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- PDB-9cqk: Horse liver alcohol dehydrogenase F93W in complex with NADH and N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cqk
タイトルHorse liver alcohol dehydrogenase F93W in complex with NADH and N-cylcohexyl formamide
要素Alcohol dehydrogenase E chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLOHEXYLFORMAMIDE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Alcohol dehydrogenase E chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Mukherjee, S. / Boxer, S.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorR35GM118044 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Role of Electrostatics in Hydride Transfer by Horse liver alcohol dehydrogenase
著者: Mukherjee, S. / Fried, S.D.E. / Boxer, S.G.
履歴
登録2024年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase E chain
B: Alcohol dehydrogenase E chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,00210
ポリマ－80,1552
非ポリマー1,8478
水9,962553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6820 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area26360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.573, 45.448, 92.145
Angle α, β, γ (deg.)75.85, 78.69, 77.26
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase E chain


分子量: 40077.488 Da / 分子数: 2 / 変異: F93W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CXF / CYCLOHEXYLFORMAMIDE / N-シクロヘキシルホルムアミド


分子量: 127.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 400, Tris Buffer / Temp details: Cold Room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→36.03 Å / Num. obs: 69665 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.148 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 261386
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / % possible obs: 85 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.06 / Num. measured all: 11579 / Num. unique obs: 3318 / CC1/2: 0.553 / Rpim(I) all: 0.65 / Rrim(I) all: 1.246 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I) obs: 1.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→36.03 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2086 3463 5.02 %
Rwork0.1964 --
obs0.197 68997 88.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→36.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5576 0 110 553 6239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0295814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8477881
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.769824
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.139917
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01993
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.670.31241410.33752573X-RAY DIFFRACTION86
1.67-1.70.24661190.27642596X-RAY DIFFRACTION88
1.7-1.720.32011320.26742560X-RAY DIFFRACTION86
1.72-1.750.24651340.25552472X-RAY DIFFRACTION85
1.75-1.780.26421460.24622412X-RAY DIFFRACTION81
1.78-1.810.26031190.22662366X-RAY DIFFRACTION81
1.81-1.840.2221570.21332739X-RAY DIFFRACTION93
1.84-1.880.24881420.21782710X-RAY DIFFRACTION93
1.88-1.910.27881250.24952657X-RAY DIFFRACTION89
1.91-1.960.29361450.28232548X-RAY DIFFRACTION87
1.96-20.21981510.19792720X-RAY DIFFRACTION93
2-2.050.20851380.19242756X-RAY DIFFRACTION92
2.05-2.110.25761340.24342531X-RAY DIFFRACTION87
2.11-2.170.21521410.18392706X-RAY DIFFRACTION91
2.17-2.240.21251490.19182643X-RAY DIFFRACTION90
2.24-2.320.20771230.21482497X-RAY DIFFRACTION85
2.32-2.410.19141370.17672583X-RAY DIFFRACTION87
2.41-2.520.19781110.18382331X-RAY DIFFRACTION78
2.52-2.650.21971490.1872676X-RAY DIFFRACTION91
2.65-2.820.19221500.19192797X-RAY DIFFRACTION95
2.82-3.040.18391490.18042831X-RAY DIFFRACTION95
3.04-3.340.19021450.17632754X-RAY DIFFRACTION94
3.34-3.830.20331470.16852746X-RAY DIFFRACTION92
3.83-4.820.15671320.1582471X-RAY DIFFRACTION84
4.82-36.030.17141470.1752859X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.8761 Å / Origin y: -13.2794 Å / Origin z: 19.8368 Å
111213212223313233
T0.086 Å20.0041 Å20.0058 Å2-0.1098 Å2-0.001 Å2--0.1205 Å2
L0.0874 °20.0263 °2-0.0083 °2-0.0685 °2-0.0371 °2--0.7192 °2
S-0.0092 Å °-0.0093 Å °0.0037 Å °0.0039 Å °0.0044 Å °0.0053 Å °0.0046 Å °-0.0568 Å °0.0054 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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