PDB-9com: FphE, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9com

タイトル

FphE, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases E, unbound dimer crystal form 5

要素

FphE

キーワード

HYDROLASE / FphE / Staphylococcus aureus / S. aureus / fluorophosphonate-binding / serine hydrolases / lipase

機能・相同性

加水分解酵素 / : / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / membrane / : / Uncharacterized hydrolase SAUSA300_2518

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Fellner, M.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: FphE, Staphylococcus aureus, S. aureus, fluorophosphonate-binding, serine hydrolases, lipase
著者: Fellner, M.

履歴

登録	2024年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9com.cif.gz	341.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9com.ent.gz	280 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9com.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9com_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9com_full_validation.pdf.gz	446.3 KB	表示
XML形式データ	9com_validation.xml.gz	36.7 KB	表示
CIF形式データ	9com_validation.cif.gz	48.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/9com ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/9com	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: FphE

B: FphE

C: FphE

ヘテロ分子

93.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FphE

B: FphE

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: FphE

ヘテロ分子

C: FphE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.399, 86.797, 137.764
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	FphE 分子量: 31275.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal GPG from expression tag 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: SAUSA300_2518 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FDS6, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.72 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.3 uL 13.9 mg/mL FphE (10mM HEPES pH 7.6, 100mM NaCl) were mixed with 0.15 uL of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 25 uL of 0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M TRIS pH 8.5 ...詳細: 0.3 uL 13.9 mg/mL FphE (10mM HEPES pH 7.6, 100mM NaCl) were mixed with 0.15 uL of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 25 uL of 0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M TRIS pH 8.5 and 22% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000. Crystal was frozen in a solution of ~25% glycerol, 75% reservoir after ~10s soaking in that solution.

結晶

マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.72 %

結晶化

温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.3 uL 13.9 mg/mL FphE (10mM HEPES pH 7.6, 100mM NaCl) were mixed with 0.15 uL of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 25 uL of 0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M TRIS pH 8.5 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→48.17 Å / Num. obs: 51434 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 250519
反射シェル	解像度: 2.04→2.1 Å / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 1.436 / Num. measured all: 18545 / Num. unique obs: 3773 / CC_1/2: 0.522 / R_pim(I) all: 0.697 / R_rim(I) all: 1.602 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless	0.7.8	データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.04→43.4 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2477	2429	4.73 %
R_work	0.1968	-	-
obs	0.1991	51365	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→43.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6593	0	1	206	6800

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6751
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.912	9163
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.715	893
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	998
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1205

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.04-2.09	0.3133	132	0.3314	2652	X-RAY DIFFRACTION	93
2.09-2.13	0.3455	159	0.2972	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.3125	156	0.2886	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.24	0.3259	146	0.2614	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.3	0.2791	134	0.2537	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.36	0.3037	137	0.2442	2834	X-RAY DIFFRACTION	99
2.36-2.44	0.3013	148	0.243	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.53	0.2323	130	0.2343	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.63	0.2675	171	0.2395	2860	X-RAY DIFFRACTION	99
2.63-2.75	0.2841	131	0.2337	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.89	0.266	161	0.2235	2874	X-RAY DIFFRACTION	99
2.89-3.07	0.275	129	0.219	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.31	0.2686	158	0.2157	2872	X-RAY DIFFRACTION	99
3.31-3.64	0.2486	138	0.1991	2920	X-RAY DIFFRACTION	99
3.65-4.17	0.2434	136	0.1754	2914	X-RAY DIFFRACTION	99
4.17-5.25	0.2068	120	0.1491	2974	X-RAY DIFFRACTION	99
5.25-43.4	0.1909	143	0.157	3083	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.876	-0.1616	0.2674	2.7448	-0.2689	2.5098	0.0211	-0.4222	-0.2283	0.0721	-0.0219	-0.0234	0.1728	-0.07	0.0028	0.2668	0.0044	0.0268	0.3467	0.048	0.3027	18.6785	53.1606	33.5522
2	-0.0064	-0.4505	-0.2643	3.955	1.529	0.556	-0.0364	0.0423	-0.6231	-0.8401	-0.1304	0.5608	0.0981	0.1497	0.1311	0.8176	0.0156	-0.0148	0.6507	-0.0479	0.7348	9.3931	30.1822	10.1029
3	3.8511	-0.9364	-0.8948	5.2963	0.9281	2.3591	0.0815	0.2265	-0.1657	-0.4912	-0.1556	-0.0135	0.0756	-0.1137	0.06	0.3421	-0.0204	-0.0209	0.3183	-0.0137	0.2545	18.8303	7.6055	15.2096
4	3.7301	-0.4005	0.1415	3.0984	0.3037	2.1702	-0.0207	-0.2763	0.0032	0.1173	-0.0454	0.2074	0.0099	-0.2963	0.0756	0.2644	0.0026	-0.0016	0.3401	-0.0051	0.3326	14.9118	8.8034	26.8937
5	1.2229	-2.3515	-0.1267	6.5125	0.7298	0.0277	0.2129	0.1349	0.3098	-1.2959	-0.3503	-0.7273	-0.1089	-0.2417	0.1941	0.6587	0.0615	0.1332	0.5749	0.0089	0.6355	24.5061	37.5001	11.3699
6	3.3285	0.9061	0.3393	5.3659	-0.8947	2.7996	-0.0084	-0.0156	0.0167	-0.4557	0.0673	0.0785	0.0903	-0.124	-0.0507	0.332	0.0208	-0.0018	0.3216	0.0089	0.255	15.7631	58.0497	22.398
7	3.7719	-1.1106	-0.3198	6.1437	0.0388	3.8718	0.0435	0.1272	0.0533	-0.3525	-0.3866	-0.8917	0.128	0.3597	0.3079	0.2947	-0.0007	0.1138	0.365	0.1009	0.4656	-9.3617	21.6672	-2.8544
8	0.0022	-0.2721	0.0046	8.7523	2.6671	1.0346	-0.2561	-0.1313	0.3311	-0.398	-0.2856	1.5065	-0.2132	-0.2837	0.4345	0.6489	0.0195	-0.1619	0.8563	-0.097	0.8588	-28.577	47.7067	-6.2625
9	3.6099	0.8236	-0.1098	7.0246	-1.5271	2.6204	0.1497	-0.4743	0.3237	0.7489	-0.2005	0.5392	-0.4601	-0.285	0.0615	0.4762	0.0016	-0.0337	0.4624	-0.061	0.3448	-20.7545	67.2216	6.6697

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 136 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 137 through 183 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 184 through 276 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid -1 through 136 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 137 through 184 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 185 through 276 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 0 through 136 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 137 through 183 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 184 through 276 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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