PDB-9cr5: Crystal structure of GNAT superfamily acetyltransferase PA2271 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cr5

タイトル

Crystal structure of GNAT superfamily acetyltransferase PA2271 from Pseudomonas aeruginosa

要素

Acetyltransferase PA2271

キーワード

TRANSFERASE / GNAT / acetyltransferase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Acyl-CoA N-acyltransferase / ACETYL COENZYME *A / Acetyltransferase PA2271

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Majorek, K.A. / Cooper, D.R. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025
タイトル: Structural, functional, and regulatory evaluation of a cysteine post-translationally modified Gcn5-related N-acetyltransferase.
著者: Uychoco, P. / Majorek, K.A. / Ives, A.N. / Le, V.T.B. / Caro De Silva, P.L. / Paurus, V.L. / Attah, I.K. / Lipton, M.S. / Minor, W. / Kuhn, M.L.

履歴

登録	2024年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cr5.cif.gz	194.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cr5.ent.gz	137.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cr5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/9cr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/9cr5	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Acetyltransferase PA2271

B: Acetyltransferase PA2271

ヘテロ分子

40.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Acetyltransferase PA2271

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Acetyltransferase PA2271

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	128.407, 131.110, 44.721
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-202- NA
2	1	A-459- HOH
3	1	B-485- HOH
4	1	B-505- HOH

#1: タンパク質	Acetyltransferase PA2271 / GCN5-related N-acetyltransferase / GNAT 分子量: 19566.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA2271 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9I1K2, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S / タイプ*: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M calcium chloride, 100 mM Tris pH 8.0, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月3日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射	モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→50 Å / Num. obs: 53569 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.5 % / B_iso Wilson estimate: 26.29 Å² / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.122 / Χ²: 1.091 / Net I/av σ(I): 12.55 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique obs: 2666 / CC_1/2: 0.738 / CC star: 0.922 / R_pim(I) all: 0.349 / R_rim(I) all: 0.956 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.56→25.24 Å / SU ML: 0.1809 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.0405
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2015	2727	5.09 %
R_work	0.1668	50816	-
obs	0.1685	53543	98.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→25.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2709	0	109	497	3315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0091	3038
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0889	4152
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0628	435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	550
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.6569	1140

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.56-1.59	0.2658	122	0.2452	2191	X-RAY DIFFRACTION	81.79
1.59-1.62	0.2793	148	0.2314	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.62-1.65	0.2498	130	0.2187	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.65-1.69	0.2819	163	0.2083	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.69-1.73	0.2314	140	0.2042	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.77	0.2333	148	0.2049	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.77-1.82	0.2596	140	0.1923	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.87	0.2149	159	0.1883	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.87-1.93	0.2707	131	0.1865	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.93-2	0.2498	145	0.1876	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2-2.08	0.2181	146	0.1843	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.18	0.2074	150	0.177	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.29	0.204	137	0.1668	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.44	0.2089	164	0.1701	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.62	0.1838	150	0.1706	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.62-2.89	0.1851	130	0.1708	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.89-3.3	0.183	126	0.1666	2777	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.3-4.16	0.2098	140	0.1439	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.76
4.16-25.24	0.1691	158	0.1514	2870	X-RAY DIFFRACTION	99.51

