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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9cpo | ||||||
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タイトル | Infectious bronchitis virus core polymerase complex | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / IBV / Coronavirus / nsp12 / RdRp / RTC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / omega peptidase activity / methyltransferase cap1 / endonuclease activity ...転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / omega peptidase activity / methyltransferase cap1 / endonuclease activity / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Hoferle, P.J. / Anderson, T.K. / Kirchdoerfer, R.N. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024 タイトル: A genus-specific nsp12 region impacts polymerase assembly in Alpha- and Gammacoronaviruses 著者: Hoferle, P.J. / Anderson, T.K. / Kirchdoerfer, R.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9cpo.cif.gz | 510.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9cpo.ent.gz | 414.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9cpo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9cpo_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9cpo_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9cpo_validation.xml.gz | 49.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9cpo_validation.cif.gz | 76 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/9cpo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/9cpo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 45805MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Non-structural protein ... , 2種, 3分子 BDC
#2: タンパク質 | 分子量: 21567.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C6Y3 #3: タンパク質 | | 分子量: 8014.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C6Y3 |
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-RNA鎖 , 2種, 2分子 PT
#4: RNA鎖 | 分子量: 9527.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
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#5: RNA鎖 | 分子量: 10566.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 3分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 107473.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: P0C6Y3, RNA-directed RNA polymerase, mRNA guanylyltransferase |
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#6: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Core polymerase complex of the infectious bronchitis virus composed of nsp12, nsp8, nsp7, and an dsRNA substrate タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.194379 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 79000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 179183 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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