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- PDB-9cqe: CRYSTAL STRUCTURE OF APO C-TERMINAL HIS-TAG DOG HSP47(36-418) IN ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9cqe | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF APO C-TERMINAL HIS-TAG DOG HSP47(36-418) IN A P 1 21 1 CRYSTAL FORM | ||||||
![]() | Serpin H1 | ||||||
![]() | CHAPERONE / SERPIN H1 | ||||||
Function / homology | ![]() collagen trimer / collagen binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endoplasmic reticulum / extracellular space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sheriff, S. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Improving the diffraction quality of heat-shock protein 47 crystals. Authors: Kish, K. / Cobell, S. / Szapiel, N. / Yan, C. / Newitt, J.A. / Tredup, J. / Rodrigo, I. / Tomasco, E. / Gao, M. / Marsilio, F. / Haugner, J. / Lipovsek, D. / Deng, B. / Bousquet, P. / Zhang, ...Authors: Kish, K. / Cobell, S. / Szapiel, N. / Yan, C. / Newitt, J.A. / Tredup, J. / Rodrigo, I. / Tomasco, E. / Gao, M. / Marsilio, F. / Haugner, J. / Lipovsek, D. / Deng, B. / Bousquet, P. / Zhang, Y. / Schmidt, H. / Sheriff, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1021.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 485.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 497.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 107.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 137.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 9cqfC ![]() 9cqgC ![]() 9cqhC ![]() 9cqiC ![]() 9cqjC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
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Components
#1: Protein | Mass: 44283.680 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: residues 36-418 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() Has ligand of interest | N | Has protein modification | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 50 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 90 mM TRIS-HCL, pH 8.5, 22.5% (W/V) PEG 3350, 200 mM NON-DETERGENT SULFOBETAINE 221 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 6, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.177→153.193 Å / Num. obs: 39821 / % possible obs: 92.6 % / Redundancy: 3.39 % / CC1/2: 0.992 / CC1/2 anomalous: -0.177 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rpim(I) all: 0.112 / Rrim(I) all: 0.21 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.814 / Baniso tensor eigenvalue 1: 68.3 Å2 / Baniso tensor eigenvalue 2: 71.9 Å2 / Baniso tensor eigenvalue 3: 134.2 Å2 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho1: 0.9927 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho2: 0 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho3: 0.121 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho1: 0 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho2: 1 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho3: 0 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho1: 0.121 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho2: 0 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho3: 0.9927 / Aniso diffraction limit 1: 3.041 Å / Aniso diffraction limit 2: 2.647 Å / Aniso diffraction limit 3: 2.473 Å / Aniso diffraction limit axis 1 ortho1: 0.8277 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho2: -0.41901 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho3: 0.37328 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho1: 0.48887 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho2: 0.86497 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho3: -0.11309 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho1: -0.27551 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho2: 0.27611 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho3: 0.92079 / Net I/σ(I): 4.98 / Num. measured all: 133794 / Orthogonalization convention: pdb / % possible anomalous: 92.6 / % possible ellipsoidal: 92.6 / % possible ellipsoidal anomalous: 92.6 / % possible spherical: 73.1 / % possible spherical anomalous: 66.9 / Redundancy anomalous: 1.82 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Displacement parameters | Biso mean: 90.42 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.55 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.177→45.85 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.18→3.36 Å
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