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- PDB-9cr9: Crystal structure of MA6 Fab in complex with PfCSP repeat region ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cr9
タイトルCrystal structure of MA6 Fab in complex with PfCSP repeat region peptide NPNA3
要素
  • Circumsporozoite protein (NPNA)3 repeat region peptide
  • MA6 Fab heavy chain
  • MA6 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / circumsporozoite protein / PfCSP / CSP / protective / neutralizing / antibody / Fab
機能・相同性: / side of membrane / plasma membrane / cytoplasm / Circumsporozoite protein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rush, S.A. / McLellan, J.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2025
タイトル: Repertoire, function, and structure of serological antibodies induced by the R21/Matrix-M malaria vaccine.
著者: McDaniel, J.R. / Voss, W.N. / Bowyer, G. / Rush, S.A. / Spencer, A.J. / Bellamy, D. / Ulaszewska, M. / Goike, J. / Gregory, S. / King, C.R. / McLellan, J.S. / Hill, A.V.S. / Georgiou, G. / ...著者: McDaniel, J.R. / Voss, W.N. / Bowyer, G. / Rush, S.A. / Spencer, A.J. / Bellamy, D. / Ulaszewska, M. / Goike, J. / Gregory, S. / King, C.R. / McLellan, J.S. / Hill, A.V.S. / Georgiou, G. / Ewer, K.J. / Ippolito, G.C.
履歴
登録2024年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MA6 Fab heavy chain
B: MA6 Fab light chain
C: Circumsporozoite protein (NPNA)3 repeat region peptide
H: MA6 Fab heavy chain
L: MA6 Fab light chain
P: Circumsporozoite protein (NPNA)3 repeat region peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4686
ポリマ－99,4686
非ポリマー00
水20,9331162
1
A: MA6 Fab heavy chain
B: MA6 Fab light chain
C: Circumsporozoite protein (NPNA)3 repeat region peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7343
ポリマ－49,7343
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
2
H: MA6 Fab heavy chain
L: MA6 Fab light chain
P: Circumsporozoite protein (NPNA)3 repeat region peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7343
ポリマ－49,7343
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.600, 61.050, 152.999
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 MA6 Fab heavy chain


分子量: 25141.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 MA6 Fab light chain


分子量: 23385.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Circumsporozoite protein (NPNA)3 repeat region peptide / CS


分子量: 1207.210 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 134-145 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P05691
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 27% PEG3350, 3% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.72 Å / Num. obs: 74608 / % possible obs: 93.33 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 17.05 Å2 / CC1/2: 0.941 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.1089 / Net I/σ(I): 5.93
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / Rmerge(I) obs: 0.4335 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique obs: 7426 / CC1/2: 0.626 / Rpim(I) all: 0.4335 / Rrim(I) all: 0.613 / % possible all: 93.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→47.72 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2151 3706 4.97 %
Rwork0.1853 --
obs0.1868 74521 93.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6652 0 0 1162 7814
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086812
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9649273
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7842409
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641035
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061186
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.820.3181450.29452683X-RAY DIFFRACTION94
1.82-1.850.29391350.27112666X-RAY DIFFRACTION92
1.85-1.880.31411290.25672726X-RAY DIFFRACTION93
1.88-1.90.23981100.25052710X-RAY DIFFRACTION93
1.9-1.930.27491520.24422493X-RAY DIFFRACTION86
1.93-1.960.32081240.22782639X-RAY DIFFRACTION91
1.96-20.23391770.21332698X-RAY DIFFRACTION95
2-2.030.25771420.22012854X-RAY DIFFRACTION96
2.03-2.070.23791580.22672692X-RAY DIFFRACTION95
2.07-2.120.25121270.2112767X-RAY DIFFRACTION94
2.12-2.160.25731330.19612710X-RAY DIFFRACTION94
2.16-2.210.23611640.2012670X-RAY DIFFRACTION92
2.21-2.270.26311320.2062634X-RAY DIFFRACTION91
2.27-2.330.26311060.20842567X-RAY DIFFRACTION85
2.33-2.40.22211420.19732595X-RAY DIFFRACTION91
2.4-2.480.25321450.20182770X-RAY DIFFRACTION95
2.48-2.560.22491560.20272776X-RAY DIFFRACTION95
2.56-2.670.2361400.19432789X-RAY DIFFRACTION95
2.67-2.790.2571400.19282718X-RAY DIFFRACTION94
2.79-2.930.21481480.18232778X-RAY DIFFRACTION94
2.93-3.120.19551300.17512629X-RAY DIFFRACTION91
3.12-3.360.20171560.16782924X-RAY DIFFRACTION99
3.36-3.70.16171940.15462817X-RAY DIFFRACTION98
3.7-4.230.16911360.14472799X-RAY DIFFRACTION94
4.23-5.330.1671340.12742804X-RAY DIFFRACTION94
5.33-47.720.16541510.16662907X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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