PDB-9cr6: Crystal structure of histidine racemase (HisR) of Fusobacterium n...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cr6

タイトル

Crystal structure of histidine racemase (HisR) of Fusobacterium nucleatum (C209S)

要素

Histidine racemase

キーワード

ISOMERASE / D-Histidine / racemase / stereochemistry / cofactor-independent / lanthionine / Fusobacterium nucleatum / staphylopine / CntK / Staphylococcus aureus

機能・相同性

histidine racemase / PHOSPHATE ION / Histidine racemase

機能・相同性情報

生物種

Fusobacterium nucleatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Chen, P. / Lamer, T. / Vederas, J.C. / Lemieux, M.J.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery, characterization, and structure of a cofactor-independent histidine racemase from the oral pathogen Fusobacterium nucleatum.
著者: Lamer, T. / Chen, P. / Venter, M.J. / van Belkum, M.J. / Wijewardane, A. / Wu, C. / Lemieux, M.J. / Vederas, J.C.

履歴

登録	2024年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cr6.cif.gz	586.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cr6.ent.gz	498.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cr6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cr6_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cr6_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9cr6_validation.xml.gz	43.9 KB	表示
CIF形式データ	9cr6_validation.cif.gz	54 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/9cr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/9cr6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9cr1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histidine racemase

B: Histidine racemase

C: Histidine racemase

D: Histidine racemase

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histidine racemase

B: Histidine racemase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
62.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Histidine racemase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Histidine racemase

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.845, 89.119, 100.331
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.91, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Histidine racemase 分子量: 31087.467 Da / 分子数: 4 / 変異: C209S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum (バクテリア) 遺伝子: FN1732 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RI81
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M Phosphate/citrate pH 4.2, 40% v/v Ethanol, 5% w/v PEG 1000 PH範囲: 4.0-5.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.49→35.86 Å / Num. obs: 43369 / % possible obs: 97.86 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 5.28

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.5-2.65	0.316	5042	0.892	0.448	1
2.65-2.84	0.249	4749	0.908	0.352	1
2.84-3.06	0.182	4057	0.947	0.257	1
3.06-3.35	0.084	3923	0.985	0.119	1
3.35-3.74	0.06	3624	0.989	0.084	1
3.74-4.32	0.047	3029	0.992	0.066	1
4.32-5.27	0.044	2334	0.989	0.062	1
5.27-7.39	0.041	1617	0.993	0.058	1
7.39-35.76	0.034	953	0.992	0.048	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.49→35.86 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3132	2176	5.02 %
R_work	0.261	-	-
obs	0.2636	43369	97.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→35.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8223	0	15	22	8260

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8381
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.526	11258
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.815	3140
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1221
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1442

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.49-2.54	0.4799	124	0.413	2389	X-RAY DIFFRACTION	91
2.54-2.6	0.4326	137	0.3939	2600	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6-2.67	0.3979	141	0.3781	2568	X-RAY DIFFRACTION	99
2.67-2.74	0.3765	162	0.3721	2579	X-RAY DIFFRACTION	99
2.74-2.82	0.3813	147	0.3518	2580	X-RAY DIFFRACTION	99
2.82-2.91	0.4289	130	0.3427	2574	X-RAY DIFFRACTION	99
2.91-3.01	0.3895	141	0.3247	2506	X-RAY DIFFRACTION	96
3.01-3.13	0.3683	121	0.298	2513	X-RAY DIFFRACTION	95
3.13-3.28	0.3124	143	0.2815	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
3.28-3.45	0.3401	133	0.2697	2600	X-RAY DIFFRACTION	99
3.45-3.66	0.3269	130	0.2485	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
3.66-3.95	0.2684	128	0.2546	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
3.95-4.34	0.2441	135	0.2249	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
4.34-4.97	0.2885	153	0.1981	2585	X-RAY DIFFRACTION	99
4.97-6.26	0.2457	118	0.243	2543	X-RAY DIFFRACTION	95
6.26-35.86	0.2964	133	0.2208	2669	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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