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- PDB-9cp2: Post-targeting aCASCADE Type IA CRISPR_Cas Surveillance Complexes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cp2
タイトルPost-targeting aCASCADE Type IA CRISPR_Cas Surveillance Complexes
要素
  • CRISPR system aCascade subunit Cas5 1
  • CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*A)-3')
  • RNA (27-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / aCascade Cascade CRISPR CRISPR-Cas Cas Cas5 Cas7 crRNA TypeI-A / DNA-RNA HYBRID / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein, Cas5a type / : / CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR, subtype I-a/Apern / CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR / : / CRISPR-associated negative auto-regulator DevR/Csa2 / CRISPR-associated protein Cas5, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2 / CRISPR system aCascade subunit Cas5 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
Saccharolobus solfataricus (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Gentry, J.K. / Findlay, J.L. / Lawrence, C.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1828765 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM140963 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures and Disassembly of Post-Targeting Type I-A CRISPR_Cas Surveillance Complexes
著者: Gentry, J.K. / Findlay, J.L. / Lawrence, C.M.
履歴
登録2024年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2
C: CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2
D: CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2
A: CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2
G: CRISPR system aCascade subunit Cas5 1
S: RNA (27-MER)
M: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,61511
ポリマ－192,1277
非ポリマー4894
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2 / CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 / subtype I-A/Apern 2


分子量: 35308.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
遺伝子: csa2b, cas7b, SSO1442 / プラスミド: pRSF-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97Y91
#2: タンパク質 CRISPR system aCascade subunit Cas5 1


分子量: 27431.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
遺伝子: cas5a, SSO1441 / プラスミド: pRSF-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97Y92
#3: RNA鎖 RNA (27-MER)


分子量: 20161.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌)
株: P1-16 / プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: GenBank: 1935520201
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*A)-3')


分子量: 3299.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Target DNA from the plasmid carrying the CRISPR array that copurified with the complex.
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌)
株: P1-16 / プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#5: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Type I-A CRISPR-Cas post-targeting surveillance subcomplex from Saccharolobus solfataricus
タイプ: COMPLEX / 詳細: Composed of Cas5, 4Cas7, crRNA and DNA / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.18 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTris1
250 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 1.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The sample was a mixture of different subcomplex assemblies of aCASCADE purified by size-exclusion chromatography
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot time: 4 seconds Blot force: 5

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS TALOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FISCHIONE INSTRUMENTS DUAL AXIS TOMOGRAPHY HOLDER
撮影平均露光時間: 3.7 sec. / 電子線照射量: 55.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3901
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11cryoSPARC分類
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5400000
詳細: Following blob picking and washing with 2D classification
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 379635 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 406 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation Coefficient
詳細: Alphafold 3 homology model including RNA was rigid body fit into the density. DNA modeling was ab initio. After rigid body fitting, iterative real-space refinement and model building with ...詳細: Alphafold 3 homology model including RNA was rigid body fit into the density. DNA modeling was ab initio. After rigid body fitting, iterative real-space refinement and model building with PHENIX and Coot was performed.
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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