PDB-9cr1: Crystal structure of histidine racemase (HisR) of Fusobacterium n...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cr1

タイトル

Crystal structure of histidine racemase (HisR) of Fusobacterium nucleatum (C67S)

要素

Histidine racemase

キーワード

ISOMERASE / D-Histidine / racemase / stereochemistry / cofactor-independent / lanthionine / Fusobacterium nucleatum / staphylopine / CntK / Staphylococcus aureus

機能・相同性

histidine racemase / Histidine racemase

機能・相同性情報

生物種

Fusobacterium nucleatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Chen, P. / Lamer, T. / Vederas, J.C. / Lemieux, M.J.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery, characterization, and structure of a cofactor-independent histidine racemase from the oral pathogen Fusobacterium nucleatum.
著者: Lamer, T. / Chen, P. / Venter, M.J. / van Belkum, M.J. / Wijewardane, A. / Wu, C. / Lemieux, M.J. / Vederas, J.C.

履歴

登録	2024年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cr1.cif.gz	607.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cr1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cr1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cr1_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cr1_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	9cr1_validation.xml.gz	46.8 KB	表示
CIF形式データ	9cr1_validation.cif.gz	58.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/9cr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/9cr1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9cr6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histidine racemase

B: Histidine racemase

C: Histidine racemase

D: Histidine racemase

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histidine racemase

C: Histidine racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histidine racemase

D: Histidine racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.144, 149.607, 138.232
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Histidine racemase 分子量: 31087.467 Da / 分子数: 4 / 変異: C67S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum (バクテリア) 遺伝子: FN1732 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RI81
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.99 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 2% v/v Polyethylene glycol 400, 2.0 M Ammonium sulfate PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→37.58 Å / Num. obs: 49178 / % possible obs: 97.35 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 5.28

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.5-2.65	0.316	5042	0.892	0.448	1
2.65-2.84	0.249	4749	0.908	0.352	1
2.84-3.06	0.182	4057	0.947	0.257	1
3.06-3.35	0.084	3923	0.985	0.119	1
3.35-3.74	0.06	3624	0.989	0.084	1
3.74-4.32	0.047	3029	0.992	0.066	1
4.32-5.27	0.044	2334	0.989	0.062	1
5.27-7.39	0.041	1617	0.993	0.058	1
7.39-37.58	0.034	953	0.992	0.048	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→37.58 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 41.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2967	2339	4.76 %
R_work	0.2537	-	-
obs	0.2557	49177	97.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8450	0	40	74	8564

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	8638
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.612	11611
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.167	3249
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1249
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1488

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.55	0.5447	132	0.5533	2573	X-RAY DIFFRACTION	92
2.55-2.61	0.4925	171	0.485	2753	X-RAY DIFFRACTION	98
2.61-2.67	0.4977	131	0.4633	2775	X-RAY DIFFRACTION	98
2.67-2.74	0.489	101	0.4512	2814	X-RAY DIFFRACTION	99
2.74-2.81	0.4474	112	0.4114	2779	X-RAY DIFFRACTION	98
2.81-2.89	0.4446	136	0.4078	2780	X-RAY DIFFRACTION	98
2.89-2.99	0.417	153	0.385	2772	X-RAY DIFFRACTION	97
2.99-3.09	0.3695	159	0.3818	2489	X-RAY DIFFRACTION	90
3.09-3.22	0.3923	149	0.3598	2708	X-RAY DIFFRACTION	97
3.22-3.36	0.331	127	0.3035	2836	X-RAY DIFFRACTION	99
3.36-3.54	0.3282	135	0.2881	2797	X-RAY DIFFRACTION	99
3.54-3.76	0.2947	134	0.2663	2846	X-RAY DIFFRACTION	99
3.76-4.05	0.3261	121	0.2319	2803	X-RAY DIFFRACTION	99
4.05-4.46	0.2507	142	0.1995	2814	X-RAY DIFFRACTION	99
4.46-5.1	0.2301	103	0.1717	2840	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1-6.42	0.2993	153	0.2142	2639	X-RAY DIFFRACTION	93
6.43-37.58	0.2031	180	0.1752	2820	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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