213742-0.02541717259090.278358576538-0.01697337851260.09820449843170.153113108305-0.1452352066460.0142708919630.1697889571210.02067871565390.02023754787310.201239773008-0.002965643683360.209467799547-31.21329840336.53752475514.57605315771
34.348014150153.12254854001-3.419955544798.46328946392-4.90770732738.18332268335-0.203179177714-0.230614136285-0.5648508684270.1267969613350.0576837904054-0.3268960719170.4180796633280.09744613936170.1764109703540.1826090705930.03479988303910.007723928251210.2607585370480.01972179767350.291614628526-22.90830806332.741537083315.89663079498
41.027456434482.24792262324-1.528952638446.2574802976-4.497401718573.987605670130.0548398667583-0.0876310831682-0.1631425108640.265943458407-0.156702438154-0.432077227789-0.1843886381710.2821396244470.09951203722990.1999448842230.0102718418546-0.01546928146970.242185112212-0.06323296667220.243038677397-17.314027152214.38186118553.17150222269
56.30890121269-2.653098499610.9203312221735.11726070701-0.1797140017514.106691849770.09237103920440.406208724369-0.169076929267-0.046312848324-0.122909869051-0.1711727718020.1568652939370.2151724786550.04292599736170.167585705667-0.0509400027383-0.00244620490350.186415369684-0.01163464839180.158689371767-18.10078523915.7106112895-16.4811208196
61.3219762129-0.3828634406710.6079248098542.991157114811.008211236212.234240537380.0411343698434-0.00987078879459-0.2263872164940.0343091687712-0.01628559310610.02848742594160.1974158625730.0624007643307-0.02014833585870.181080944619-0.01263952945240.01602487419150.1892019837080.01292742823970.215401532204-21.97751881258.7967744649-13.9668902245
77.46299103975-3.50983883126-0.8607641020764.333656667461.436430623925.187844169930.05299866302750.1462863669910.282994883023-0.1428277957540.0983172646491-0.326697704030.1095133421760.29724796522-0.1605955893980.173622736445-0.031838973571-0.02373389579910.1494230850520.008998346378390.214365947586-22.503822488511.0919068467-23.4839883973
80.637315472730.372535611816-0.8365713547072.13862138575-2.261110284584.39795069805-0.02301192404360.0763065634681-0.0326347434508-0.2097808648360.05543723822910.1151429270610.265488676827-0.131761363889-0.07688722932640.167955481424-0.0333278787457-0.03062901400260.188312906551-0.03993221769930.248154843693-31.44432936325.74305335063-21.2640484243
95.461672845332.6509081283-2.527713177798.68994258926-6.319239809825.86617018003-0.009640991312880.2100669028450.00638100791260.03525122132-0.115507209245-0.425883739555-0.0828079810228-0.004894879840190.06050044119030.202627394222-0.00213900227679-0.02312291004410.23424950596-0.01225422516310.177417216138-26.280759599812.7487707206-42.1497030761
104.301044021530.805659849953-3.606190095863.83922860076-3.720761517988.425751924430.1244241142970.3702463300470.139208006317-0.474977797209-0.199371923252-0.4562780322070.03368723133180.2267318032520.06813236110610.314210788790.01938649181930.08087094936980.2467525616230.0003689603002760.28370478873-17.94126209612.1812895754-45.9112423147
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: B

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 32 through 48 )32 - 482 - 18
22chain 'A' and (resid 49 through 99 )49 - 9919 - 69
33chain 'A' and (resid 100 through 118 )100 - 11870 - 88
44chain 'A' and (resid 119 through 146 )119 - 14689 - 116
55chain 'A' and (resid 147 through 191 )147 - 191117 - 152
66chain 'A' and (resid 192 through 246 )192 - 246153 - 207
77chain 'A' and (resid 247 through 275 )247 - 275208 - 231
88chain 'A' and (resid 276 through 332 )276 - 332232 - 288
99chain 'A' and (resid 333 through 368 )333 - 368289 - 324
1010chain 'A' and (resid 369 through 406 )369 - 406325 - 362

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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