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.98954072882	-5.34892091686	2.31022880936	5.39067296139	-1.01393335017	6.57867957504	-0.377978381172	0.570153548474	0.684587203498	-1.67444154189	0.210544947881	-0.343283472458	-0.956184300581	0.561374001453	0.11909120668	0.484078661558	-0.052762605364	0.0363531556601	0.321757923618	0.0478018162207	0.206314989445	-38.4292950302	20.2205912906	-20.1937106294
2	7.19739511014	1.88501742185	4.77892578035	4.38460495696	2.24408000017	3.41655817487	0.159918224269	0.246341958921	-0.142151416015	-0.285292991561	0.0952186348287	-0.145878851728	0.066380915844	0.262275940998	-0.216791838309	0.168150298691	0.0189814665994	0.0212529191197	0.158011536388	0.030248862657	0.150162962324	-32.9301545201	8.86724088361	-9.5085058677
3	2.89728266446	-0.636599707625	2.58122911339	3.84854738513	-2.33484110102	3.07277042483	0.450367030032	-0.545238524405	-0.230919189315	0.384596084901	-0.204022392411	-0.272353783879	0.794568950476	-0.447591798976	-0.126412265598	0.238289135082	-0.0839860834562	-0.0302540940913	0.328253012921	0.0552746316881	0.152596672272	-33.2543639912	6.04440134694	2.44752376207
4	3.14860756434	-1.26586157261	-2.90985033172	4.6162731957	-0.0634530649533	3.08791971606	-0.250819886192	0.289164119418	-0.617050071235	-0.599552977451	-0.112165047344	0.805125196894	0.551811008711	-0.606679286178	0.404889115507	0.410219508287	-0.00758859762152	-0.0715153753305	0.267317230444	-0.0275943384968	0.291978597981	-46.5141096271	3.95016878921	-16.8956782212
5	8.57935147491	3.42256832799	0.0254879816009	8.3887819149	-0.299567997889	4.31621672359	-0.136523914901	0.725017304919	0.172948521078	-1.19771478992	0.0976827386387	-0.276202295522	-0.0969646545036	0.383681379199	0.0498452126875	0.437009665838	0.0082509106562	-0.0102063974763	0.291560292329	0.0567565976033	0.153516479123	-38.0295995978	16.7196841238	-18.8512034736
6	9.04158189853	0.212103565662	1.1029935512	3.60892108628	0.0489986642408	1.07760117865	-0.0717262599298	0.00272869105813	0.319395882798	-0.204912011709	-0.00817628594064	0.319060246854	-0.0907081034006	-0.0390266033163	0.082359103085	0.189967705648	0.00132486779863	-0.0422076428916	0.164894042041	0.0108418393818	0.136169519637	-44.6018198213	17.5702356635	-10.0255798904
7	8.97269920066	-1.62452179253	5.91232064345	3.21522184281	-1.31906562683	6.38739723802	-0.0664522381225	-0.181231568045	0.255182783033	0.0583033040398	-0.0244126836323	0.449594903107	-0.090720161909	-0.23194336204	0.126805058379	0.133478158184	0.0118023134485	0.00788191007529	0.16402434295	0.00883592008303	0.213545517873	-48.0738169556	15.8779925635	-0.655044897089
8	6.36999646436	5.41950027716	-2.06474522118	8.87431764372	-3.0639770268	6.54821045955	-0.0889280507578	-0.0442269925774	0.424628671596	0.809825263793	0.206022591315	0.722439096386	-0.0881036843533	0.0314930869142	-0.133644605078	0.276962733465	0.0443329662283	0.0481492808212	0.211777096498	0.00290926838759	0.28181936461	-48.595164752	20.5154066907	3.32409763605
9	3.35769549514	-1.57581862984	0.704122984616	6.60723514433	-0.906340048484	2.20667847334	-0.12772539878	-0.149724881028	-0.136013247731	0.598022124575	0.174491240206	0.741761510243	-0.0106723707768	-0.201901686059	-0.0508922294499	0.244952761531	0.00501460727073	0.0739326204988	0.246130218228	0.0262734813351	0.274682873807	-51.050653015	8.60939546755	4.38483653491
10	4.30357406656	0.493729559043	0.894799370914	5.48832962991	3.17910821114	8.09666160929	0.00848382892709	0.468268277836	0.156663420391	-0.493879907415	0.144721292669	0.0872708466381	-0.0981357922433	0.0990558241909	-0.186056150223	0.225425416017	8.75925892789E-5	0.000451708284809	0.217613577799	0.0521585632095	0.180125823097	-14.3517151906	28.4447698165	-3.6609268995
11	4.89076197528	-5.30042221029	-5.89367963353	5.77761956543	6.47315451061	7.28628419837	0.0765753001013	-0.095638512622	0.717932413625	0.340850649795	0.148296074625	-0.703373289249	0.192535361409	0.186926166687	-0.249738859363	0.261200507598	-0.00923811317861	-0.0187037744478	0.237461003959	-0.0322164728601	0.316105111147	-9.70168148403	34.1542101851	16.5574626797
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14	3.93989197279	1.54175358804	2.39894866976	8.83091298831	5.6349150536	5.96137124582	0.067131943252	-0.260881909597	0.108173373893	0.300967986603	-0.0063159661641	0.09664172424	0.162376727239	-0.0934286911197	-0.0200209410937	0.184518233986	-0.0168617029283	-0.0054933346596	0.206809429475	0.0287905894876	0.192455833467	-15.5919290902	16.3504631724	10.7795189583
15	7.72996643183	-4.43999618837	5.17817039302	6.47444588745	-3.14776441848	3.50764179946	0.140852773306	-0.982637493856	0.0195082602888	0.427215289778	0.0196949482635	0.110075366867	0.188022881419	-0.415917402445	-0.136579167513	0.26373653171	-0.0534012346251	0.0197320539677	0.35884812703	-0.0094245027187	0.174169283668	-20.1494177616	15.4257929831	14.8158078357
16	8.21455790391	3.44858940782	2.16397505022	3.48094277611	1.29979704468	2.31185609028	0.39618087811	-0.428017388403	-0.170491634796	0.398571681496	-0.205081103359	-0.026441102336	0.49960884332	-0.0700278860891	-0.213749763225	0.306202341358	0.0164415395561	-0.0563072384076	0.268914668784	0.0184496339209	0.190334368178	-8.05950152947	13.763136127	15.7458766304

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 9 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 29 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 30 through 43 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 44 through 53 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 54 through 65 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 66 through 109 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 110 through 126 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 127 through 139 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 140 through 172 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 27 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 28 through 38 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 39 through 65 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 66 through 109 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 110 through 126 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 127 through 139 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 140 through 173 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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