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- PDB-9cq5: Mn-bound RuBisCO from spinach with CABP inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cq5
タイトルMn-bound RuBisCO from spinach with CABP inhibitor
要素
  • Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
  • Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2
キーワードPLANT PROTEIN / Carboxylase / Oxygenase / Inhibitor / Manganese / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. ...Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / : / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Voland, R.W. / Lancaster, K.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE- 1904310 米国
引用
ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2024
タイトル: The structure of Mn(II)-bound Rubisco from Spinacia oleracea.
著者: Voland, R.W. / Coleman, R.E. / Lancaster, K.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: Features and development of Coot.
著者: P Emsley / B Lohkamp / W G Scott / K Cowtan /
要旨: Coot is a molecular-graphics application for model building and validation of biological macromolecules. The program displays electron-density maps and atomic models and allows model manipulations ...Coot is a molecular-graphics application for model building and validation of biological macromolecules. The program displays electron-density maps and atomic models and allows model manipulations such as idealization, real-space refinement, manual rotation/translation, rigid-body fitting, ligand search, solvation, mutations, rotamers and Ramachandran idealization. Furthermore, tools are provided for model validation as well as interfaces to external programs for refinement, validation and graphics. The software is designed to be easy to learn for novice users, which is achieved by ensuring that tools for common tasks are 'discoverable' through familiar user-interface elements (menus and toolbars) or by intuitive behaviour (mouse controls). Recent developments have focused on providing tools for expert users, with customisable key bindings, extensions and an extensive scripting interface. The software is under rapid development, but has already achieved very widespread use within the crystallographic community. The current state of the software is presented, with a description of the facilities available and of some of the underlying methods employed.
履歴
登録2024年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
D: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
E: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
F: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
G: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
H: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
I: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2
J: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2
K: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2
L: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2
M: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2
N: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2
O: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2
P: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)543,19632
ポリマ－539,90716
非ポリマー3,28816
水15,565864
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area112970 Å2
ΔGint-536 kcal/mol
Surface area118610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.029, 218.893, 111.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / RuBisCO large subunit


分子量: 52849.742 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P00875, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2 / RuBisCO small subunit 2


分子量: 14638.671 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q43832
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 864 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 / 詳細: PEG 3350, lithium acetate, potassium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→154.47 Å / Num. obs: 252873 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 45.37 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.56 / Rpim(I) all: 0.229 / Rrim(I) all: 0.606 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 5.222 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 12416 / CC1/2: 0.332 / Rpim(I) all: 2.045 / Rrim(I) all: 5.61 / Χ2: 0.84 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→99.51 Å / SU ML: 0.3611 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.2248
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 8950 4.84 %
Rwork0.1965 175898 -
obs0.1987 184848 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→99.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37520 0 176 864 38560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007938680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.041652560
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0555576
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01136816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.03215336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.530.36662960.29945815X-RAY DIFFRACTION99.97
2.53-2.560.3322990.29255774X-RAY DIFFRACTION99.97
2.56-2.590.34932930.29525822X-RAY DIFFRACTION99.93
2.59-2.620.34192920.28095777X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.660.29392960.2715818X-RAY DIFFRACTION99.98
2.66-2.690.35082990.2765822X-RAY DIFFRACTION99.97
2.69-2.730.3243000.27285828X-RAY DIFFRACTION99.98
2.73-2.770.33892910.26215765X-RAY DIFFRACTION99.98
2.77-2.820.3143000.25635851X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.860.30012930.25035837X-RAY DIFFRACTION99.98
2.86-2.910.31672930.26025797X-RAY DIFFRACTION100
2.91-2.960.32312940.25975818X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.020.32622960.25125845X-RAY DIFFRACTION99.97
3.02-3.080.28222970.24135803X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.150.27612980.23575839X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.220.27283000.23225846X-RAY DIFFRACTION99.98
3.22-3.30.26392950.21225823X-RAY DIFFRACTION99.98
3.3-3.390.283020.20455866X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.490.27152950.21095827X-RAY DIFFRACTION99.98
3.49-3.610.24433010.19195883X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.730.24593010.18845855X-RAY DIFFRACTION99.92
3.73-3.880.22142920.17115843X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.060.17723000.15615889X-RAY DIFFRACTION99.98
4.06-4.270.20032980.15555875X-RAY DIFFRACTION99.98
4.27-4.540.19453020.15455904X-RAY DIFFRACTION99.97
4.54-4.890.19213040.14615920X-RAY DIFFRACTION100
4.89-5.390.21043050.16275922X-RAY DIFFRACTION100
5.39-6.160.19983000.16655971X-RAY DIFFRACTION100
6.17-7.770.20363050.17016010X-RAY DIFFRACTION100
7.77-99.510.17843130.16236253X-RAY DIFFRACTION99.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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